Lielāko mūža daļu Johans Valentīns Mēders pavadījis Baltijas jūras pilsētās – Rēvelē (mūsdienās Tallina), Dancigā (mūsdienās Gdaņska) un Rīgā. Nozīmīgs komponists sava laikmeta vācu zemju ziemeļu daļas un Baltijas mūzikas kontekstā. Visās vietās, kur darbojies, J. V. Mēders būtiski ietekmējis muzikālo dzīvi un ieviesis dažādus jauninājumus.

J. V. Mēders nācis no mūziķu ģimenes Tīringenē. Viņa tēvs Johans Erhards Mēders (Johann Erhard Meder) bija kantors un ērģelnieks Vāzungenē. Ģimenē bija deviņi bērni: J. V. Mēderam bija četri brāļi un četras māsas (divas no viņām nomira bērnībā), un arī viņa brāļi kļuva par kantoriem un ērģelniekiem. Visu mūžu viņš uzturēja saikni ar Tīringeni. Visticamāk, pirmo muzikālo izglītību viņš ieguva ģimenē. Liela uzmanība mūzikas izglītībai tika pievērsta arī Tīringenes skolās.

No 1669. līdz 1671. gadam viņš studēja teoloģiju Leipcigā, kas bija nozīmīgs mūzikas centrs. Tur viņš nodibināja ciešus kontaktus ar pilsētas vadošajiem mūziķiem, tostarp tomaskantoru (Svētā Tomasa baznīcas kantoru) un komponistu Sebastianu Knipferu (Sebastian Knüpfer), kā arī pilsētas galveno mūziķi un komponistu Johanu Pecelu (Johann Pezel).

1671. gadā J. V. Mēders pilnībā pievērsās mūzikai. No 1671. līdz 1674. gadam viņš ceļoja pa daudzām vācu zemju centrālās daļas un ziemeļu daļas pilsētām, strādāja par dziedātāju Gotas galmā un ilgāku laiku uzturējās Brēmenē un Kopenhāgenā. Iespējams, galvenokārt iztiku viņš pelnīja kā dziedātājs, taču bija arī prasmīgs taustiņinstrumentu spēlētājs. Šajos gados viņš sāka komponēt. 1674. gadā Lībekā viņš iepazinās ar ērģelnieku un komponistu Dīterihu Bukstehūdi (Dieterich Buxtehude), kurš J. V. Mēdera ceļojumu albumā ierakstīja atzinīgus vārdus.

J. V. Mēdera galvenās darbības vietas bija Rēvele, Danciga un Rīga, kur viņš ieņēma vadošus amatus. Rēvelē no 1674. līdz 1683. gadam viņš bija kantors Karaliskajā ģimnāzijā (Königliches Gymnasium, mūsdienās Gustava Ādolfa ģimnāzija, Gustav Adolfi Gümnaasium). Viņš mācīja mūziku un citus priekšmetus, kā arī bija atbildīgs par muzikālo dzīvi pilsētas nozīmīgākajās baznīcās – Svētā Olafa un Svētā Nikolaja baznīcā. J. V. Mēders ieviesa jauninājumus mūzikas mācīšanā, tostarp itāļu stila elementus, un modernizēja baznīcas mūzikas repertuāru. Nozīmīgs notikums bija viņa operas “Pastāvīgā Argenija” (Die beständige Argenia) izrāde. Tā tika sacerēta Rēvelē un 1680. gadā iestudēta, piedaloties ģimnāzijas audzēkņiem. J. V. Mēders Rēveli atstāja, jo pilsēta izrādījās pārāk ierobežota viņa ambīcijām, turklāt saasinājās konflikti ar tikpat ambicioziem ērģelniekiem.

No 1684. līdz 1687. gadam J. V. Mēders dzīvoja Rīgā, kur viņam nebija pastāvīga amata. Rīgā viņš sacerēja novatorisku Svētā Lūkasa pasiju (1685; mūsdienās pazudusi). No 1687. līdz 1699. gadam viņš bija kapelmeistars Svētās Marijas baznīcā Dancigā. Kapelmeistara amats šajā baznīcā tolaik bija viens no prestižākajiem mūzikas amatiem Baltijas reģionā. Būdams kapelmeistars, viņš vadīja pilsētas muzikālo dzīvi, pārraudzīja mūziku Svētās Marijas baznīcā un nodrošināja padziļinātu muzikālo apmācību četriem kora zēniem. Viņa pienākumos ietilpa arī komponēšana. J. V. Mēders ieviesa reformas, lai palielinātu ansambļa sastāvu. Dancigā viņa daiļrade galvenokārt bija saistīta ar plaša mēroga daudzkoru skaņdarbiem un korāļu variācijām, kas atbilda vietējām tradīcijām. Ārpus oficiālajiem pienākumiem viņš sacerēja un iestudēja vairākas operas, no kurām saglabājušies tikai libreti. Parādu dēļ, kas bija radušies šo iestudējumu rezultātā, viņš bija spiests atstāt Dancigu.

Pēdējos 20 dzīves gadus viņš pavadīja Rīgā, kur no 1701. līdz 1719. gadam bija Rīgas doma katedrāles ērģelnieks, papildus uzņemoties jaunu skaņdarbu komponēšanu. No 1707. līdz 1709. gadam viņš bija konsultants jaunu katedrāles ērģeļu būvei. J. V. Mēdera dzīves gadus Rīgā aizēnoja Lielais ziemeļu karš; īpaši pēc Rīgas aplenkuma 1709.–1710. gadā un mēra epidēmijas 1710.–1712. gadā viņa finansiālais stāvoklis kļuva ļoti sarežģīts. Vienlaikus Rīgā J. V. Mēderu augstu vērtēja, un 18. gs. sākumā viņa mūziku pilsētā plaši atskaņoja. Rīgā viņš komponēja Svētā Mateja pasiju, kura tika atskaņota vēl ilgi pēc viņa nāves.

J. V. Mēdera daiļrades centrālais mērķis bija jauninājumi. Būdams komponists, viņš sekoja sava laika mūzikas attīstībai, apvienojot jauno ar senākiem elementiem. Līdz mūsdienām saglabājušies tikai 26 viņa skaņdarbi (kā arī četri gadījuma skaņdarbi: trīs kāzām un viens bērēm). Lielāko daļu saglabātā mantojuma veido garīgā vokālā mūzika, kā arī viena opera, viena pasija un trīs instrumentāli skaņdarbi. Lai gan saglabājies salīdzinoši maz viņa radītās mūzikas, tā ir daudzveidīga žanra, stila, formas un instrumentācijas ziņā un apliecina viņa plašo muzikālo izteiksmes līdzekļu spektru.

Lai gan J. V. Mēders nekad nebija ceļojis uz Itāliju, viņš sava laika Baltijas reģionā bija viens no nozīmīgākajiem itāļu stila pārstāvjiem. Itāļu ietekme īpaši izpaužas viņa skaņdarbos latīņu valodā, kuriem raksturīgs ekspresīvs stils un kuros skartas tādas tēmas kā dzīves pārejošais raksturs (piemēram, “Pietiek tagad, Kungs” (Sufficit nunc Domine), “Bēdās”, In tribulatione) vai mistiskā mīlestība uz Jēzu (“Sūti balsi, kas sauc“ (Vox mitte clamorem), “Kas tas ir, ko es jūtu”, Quid est hoc quod sentio). J. V. Mēders itāļu stila iezīmes vispirms ieviesa savos skaņdarbos latīņu valodā un vēlāk pārnesa arī uz vācu valodā komponētajiem darbiem, apvienojot tās ar vācu mūzikas tradīcijām.

Īpaši oriģināli ir J. V. Mēdera liela apjoma daudzkoru skaņdarbi, piemēram, “Slavē, Jeruzaleme, Kungu” (Preise, Jerusalem, den Herren) un “Vēliet Jeruzalemei laimi” (Wünschet Jerusalem Glück). To pamatā ir Dancigas daudzkoru mūzikas tradīcijas, un tajos izmantoti telpiski (stereofoniski) efekti, ko rada koru izvietojums dažādās baznīcas vietās. Gan Dancigā, gan Rīgā J. V. Mēders komponēja daudz korāļu variāciju (baznīcas dziesmu apdares), piemēram, “Ak, Kungs, apžēlojies par mani, nabaga grēcinieku” (Ach Herr, mich armen Sünder). Šajos skaņdarbos apvienotas vācu zemju centrālās daļas un Dancigas tradīcijas; tiem raksturīgas skaidri nošķirtas muzikālās daļas un to savstarpējā saistība.

Salīdzinoši agrīnā daiļrades posmā J. V. Mēders sāka apvienot dažādu veidu tekstus, piemēram, biblisko prozu un brīvo dzeju, kas bija saistīti ar atšķirīgiem mūzikas stiliem. Šādi skaņdarbi ir viņa dialoga kompozīcijas, piemēram, “Kā tad ļaudis kurn?” (Wie murren denn die Leut, 1684).

Īpaša vieta J. V. Mēdera daiļradē ir operai “Pastāvīgā Argenija” un Svētā Mateja pasijai. Opera veltīta Zviedrijas karalim Kārlim XI (Karl XI) un karalienei Ulrikai Eleonorai (Ulrika Eleonora). Tās politiskās alūzijas, īpaši atsauces uz Skones karu Ziemeļeiropā, izraisīja skandālu. “Pastāvīgā Argenija” ir viena no senākajām operām vācu valodā, kas saglabājusies līdz mūsdienām. Tajā apvienotas vācu, itāļu un franču operas tradīcijas. To komponējot, J. V. Mēderam bija jāņem vērā arī vietējo mūziķu profesionālās spējas. Svētā Mateja pasija ir spēcīgs skaņdarbs ar operas stila elementiem; tā tiek uzskatīta par nozīmīgāko oratorisko pasiju laikā starp Heinriha Šica (Heinrich Schütz) un Johana Sebastiāna Baha (Johann Sebastian Bach) daiļradi.

Ieņemot vadošus amatus, J. V. Mēders būtiski ietekmēja to pilsētu muzikālo dzīvi, kurās viņš strādāja. Tāpat viņš ieviesa nozīmīgus jauninājumus. Rēvelē viņš modernizēja repertuāru, iegādājās klavesīnu kantora vajadzībām un sāka mācīt itāļu stilu. Dancigā viņš reorganizēja Svētās Marijas baznīcas ansambļa struktūru, lai palielinātu tā sastāvu. J. V. Mēders veidojis nozīmīgu saikni Dancigas un vācu zemju centrālās daļas ciešajā muzikālajā sadarbībā. Viņa vienīgais zināmais kompozīcijas skolnieks, no Tīringenes nākušais Maksimiliāns Freizlihs (Maximilian Dietrich Freislich), vēlāk strādāja Kurzemē par galma kapelmeistaru un kļuva par J. V. Mēdera pēcteci Dancigā. Sākot ar J. V. Mēdera darbības laiku, Svētās Marijas baznīcas kapelmeistari gandrīz gadsimtu pārsvarā bija mūziķi no Tīringenes. Rīgā, daļēji pateicoties pilsētas rātes lēmumiem, J. V. Mēders ieguva savām spējām īpaši piemērotu amatu, kurā varēja apvienot komponista un ērģelnieka darbu.

J. V. Mēders svarīgākie sasniegumi ir Eiropas muzikālo stilu, īpaši itāļu ietekmes, sintēze ar vietējām tradīcijām, radot oriģinālus risinājumus, kā arī viņa opera un jo īpaši pasija.