Mūsdienu Igaunijas (igauņu valodā Eesti) nosaukumam ir sarežģīta vēsture. Teritorijas un valsts nosaukumu nevar šķirt no etnonīma. Līdz 18.–19. gs. igauņi sevi dēvēja vārdā maarahvas ‘zemes tauta’ jeb ‘zemnieki’. Šis endonīms maarahvas bija sastopams pat līdz 19. gs. vidum. Tā izcelsmi mēģina saistīt ar laiku ap 1. gadu tūkstoti, taču tam nav atrastas nekādas liecības. Vēl viena hipotēze šo etnonīmu skaidro kā viduslaiku burtisku tulkojumu no vācu valodas Landvolk ‘zemes ļaudis, zemes tauta’. Krievu hronikās lietotais igauņu sentautu un dažreiz citu Baltijas jūras somugru tautu apzīmējums ir čudi (krievu valodā чудь ‘svešs’, ‘savādnieks’).
Tagadējais pašnosaukums eestlased ‘igauņi’ visdrīzāk cēlies no romiešu vēsturnieka Tacita (Publius (Gaius) Cornelius Tacitus) darbā “Ģermānija” (Germania) (ap 98. g. pēc Kr.) minētajām ciltīm latīņu valodā Aestii/ Aestiorum gentes, kas aprakstītas līdzās ģermāņiem un gotiem. Vairākums pētnieku uzskata, ka šis nosaukums tika attiecināts uz tagadējām baltu ciltīm, pēc citu domām, ka tas apzīmēja visu Austrumbaltijas reģionu. Tas pats etnonīms Esti, Aesti vai Haesti parādās arī 6. gs. antīkā rakstnieka Kasiodora (Cassiodorus) darbos u. c. Brēmenes Ādams (Adamus Bremensis) 11. gs. min trīs salas, vistālāk uz ziemeļiem esošo dēvē Aestland. Skandināvu rūnās 11. gs. atrodama forma i estlatum (sic!).
Igauņu Eesti vārdam eksistē vairākas cilmes hipotēzes. Riho Grīntāls (Riho Grünthal) tās iedala četrās grupās. Ģermāniskas izcelsmes aizstāvji šo vārdu atvedina no gotu cilts nosaukuma aistan ‘cienīt, godāt’ vai āst, eest ‘klēts, rija’. Torstens Karstens (Torsten Evert Karsten) norāda uz saikni ar jūras vārdu Estmere, kam pamatā ģermāņu sakne *aist-mar ‘dzintara jūra’. Turpretim lietuviešu valodnieks Sims Karaļūns (Simas Karaliūnas) piedāvā baltu izcelsmes hipotēzi, salīdzinādams analizējamo vārdu ar Kurzemes vietvārdu Aistere (dokumentos Ayster) un mazu Aistas upīti Lietuvā, cita starpā pieņemot, ka vārda nozīme ir bijusi ‘zeme, zāle, lauks’. Trešās grupas pārstāvji, kas pamatojas uz skandināvu sāgām, saista vārdu ar ģermāņu sakni, kas nozīmē ‘austrumi’: sal. senskandināvu eist, austr, islandiešu austr, dāņu øst, zviedru öster (öst-), senģermāņu *au̯es. Semantiski šis skaidrojums būtu pieņemams, taču fonētiski ae ~ ai ~ ei neatbilst vēsturiskajam divskanim au-. Ir mēģināts cilmi meklēt arī latīņu valodā, skaidrojot ar aestus maris ‘kāpums un kritums, plūdi’ vai aestuarium ‘lagūna’. Tomēr mūsdienās par ticamāku tiek uzskatīta senģermāniskā vai senbaltiskā valsts nosaukuma izcelsme.