Mūsdienu Igaunijas (igauņu valodā Eesti) nosaukumam ir sarežģīta vēsture. Teritorijas un valsts nosaukumu nevar šķirt no etnonīma. Līdz 18.–19. gs. igauņi sevi dēvēja vārdā maarahvas ‘zemes tauta’ jeb ‘zemnieki’. Šis endonīms maarahvas bija sastopams pat līdz 19. gs. vidum. Tā izcelsmi mēģina saistīt ar laiku ap 1. gadu tūkstoti, taču tam nav atrastas nekādas liecības. Vēl viena hipotēze šo etnonīmu skaidro kā viduslaiku burtisku tulkojumu no vācu valodas Landvolk ‘zemes ļaudis, zemes tauta’. Krievu hronikās lietotais igauņu sentautu un dažreiz citu Baltijas jūras somugru tautu apzīmējums ir čudi (krievu valodā чудь ‘svešs’, ‘savādnieks’).

Tagadējais pašnosaukums eestlased ‘igauņi’ visdrīzāk cēlies no romiešu vēsturnieka Tacita (Publius (Gaius) Cornelius Tacitus) darbā “Ģermānija” (Germania) (ap 98. g. pēc Kr.) minētajām ciltīm latīņu valodā Aestii/ Aestiorum gentes, kas aprakstītas līdzās ģermāņiem un gotiem. Vairākums pētnieku uzskata, ka šis nosaukums tika attiecināts uz tagadējām baltu ciltīm, pēc citu domām, ka tas apzīmēja visu Austrumbaltijas reģionu. Tas pats etnonīms Esti, Aesti vai Haesti parādās arī 6. gs. antīkā rakstnieka Kasiodora (Cassiodorus) darbos u. c. Brēmenes Ādams (Adamus Bremensis) 11. gs. min trīs salas, vistālāk uz ziemeļiem esošo dēvē Aestland. Skandināvu rūnās 11. gs. atrodama forma i estlatum (sic!).

Igauņu Eesti vārdam eksistē vairākas cilmes hipotēzes. Riho Grīntāls (Riho Grünthal) tās iedala četrās grupās. Ģermāniskas izcelsmes aizstāvji šo vārdu atvedina no gotu cilts nosaukuma aistan ‘cienīt, godāt’ vai āst, eest ‘klēts, rija’. Torstens Karstens (Torsten Evert Karsten) norāda uz saikni ar jūras vārdu Estmere, kam pamatā ģermāņu sakne *aist-mar ‘dzintara jūra’. Turpretim lietuviešu valodnieks Sims Karaļūns (Simas Karaliūnas) piedāvā baltu izcelsmes hipotēzi, salīdzinādams analizējamo vārdu ar Kurzemes vietvārdu Aistere (dokumentos Ayster) un mazu Aistas upīti Lietuvā, cita starpā pieņemot, ka vārda nozīme ir bijusi ‘zeme, zāle, lauks’. Trešās grupas pārstāvji, kas pamatojas uz skandināvu sāgām, saista vārdu ar ģermāņu sakni, kas nozīmē ‘austrumi’: sal. senskandināvu eist, austr, islandiešu austr, dāņu øst, zviedru öster (öst-), senģermāņu *au̯es. Semantiski šis skaidrojums būtu pieņemams, taču fonētiski ae ~ ai ~ ei neatbilst vēsturiskajam divskanim au-. Ir mēģināts cilmi meklēt arī latīņu valodā, skaidrojot ar aestus maris ‘kāpums un kritums, plūdi’ vai aestuarium ‘lagūna’. Tomēr mūsdienās par ticamāku tiek uzskatīta senģermāniskā vai senbaltiskā valsts nosaukuma izcelsme.

Skandināvu sāgas uzskatāmas par agrāko avotu (12. gs. otrā puse), kur vietvārds Eistland lietojams mūsdienu nozīmē. Dāņu vēsturnieks Saksis Gramatiķis (Saxo Grammaticus) hronikā “Dāņu darbi” (Gesta Danorum) (12.–13. gs.) piemin zemi Hestia, Estia un etnonīmu Estones kā daudzskaitļa formu no Esto. Arābu ģeogrāfa al-Idrīsī (أبو عبد الله محمد الإدريسي القرطبي الحسني السبتي, Abu Abdullah Muhammad al-Idrisi al-Qurtubi al-Hasani as-Sabti) 1154. gada kartē atrodams nosaukums Astlāndah (أستلاندة), kas, iespējams, attiecināms uz Igauniju vai uz Livonijas sastāvā esošo Latvijas teritorijas daļu. No skandināvu valodām vārds aizgūts vācu valodā, divskani ei aizstājot ar garu patskani e: Ehstland ’Igaunija’, Ehste ‘igaunis’, vēlāk saknes patskani saīsinot: Estland.  No vācu valodas šis nosaukums iekļuva arī latīņu valodas tekstos. Latīniskais nosaukums Estonia, kas zināms no Indriķa Livonijas hronikas (Heinrici Cronicon Lyvoniae, 13. gs.), radies no latīņu etnonīma daudzskaitļa formas Estones. Tikai 19. gs., nacionālās atmodas laikā, nosaukums Eesti ‘Igaunija’ nostiprinājās arī igauņu valodā. Šo nosaukumu popularizēja igauņu rakstnieks Frīdrihs Kreicvalds (Friedrich Reinhold Kreutzwald), kā arī žurnālists, dzejnieks Johans Jansens (Johann Voldemar Jannsen). Pirmais viņa vadītā laikraksta “Perno Postimees” numurs (1857) savus lasītājus uzrunāja “Terre, armas Eesti rahwas!” (Sveiki, dārgie Igaunijas ļaudis!). 20. gs. sākumā tika paralēli lietotas formas – gan Eestimaa, gan – retāk – Eesti. Mūsdienās Eestimaa tiek lietots tikai kā poētisms vai historisms.

Daļā Eiropas valodu Igaunijas nosaukums ir ienācis no vācu valodas Estland – zviedru, norvēģu, dāņu, nīderlandiešu, Eistland – islandiešu valodā. Latīniskais nosaukums Estonia tiek lietots itāļu, spāņu, poļu, angļu valodā – Estonia (agrāk angļu arī Esthonia), īru An Eastóin, japāņu  エストニア/Esutonia/, grieķu Εσθονία/Esthonía, slovēņu Estonija, turku Estonya, franču Estonie, krievu Эстония, slovāku Estónsko, čehu Estonsko, ķīniešu valodai pielāgotais nosaukums 爱沙尼亚/Aishaniya/. Acīmredzot tieši no igauņu etnonīma Eesti atvasināts valsts nosaukums lietuviešu valodā Estija, lībiešu valodā – Ēstimō, ziemeļsāmu valodā Estteeana, ungāru valodā Észtország. Somi lieto eksonīmu – Viro, kas radies no vēsturiski neatkarīgā apgabala Virumaa, ar kuru somiem bijusi vislielākā saskare.   

Latviešu valodā vēsturiski ir lietojams valsts nosaukums Igaunija, kas arī ir eksonīms – radies no Indriķa hronikā minētā Igaunijas dienvidu apgabala vārda Ugaunija, kas izrunāts ar skaņu ü. Latīņu valodā šo apgabalu apzīmēja ar vārdu Ungannia jeb Ugaunia. Mūsdienās teritoriāli tas apmēram atbilst Veru, Pelvas, puse Tartu un Valgas apriņķim. Šī nosaukuma cilmi saista ar kalna vārdu Uandimegi (Uandimägi) pie Otepē. Taču eksistē arī citas izcelsmes hipotēzes, kas to atvedina no slāvu vārda юг ‘dienvidi’. Mūsdienu latviešu valodā šķir divus atsevišķus vārdus – attiecīgā apgabala nosaukums ir Ugaunija, bet valsts nosaukums ir Igaunija.