Baltijas jūras Latvijas teritoriju (piekrastes kopgarums 496 km) veido divas krasi atšķirīgas ekosistēmas: Baltijas jūras austrumu daļa un Rīgas līcis. Viens no galvenajiem Baltijas jūras bioloģisko daudzveidību noteicošiem vides faktoriem ir ierobežotā ūdens apmaiņa un zemais sāļums. Starp atklātās daļas un piekrastes dzīvotņu veidiem ir būtiskas atšķirības. Lielāka sugu daudzveidība raksturīga piekrastes zonu akmeņainām pludmalēm, kas piemērotas bentisko aļģu augšanai un ir nozīmīgas zivju nārsta vietas. Pelāģisko biocenozi jūras ekosistēmā veido ūdensslānī dzīvojošie organismi, ko pārstāv pasīvi pārvietojošies planktonorganismi – bakterioplanktons, fitoplanktons un zooplanktons – un aktīvi pārvietojošies ūdensorganismi: zivis, rāpuļi, ūdensputni, ūdens zīdītāji. Bentisko biocenozi veido piegrunts slāni apdzīvojošie augi (fitobentoss) un dzīvnieki (zoobentoss).
Bakterioplanktona attīstības maksimums vērojams vasaras otrajā pusē. Maksimālais baktēriju skaits novērots Rīgas līča piekrastes rajonos, īpaši lielo upju grīvu (Daugavas, Lielupes, Gaujas) tuvumā vai lokāla piesārņojuma vietās, minimālais – līča atklātajā daļā un Irbes šaurumā.
Fitoplanktonu (mikroskopiskās aļģes) pārstāv 5 klases: cianobaktērijas, kramaļģes, dinoflagelāti, kriptofītaļģes un zaļaļģes. Fitoplanktona dinamikā vērojama sezonalitāte. Pavasarī fitoplanktona biomasa sasniedz maksimālās vērtības, dominējot kramaļģēm (80–93 % no kopējās biomasas). Vasaras sezonai raksturīga cianobaktēriju (zilaļģu), dinoflagelātu, zaļaļģu un kriptofītaļģu dominance. Vasarā vērojama potenciāli toksisko aļģu attīstība. Rīgas līcī izplatītākā potenciāli toksiskā cianobaktērija ir Aphanizomenon flos-aquae, Baltijas jūras atklātajā daļā – Nodularia spumigena. Rudenim raksturīga atkārtota kramaļģu dominance; ziemai – zema fitoplanktona biomasa.
Zooplanktonu veido airkājvēži (Copepoda) un kladoceras (Cladocera), kas ir pelāģisko zivju pamatbarība. Vasarā upju grīvās un piekrastē sastopami saldūdens virpotāji (Rotatoria). Jūlija beigās, augustā attīstības beigu stadiju sasniedz medūza (Aurelia aurita).
Makrozoobentosu pārstāv vēžveidīgo, gliemju un tārpveidīgo sugas. Smilšainās gruntīs sastopamas gliemenes (Macoma balthica un Mya arenaria), daudzsartārpi (Marenzelleria viridis, Hediste diversicolor, Pygospio elegans) un mazsartārpi (Oligochaeta), bet dūņās dominē vēžveidīgie (Monoporeia affinis, Pontoporeia femorata un Saduria entomon). Cieto grunšu jeb akmeņu rifu biotopos ir salīdzinoši liela sugu daudzveidība – ap 30 bezmugurkaulnieku taksonu, no kuriem dominējošās ir gliemenes (Mytilus trossulus, Dreissena polymorpha) un jūras zīļu (Amphibalanus improvisus) kolonijas.
Fitobentosa sabiedrību veido seklākajos ūdeņos augošās viengadīgās zaļaļges (dominē Cladophora glomerata), daudzgadīgās brūnaļģes (pūšļu fuks, Fucus vesiculosus) un sārtaļģes (Furcellaria lumbricalis), kas ir nozīmīgas zivju nārsta vietas un patvērums fitobentosa un zoobentosa sugām.
Pelāģisko zivju sabiedrības galvenie pārstāvji ir reņģes (Clupea harengus membras, Rīgas līcī) un brētliņas (Sprattus sprattus balticus, Baltijas jūrā). Bentiskās zivju sabiedrības galvenie pārstāvji ir menca un plekste. Piekrastes zivju sabiedrību veido gan jūras, gan saldūdens zivju sugas. Baltijas jūras piekrastē kopš 2006. gada būtiski pieaudzis apaļo jūras grunduļu skaits, kļūstot par vienu no dominējošām piekrastes zivju sugām.
Jūras ūdeņus izmanto ap 30 ūdensputnu un jūras putnu sugu. Lielākā sugu daudzveidība ir piekrastes joslā. Mazāk sugu, bet lielākā skaitā sastopamas 5–30 m dziļuma zonā. Peldpīles (Anatinae spp.), nirpīles (Aythya spp.), gauras (Mergus spp.), gaigalas (Bucephala spp.), jūraskraukļi (Phalacrocorax carbo) parasti sastopami ne dziļāk par 10 m izobātu. Vairums jūras pīļu (kākauļi, Clangula hyemalis, tumšās pīles, Melanitta fusca un melnās pīles, Melanitta nigra) barojas ar grunts virskārtā sastopamajiem bezmugurkaulniekiem 10–20 m dziļumā. Visdziļāk uzturas pelāģisko zivju patērētāji: gārgales un alki. Kaiju sugas sastopamas vienmērīgi (kajaks, Larus canus) vai barības objektu masveida uzturēšanās vietās (mazais ķīris, Larus minutus), savukārt kuģu ceļu, zvejas rajonu un ostu tuvumā pieaug sudrabkaiju (Larus argentatus) skaits. Lielākā daļa jūras ūdeņus izmantojošo putnu ligzdo citur un pie mums sastopami caurceļošanas laikā un ziemā.
No zīdītājiem jūras ūdeņos sastopams pelēkais ronis (Halichoerus grypus), retāk – pogainais ronis (Pusa hispida). Atsevišķos gadījumos novēroti cūkdelfīni (Phocaena phocaena) un plankumainais ronis (Pusa vitulina). Pateicoties labvēlīgiem barošanās apstākļiem, pelēko roņu populācija ir labā stāvoklī.
Ronis. Ventspils, 2018. gads.
