Dzimis un izaudzis Minhenes strādnieku rajonā Gīzingā, jaunākais no diviem dēliem katoļu ģimenē, bērnībā bija altārzēns vietējā baznīcā. F. Bekenbauers bija trīs reizes precējies, četru dēlu un vienas meitas tēvs. Vecākais dēls Štefans Bekenbauers (Stephan Beckenbauer) arī bija profesionāls futbolists, spēlējot dažāda līmeņa Vācijas klubos.

F. Bekenbauers ar futbolu sāka nodarboties sešu gadu vecumā vietējā jauniešu komandā SC 1906 Munich, bet 13 gadu vecumā pārgāja uz Minhenes kluba Bayern jauniešu vienību, kur pēc pieciem gadiem, 06.06.1964., debitēja Bayern galvenajā komandā, kas spēlēja Vācijas Federatīvās Republikas (VFR) Dienvidu reģionālajā līgā jeb pēc skaita otrajā Vācijas futbola līmenī. Jau savā pirmajā pilnvērtīgajā sezonā Bayern sastāvā F. Bekenbauers palīdzēja Minhenes klubam izcīnīt ceļazīmi uz pirmo bundeslīgu, kur F. Bekenbauers Bayern rindās aizvadīja 12 sezonas (1965–1977). Šajā laikā Bayern četras sezonas kļuva par valsts čempioniem, bet vēl tikpat reižu izcīnīja Vācijas kausu. Jau 1968. gadā F. Bekenbauers kļuva par Bayern kapteini, bet Minhenes klubs izvirzījās vadošajās lomās starptautiskajā arēnā, trīs reizes pēc kārtas izcīnot prestižāko kontinentālo trofeju Eiropas kausu (European Cup, 1974–1976), ko izspēlēja visu Eiropas valstu čempionvienības. Pirms tam Bayern ar F. Bekenbaueru sastāvā izcīnīja arī Eiropas Kausu ieguvēju kausu (European Cup Winners’ Cup, 1967), par ko sacentās nacionālo kausu ieguvēji.

26.09.1965. Stokholmā F. Bekenbauers debitēja VFR valstsvienībā Pasaules kausa kvalifikācijas spēlē pret Zviedriju (2:1). 1966. gadā F. Bekenbauers aizvadīja visus sešus mačus VFR izlases pamatsastāvā Pasaules kausa finālturnīrā Anglijā, kur vācieši tika līdz finālam, izšķirošajā mačā Londonas leģendārajā Wembley stadionā papildlaikā ar 2:4 piekāpjoties angļiem. Šajā laikā F. Bekenbauers izlasē spēlēja centra pussarga pozīcijā, gūstot četrus vārtus. Lai gan Bayern rindās F. Bekenbauers ar labiem panākumiem spēlēja aizsardzībā, VFR izlasē viņš turpināja darboties vidējā līnijā arī 1970. gada Pasaules kausa finālturnīrā Meksikā, kur ceturtdaļfinālā vācieši papildlaikā ar 3:2 revanšējās Anglijas izlasei, taču pusfinālā Mehiko vairāk nekā 100 tūkstošu skatītāju klātbūtnē papildlaikā ar 3:4 zaudēja Itālijas izlasei.

1972. gadā F. Bekenbauers nu jau valstsvienības kapteiņa statusā kļuva par Eiropas čempionu. Euro 1972 finālturnīrā F. Bekenbauers arī izlasē sāka spēlēt centra aizsarga pozīcijā, iekļūstot čempionāta simboliskajā komandā, bet vācieši finālmačā Briselē ar 3:0 apspēlēja Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) izlasi. 1974. gadā VFR valstsvienība ar kapteini F. Bekenbaueru priekšgalā savās mājās kļuva par pasaules čempioniem, finālmačā Minhenē ar 2:1 pārspējot par favorīti uzskatīto Nīderlandi. Šajā turnīrā F. Bekenbauers aizvadīja visas septiņas spēles. 1976. gadā VFR izlase ar F. Bekenbaueru ierindā vēlreiz tika līdz Eiropas čempionāta finālam, šoreiz izšķirošajā mačā Belgradā 11 m sitienu sērijā ar 3:5 zaudējot Čehoslovākijai (pamatlaiks – 2:2). VFR izlases kapteinis atkal tika iekļauts čempionāta simboliskajā izlasē. 1977. gada februārī tikai 31 gada vecumā F. Bekenbauers atvadījās no valstsvienības, 12 gadu laikā aizvadot 103 valstssacīkstes, kurās guva 14 vārtus.

1977. gadā F. Bekenbauers pārcēlās spēlēt uz Ziemeļamerikas profesionālo līgu (North American Soccer League, NASL), aizvadot četras sezonas klubā New York Cosmos, kur pirmajā gadā spēlēja kopā ar leģendāro brazīlieti Pelē (Pelé), trīs reizes kļūstot par NASL čempionu (1977., 1978. un 1980. gadā). Pēc tam F. Bekenbauers aizvadīja vēl divas sezonas dzimtenē Hamburger SV (1980–1982) sastāvā, otrajā sezonā vēlreiz kļūstot par Vācijas čempionu. Spēlētāja karjeru F. Bekenbauers noslēdza 1983. gadā, aizvadot vēl vienu sezonu Ņujorkas klubā Cosmos.

Lai gan VFR izlasē sākotnēji spēlēja pussarga pozīcijā, F. Bekenbauers slavu un atzinību iemantoja kā centra aizsargs. Viņš tiek uzskatīts par modernā “libero” pozīcijas aizsācēju, kad pēdējais aizsargs ne tikai domā par tiešajiem pienākumiem aizsardzībā, bet arī aktīvi piedalās komandas spēlē uzbrukumā. Izcēlās ar elegantu spēles stilu un līdera dotībām. Jau 1968. gadā līdzjutēji un prese viņu sāka dēvēt par “ķeizaru”.

Jau gadu pēc spēlētāja karjeras beigšanas F. Bekenbauers sāka trenera darbu, 1984. gada septembrī uzreiz pārņemot VFR izlases galvenā trenera pienākumus. 1986. gadā F. Bekenbauera vadītā komanda tika līdz Pasaules kausa finālam Meksikā, izšķirošajā spēlē ar 2:3 zaudējot Argentīnai. Nākamajā Pasaules kausa finālturnīrā 1990. gada vasarā Itālijā īsi pirms Vācijas apvienošanās VFR izlase ar F. Bekenbaueru priekšgalā izcīnīja pasaules čempionu titulu, finālā ar 1:0 revanšējoties Argentīnai. Tikai trim cilvēkiem pasaules futbola vēsturē ir izdevies izcīnīt Pasaules kausu gan kā spēlētājam, gan trenerim – vēl to paveikuši brazīlietis Mario Zagallo (Mario Jorge Lobo Zagallo) un francūzis Didjē Dešāns (Didier Claude Deschamps).

Pēc triumfa Pasaules kausā 1990. gadā F. Bekenbauers uz dažiem mēnešiem kļuva par Francijas kluba Olympique de Marseille galveno treneri. 1993. gada beigās F. Bekenbauers uz pusgadu pārņēma Bayern galvenā trenera pienākumus, aizvedot komandu līdz Vācijas čempionu titulam. 1996. gada aprīlī F. Bekenbauers atkal uz dažām nedēļām uzņēmās šo darbu, vadot Bayern Eiropas Futbola asociāciju savienības (Union of European Football Associations, UEFA) kausa finālmačos, kur minhenieši izcīnīja otro prestižāko Eiropas kontinentālo trofeju – Bayern divreiz uzvarēja Francijas klubu Bordeaux (2:0 un 3:1).

Kopš 1994. gada jūlija līdz pat 2009. gada izskaņai F. Bekenbauers bija Bayern kluba prezidents, pēc tam kļūstot par Vācijas titulētākā futbola kluba goda prezidentu. No 1998. gada līdz 2010. gadam viņš bija Vācijas Futbola federācijas viceprezidents. No 2007. gada sākuma līdz 2011. gada aprīlim F. Bekenbauers bija Starptautiskās Futbola asociāciju federācijas (Fédération Internationale de Football Association, FIFA) viceprezidents, šajā laikā esot arī FIFA izpildkomitejā. F. Bekenbauers vadīja veiksmīgo Vācijas kampaņu, lai iegūtu tiesības rīkot 2006. gada Pasaules kausa finālturnīru. Vēlāk par to izskanēja pārmetumi korupcijā, bet 2014. gadā FIFA uz 90 dienām aizliedza F. Bekenbaueram darboties futbola jomā, jo viņš atteicās sadarboties FIFA izmeklēšanā par 2018. un 2022. gada Pasaules kausa rīkošanas tiesību piešķiršanu, kur arī bija aizdomas par korupciju, kad FIFA izpildkomiteja par to balsoja 2010. gadā.

1982. gadā F. Bekenbauers izveidoja labdarības fondu Franz-Beckenbauer-Stiftung. 34 gadus (1982–2016) F. Bekenbauers rakstīja sleju Vācijas lielākajam laikrakstam Bild, bet 1966. gadā viņš ierakstīja mūzikas plati ar divām dziesmām.

07.01.2024. F. Bekenbauers mira miegā 78 gadu vecumā, bet 19.01.2024. notika atvadu ceremonija Minhenes “Bayern” stadionā Allianz Arena, ko apmeklēja ap 20 tūkstoši cilvēku, tostarp Vācijas valsts prezidents Franks Valters Šteinmeiers (Frank-Walter Steinmeier).

F. Bekenbauers ir vienīgais aizsargs, kurš divreiz (1972 un 1976) izpelnījies prestižo labākā Eiropas futbolista balvu “Zelta bumba” (Ballon d`Or). 1998. gadā F. Bekenbauers tika iekļauts FIFA 20. gs. simboliskajā komandā (World Team of the 20th Century), ko noteica 250 starptautiskie sporta žurnālisti, bet 2002. gadā viņu iekļāva visu laiku simboliskajā Pasaules kausa komandā (FIFA World Cup Dream Team), ko noteica FIFA sarīkotajā interneta balsojumā. Tāpat F. Bekenbauers tika iekļauts Eiropas populārāko futbola izdevumu France Football (2020) un World Soccer (2013) visu laiku simboliskajās pasaules komandās.

1984. gadā F. Bekenbauers saņēma FIFA augstāko apbalvojumu par nopelniem (FIFA Order of Merit). 2006. gadā viņš tika uzņemts Vācijas Sporta slavas zālē (Hall of Fame des deutschen Sports), bet 2007. gadā viņš saņēma prestižo Laureus balvu par mūža ieguldījumu (Laureus Lifetime Achievement Award). 2024. gadā Bayern iemūžināja F. Bekenbauera ierasto 5. numuru, ko turpmāk neviens komandas spēlētājs vairs neizmantos. Minhenes lielākā stadiona Allianz Arena, kur mājas spēles aizvada valsts titulētākais klubs Bayern, adrese ir Franz Beckenbauer Platz 5. Pie stadiona arī ir uzstādīta F. Bekenbaueram veltīta bronzas statuja. Kopš 2025. gada Vācija Superkauss oficiāli nosaukts par Franz Beckenbauer Supercup, ko tradicionāli sezonas startā izspēlē iepriekšējās sezonas bundeslīgas čempioni ar Vācijas kausa ieguvējiem.

Jau 1975. gadā F. Bekenbauers uzrakstīja grāmatu “Kāds kā es” (Einer wie ich), bet 1992. gadā iznāca vēl viena autobiogrāfiska grāmata “Es: kā tas tiešām bija” (Ich: Wie es wirklich war). Vēl vairākas grāmatas par Vācijas slaveno futbolistu uzrakstījuši arī citi autori. Piemēram, 2024. gadā klajā nāca Vācijā plaši pazīstamā autora Ulriha Heses (Ulrich Hesse) grāmata “Ķeizara trīs dzīves: Franca Bekenbauera biogrāfija” (The Three Lives of the Kaiser: A Biography of Franz Beckenbauer). 1973. gadā Vācijā iznāca Vigberta Vikera (Wigbert Wicker) spēlfilma “Libero”, kur F. Bekenbauers attēloja pats sevi.