Izveidošanās, izmaiņas struktūrā ZS sāka veidoties tūlīt pēc valstiskās neatkarības atjaunošanas. 25.05.1991. Latvijas Republikas Augstākā padome (LR AP) pieņēma lēmumu “Par neatliekamiem pasākumiem sakarā ar PSRS bruņoto vienību vardarbīgajām akcijām Latvijas teritorijā”, kurā arī paredzēja LR AP Aizsardzības un iekšlietu komisijai uzdot nekavējoties uzsākt likumprojekta ‘Par Zemessardzi” izstrādi. 23.08.1991. LR AP kā vienu no pirmajiem likumiem pēc pilnīgas valsts neatkarības atjaunošanas pieņēma Likumu par Latvijas Republikas Zemessardzi. Likums noteica, ka ZS ir brīvprātīgs sabiedrības pašaizsardzības formējums un tās mērķis ir iesaistīt Latvijas iedzīvotājus valsts un sabiedrības aizsardzībā. Katrā valsts rajonā izveidojams viens ZS bataljons, ZS veidošanas sistēmas pamatā bija apbruņotas tautas princips, iestāšanās tajā bija brīvpratīga, ZS bija pakļauta LR AP priekšsēdētājam, kurš vienlaicīgi bija ZS priekšnieks.
Nākamajā dienā – 1991. gada 24. augustā – tika izdota ZS priekšnieka pirmā pavēle uzsākt zemessargu kandidātu reģistrāciju pašvaldībās. 25. septembrī izdota ZS priekšnieka pavēle par ZS apakšvienību formēšanu, saskaņā ar kuru bija paredzēts uzsākt 35 teritoriālu (valsts administratīvajos rajonos) un tiešās pakļautības bataljonu formēšanu. Bataljonu izveidošana prasīja vairākus mēnešus – tas bija atkarīgs no katra rajona administrācijas aktivitātes un iespējām. 17.10.1991. LR AP namā nodeva zvērestu Zemessardzes priekšnieks Anatolijs Gorbunovs, ZS štāba priekšnieks Ģirts Valdis Kristovskis, štāba darbinieki un bataljonu komandieri – pavisam 60 cilvēki.
1992. gada jūlijā ZS bataljonus sāka apvieno valsts novadu brigādēs. Tas tika veikts tāpēc, ka no viena centra vadīt 35 bataljonu darbību bija apgrūtinoši. Brigāžu uzdevums bija nodrošināt sava reģiona bataljonu operatīvo darbību, kā arī tas deva iespēju optimizēt bataljonu štatu. Pavisam izveidoja piecas novadu brigādes:
1. Rīgas brigādē bija iekļauti: ZS Rīgas 11., 12., 13., 14., 15., 16. bataljons, Rīgas apriņķa pulks un 18. Jūrmalas bataljons;

Rīgas pilsētas Centra rajona 11. Zemessardzes bataljona zemessargi pēc bataljona karoga iesvētīšanas. 1992. gada decembris.
Fotogrāfs nezināms. Avots: Latvijas Kara muzejs.
2. Vidzemes brigādē bija iekļauti: ZS 21. Limbažu bataljons, ZS 22. Valmieras bataljons, ZS 23. Valkas bataljons, ZS 24. Alūksnes bataljons, ZS 25. Gulbenes bataljons, ZS 26. Madonas bataljons, ZS 27. Cēsu bataljons;
3. Latgales brigādē bija iekļauti: ZS 31. Balvu bataljons, ZS 32. Ludzas bataljons, ZS 33. Krāslavas bataljons, ZS 34. Daugavpils bataljons, ZS 35. Preiļu bataljons;
4. Kurzemes brigādē bija iekļauti: ZS 41. Talsu bataljons, ZS 42. Tukuma bataljons, ZS 43. Saldus bataljons, ZS 44. Liepājas bataljons, ZS 45. Kuldīgas bataljons, ZS 46. Ventspils bataljons, 01.03.1993. brigādē iekļāva jaundibināto ZS 47. Liepājas bataljonu;
5. Zemgales brigādē bija iekļauti: ZS 51. Dobeles bataljons, ZS 52. Jelgavas bataljons, ZS 53. Bauskas bataljons, ZS 54. Ogres bataljons, ZS 55. Aizkraukles bataljons, ZS 56. Jēkabpils bataljons.
1992. gada sākumā ZS rindās bija iesaistījušies 8400 zemessargu. 19.03.1992. gandrīz vienlaicīgi pie ZS štāba nodibināja Augstākās padomes padomnieku rotu un Zemessardzes padomnieku rotu. 1. maijā izveidota Zemessardzes štāba speciālo uzdevumu vienība, kura tika likvidēta tā paša gada novembrī, tās vietā izveidojot speciālo uzdevumu vienības katrā brigādē. 1992. gada rudenī Cēsīs sāka veidot ZS kājnieku mācību centru, kurā pirmās apmācības notika Lielbritānijas instruktoru vadībā. Vēlākajos gados uz šīs skolas bāzes izveidoja NBS Instruktoru skolu. Šajā laikā ZS personāla skaits strauji pieauga – 1993. gada sākumā ZS zemessargu kopskaits bija 16 800 cilvēku, no tiem 7 % bija algoti darbinieki, bet pārējie ārrindnieki, 90 % no zemessargiem bija dienējuši padomju armijā. ZS regulāri veica dažādas darbības Latvijas iekšējās drošības nostiprināšanai: piedalījās valsts ārējo robežu apsardzībā, kontrabandas apkarošanā, palīdzēja valsts policijai kārtības uzturēšanā un noziedzības apkarošanā (šai laikā svarīga bija ZS nozīme cīņā pret bandītismu un reketu).
18.03.1993. sāka veidot Zemessardzes aviāciju, bet septembrī tika uzsākta ZS Aviācijas mācību centra “Spilve” izveide, un uz tā bāzes izveidoja ZS aviācijas meklēšanas un glābšanas dienesta speciālo vienību. 1995. gadā ZS Cēsu, Limbažu, Rēzeknes un Daugavpils aeroklubus reorganizēja par aviācijas vienībām, bet 1996. gadā izveidoja Jelgavas aviācijas vienību. 1993. gada rudenī Ogrē izveidoja ZS sakarnieku mācību centru.
24.11.1994. LR Saeima pieņēma likumu “Par valsts aizsardzību”, saskaņā ar kuru ZS bija NBS sastāvdaļa, likumā definēta kā brīvprātīgs sabiedrisks formējums, kas mobilizācijas jautājumos pakļavās Aizsardzības spēku komandierim.
02.08.1995. sākās ZS speciālo uzdevumu vienību reorganizācija: brigādēs šīs vienības likvidēja un izveidoja vienu speciālo uzdevumu vienību ZS komandiera tiešā pakļautībā. Šī paša gada augustā Dobelē izveidoja ZS Izlūku mācību centru. 14.10.1997. ZS Speciālo uzdevumu vienību pārdēvēja par ZS vienību “Vanags”.
1998. gadā NBS sākās reorganizācija, saskaņā ar kuru uz ZS bāzes sāka veidot Sauszemes spēkus. 12. septembrī saskaņā ar NBS komandiera pavēli ZS komandierim tika pakļautas vairākas NBS vienības, strukturāli neiekļaujot tās ZS sastāvā: Izlūkdienesta/Latvijas miera uzturēšanas bataljons, Alūksnes Mobilo strēlnieku mācību centrs, Sigudas sakaru mācību centrs un BALTBAT Latvijas rota. 1999. gadā ZS sastāvā bija 1672 ierindas un 14 900 ārrindas zemessargu.
2000. gadā ZS tika sākta strukturālā reforma, apvienojot vairākus bataljonus, un divu gadu laikā izveidoja struktūru no 20 bataljoniem.
2003. gada janvārī, turpinot ZS vienību reorganizāciju un restrukturizāciju, Zemessardzes brigādes pārdēvēja par Zemessardzes kājnieku brigādēm, Zemessardzes bataljonus – par Zemessardzes kājnieku bataljoniem, kā arī tika apvienotas un reorganizētas vairākas ZS vienības. 2003. novembrī agrāko piecu ZS kājnieku brigāžu vietā izveidoja divus ZS novadus: 1. Zemessardzes novadā ar dislokācijas vietu Liepājā iekļāva Zemessardzes agrākās 1. Rīgas un 4. kājnieku brigādes, 2. Zemessardzes novadā ar dislokāciju Rēzeknē iekļāva ZS agrākās 2. Vidzemes, 3. Lagales brigādi un daļu no 5. Zemgales kājnieku brigādes. Reorganizējot Zemessardzes kājnieku brigādes un to Nesprāgušās munīcijas neitralizēšanas nodaļas, tās parveidoja un nodeva Ādažu Mobilā strēlnieku mācību centra pakļautībā, izveidojot Nesprāgušās munīcijas neitralizēšanas rotu. 2004. gada martā ar aizsardzības ministra pavēli noteica, ka ZS komandieris pilda Sauszemes spēku komandiera pienākumus. 2004. gada jūlijā uz ZS 34. kājnieku bataljona bāzes izveidoja ZS Artilērijas bataljonu, bet augustā uz ZS 54. kājnieku bataljonu bāzes izveidoja ZS Inženiertehnisko bataljonu, tam pievienojot Ādažu Mobilo strēlnieku mācību centra Inženiertehnisko rotu un Nesprāgušās munīcijas neitralizēšanas rotu, septembrī uz ZS 17. kājnieku bataljona bāzes izveidoja ZS Pretgaisa aizsardzības bataljonu.

Zemessardzes Artilērijas bataljona mācības šaušanā ar 100 mm lielgabaliem. Ādažu poligons, 10.08.2008.
Fotogrāfe Laila Bajāre/V/a "Tēvijas sargs". Avots: Aizsardzības ministrija.
2005. gadā ar aizsardzības ministra pavēli izveidoja ZS Aizsardzības pret masveida iznīcināšanas ieročiem rotu, pievienojot to ZS 31. kājnieku bataljonam. 01.01.2006. ZS organizatoriski nodalīja no Sauszemes spēkiem un izveidoja trešo ZS novadu ar izvietojuma vietu Rīgā, iekļaujot šajā novadā visas galvaspilsētā un apkārtnē esošās ZS vienības: ZS Studentu bataljonu, ZS 17. Pretgaisa aizsardzības bataljonu, ZS 19. kājnieku bataljonu, ZS 22. kājnieku bataljonu, ZS 27. kājnieku bataljonu, ZS 54. Inženiertehnisko bataljonu. ZS kopējais bataljonu skaits samazinājās līdz 18 bataljoniem.
2010. gadā pieņēma jauno Likumu par Zemessardzi, kas stājās spēka 1. septembrī. Likums noteica, ka ZS ir NBS sastāvdaļa un tās mērķis ir iesaistīt Latvijas pilsoņus valsts teritorijas un sabiedrības aizsardzībā.
2010. gadā ZS dienēja 475 karavīri, 8220 zemessargi un 2446 veterāni. Šajā laikā ZS struktūrā bija trīs novadi: ZS 2. novads ar sešiem bataljoniem un novada štābu Rīgā, ZS 3. novads ar septiņiem bataljoniem un novada štābu Rēzeknē, ZS 4. novads ar pieciem bataljoniem un štābu Liepājā. 22.02.2010. Valmierā izvietoja jaundibināto ZS Speciālo psiholoģisko operāciju (PSYOPS) atbalsta vadu.
30.07.2013. dibināta ZS Kiberaizsardzības vienība, kuras uzdevums ir NBS un Informācijas tehnoloģiju drošības incidentu novēršanas institūcijai sniegt atbalstu informācijas tehnoloģiju drošības novēršanā un radušos seku pārvarēšanā. Kibervienības galvenais mērķis ir attīstīt spējas, lai sniegtu atbalstu apdraudējuma situācijā kibertelpā.
2017. gadā ZS sāka pāreju no novadu uz brigāžu struktūru. 03.01.2018. izveidotas četras ZS brigādes: ZS 1. Rīgas, ZS 2. Vidzemes, ZS 3. Latgales un ZS 4. Kurzemes brigāde. Šāda struktūra ZS pastāv arī šobrīd.

Zemessardzes 3. brigādes militārās pamatapmācības nometne mācību poligonā "Meža Mackeviči". Daugavpils novads, 2017. gads.
Fotogrāfs Normunds Mežiņš. Avots: Aizsardzības ministrija.
2019. gada sākumā ZS kopējais skaits ir 8280 zemessargi. ZS ir izveidojusies cieša sadarbība ar Amerikas Savienoto Valstu (ASV) Mičiganas pavalsts Nacionālo gvardi (The Michigan National Guard), kā arī Lielbritānijas Teritoriālo armiju (The Army Reserve), Zemessardzi Dānijā (Hjemmeværnet), Zviedrijā (Hemvärnet), Norvēģijā (Heimevernet), Lietuvā (Savanorių pajėgos) un Igaunijā (Kaitseliit). Zemessardzes vienību karavīri piedalās dažādās starptautiskajās militārajās mācībās – GuardEx, Nordic Peace, Baltic Cooperation, Partner Challenge u. c., kā arī NBS Latvijas kontingenta sastāvā piedalās dažādu starptautisku organizaciju, t. sk. Ziemeļatlantijas Līguma Organizācijas (North Atlantic Treaty Organization, NATO), Eiropas Savienības, Apvienoto Nāciju Organizācijas (ANO), rīkotajās humānajās un miera uzturēšanas misijās.
Dienesta pakāpe, vārds, uzvārds | Pilnvaru termiņš |
Anatolijs Gorbunovs, ZS priekšnieks | 24.09.1991.–1994. |
ZS pulkvedis Juris Eihmanis | 19.01.1995.–18.06.1998. |
ZS pulkvedis Raimonds Graube | 22.03.1998.–21.03.1999. |
ZS pulkvedis Jānis Kononovs | 22.03.1999.–20.08.2000. |
ZS pulkvedis Juris Kiukucāns | 21.08.2000.–01.03.2004. |
pulkvedis Juris Bezzubovs | 02.03.2004.–05.03.2008. |
brigādes ģenerālis Juris Zeibārts | 06.03.2008.–14.10.2011. |
brigādes ģenerālis Leonīds Kalniņš | 15.10.2011.–25.08.2016. |
brigādes ģenerālis Ainārs Ozoliņš | no 26.08.2016. |