ĢIT izveidojies no neatkarīgās teātra apvienības UnitedIntimacy, ko 2002. gadā dibināja režisors Viesturs Kairišs. Pēc V. Kairiša aiziešanas no apvienības tajā turpināja darboties producente M. Pavlova un režisors Andrejs Jarovojs. Apvienība darbojās bez pastāvīgas spēles telpas, iestudējot izrādes dažādās Rīgas vietās.
2009. gada rudenī UnitedIntimacy meklēja telpas Rīgā, kur izrādīt slovēņu horeogrāfa Branko Potočana (BrancoPotachan) un A. Jarovoja fiziskā teātra iestudējumu "Vīru lietas" (Maennersache), kas pirmizrādi piedzīvoja festivālā Slovēnijā. Vieta tika atrasta iekšpagalma namā Ģetrūdes ielā 101a, kas 1954. gadā celts Remontceltniecības pārvaldei nr. 2 un kurā atradās arī aktu zāle. 27.10.2009. jaunā telpa tika atklāta ar "Vīru lietu" Latvijas pirmizrādi, un šis datums tiek uzskatīts arī par ĢIT dzimšanas dienu.
Pirmajos darbības mēnešos UnitedIntimacy pievienojās režisoru Kristas Burānes un Mārtiņa Eihes radošais tandēms “Nomadi”, kas arī meklēja telpas saviem projektiem, un kopīgi tika izdomāts nosaukums – Ģertrūdes ielas teātris. Gan UnitedIntimacy, gan "Nomadi" šajās telpās turpināja veidot izrādes, līdz "Nomadi" izlēma darboties citur.
Teātra sākotnē piedalījušās arī citas neatkarīgās teātra apvienības un mākslinieki: Vara Klausītāja “Zīmējumu teātris”, Elīnas Gaitjukevičas un Sintijas Siliņas apvienība “Dejas Anatomija”, režisori Kārlis Krūmiņš un Valters Sīlis. Tieši K. Krūmiņa diplomdarba izrāde "Svētceļnieks" 2010. gadā kļuva par pirmo ĢIT iestudēto izrādi un saņēma Latvijas Kultūras akadēmijas teātra festivāla "Patriarha rudens" galveno balvu.

Aina no izrādes "Svētceļnieks". Ģertrūdes ielas teātris, Rīga, 2010. gads.
Fotogrāfs Oskats Rozenbergs. Avots: Ģertrūdes ielas teātris.
Mūsdienās ĢIT ir viens no spēcīgākajiem nevalstiskajiem teātriem Latvijā, kas sezonā piedāvā 4–6 jauniestudējumus – gan Latvijas režisoru un teātra mākslas studentu izrādes, gan starptautiskus sadarbības projektus un viesizrādes. Teātris uzsvaru liek uz eksperimentālas formas izrādēm pieaugušajiem, un tā repertuārā atrodas gan oriģināldramaturģijas, gan pasaules literatūras un dramaturģijas klasikas iestudējumi. ĢIT ir arī vienīgais Latvijas teātris, kurā regulāri tiek iestudētas laikmetīgās dejas izrādes.
Kopš dibināšanas teātrī izrādes veidojuši režisori Ģirts Šolis, Mārtiņš Eihe, Inga Tropa, Arnita Jaunsubrēna, Valters Sīlis, Regnārs Vaivars, Mārcis Lācis, Elīna Cērpa, Kārlis Krūmiņš, Vladislavs Nastavševs un citi.