Lietuvas dižkunigaitijas senākais vēsturiskais karogs zināms no 15. gs. sākuma, kad tas 1410. gadā tika izmantots Grunvaldes kaujā kā dižkunigaitijas karaspēka kaujas karogs. Tajā uz sarkana lauka ir attēlots sudrabkrāsas jātnieks – Vītis (Vytis).
Lietuvas nacionālais un valsts karogs veidojies daudz vēlāk. Ņemot vērā Lietuvas atrašanos Krievijas impērijas sastāvā un lietuviešu aktīvo dalību pret impēriju vērstajās sacelšanās kustībās 18. gs. beigās un 19. gs., vienota nacionālo krāsu pieņemšana un leģitimizācija pašā Lietuvā bija apgrūtināta. Tikai 19. gs. otrajā pusē nacionālā karoga projektus sāka veidot lietuviešu diasporas ārzemēs. Īpaši daudz karogu un nacionālo krāsu projektu šajā laikā izveidoja Amerikas Savienoto Valstu (ASV) lietuviešu biedrības, ierosinātajos priekšlikumos bija pārstāvētas visdažādākās krāsu kombinācijas. Vienotu lēmumu par karoga izveidi traucēja pieņemt diasporas sašķeltība un šo organizāciju savstarpējās sadarbības neesamība. Nozīmīgākas debates par vienotu nacionālo karogu pašā Lietuvā sākās tikai 1905. gadā, kad Lielajā Viļņas Seimā vēsturnieks un nacionālās atmodas dalībnieks Jons Basanavičs (Jonas Basanavičius) ierosināja atzīt vēsturisko 15. gs. sarkano karogu ar baltu bruņinieku sarkanā laukā par Lietuvas karogu. Ņemot vērā tā laika sarkanās krāsas asociācijas ar sociālisma idejām un revolūciju, priekšlikums tika noraidīts. Diskusijas par valsts karogu atjaunojās tikai 1917. gadā, kad parādījās reālas izredzes atjaunot Lietuvas valstiskumu. Lai gan J. Basanavičs turpināja virzīt priekšlikumu par vēsturiskā sarkanā karoga atzīšanu, lietuviešu intelektuāļu un jaunās Lietuvas valsts veidotāju vidū nostiprinājās viedoklis par nepieciešamību radīt jaunu karogu, kuru veidotu atšķirīgu krāsu salikums. Balstoties nosacījumā, ka izmantojamas lietuviešu tekstīlijās visbiežāk sastopamās krāsas, kā topošā karoga krāsas izvēlējās zaļu un sarkanu. 1917. gadā Viļņā notika konference ar Lietuvas delegātu sapulci, kas paredzēja neatkarīgas Lietuvas valsts izveidošanu; tās laikā norises telpas rotāja zaļi sarkans karogs. Tā kā šāds krāsu salikums neguva konferences delegātu viennozīmīgu atbalstu, 25.04.1918. Lietuvas pagaidu valdība apstiprināja karogu, kas sastāvēja no trim vienāda platuma horizontālām joslām dzeltenā, zaļā un sarkanā krāsā. Šādā salikumā Lietuvas valsts karogs tika apstiprināts arī 1922. gada Lietuvas valsts konstitūcijā (Lietuvos Valstybės Konstitucijoje) un 1928. gada Lietuvas Republikas konstitūcijā (Lietuvos Respublikos Konstitucija). 1936. gadā Lietuvas sabiedrībā notika debates par karoga krāsu salikumu, rosinot dzelteno joslu novietot karoga vidū vai par valsts karogu izvēlēties mazās Lietuvas zaļi-balti-sarkano karogu. Valsts ģerboņu komisija 08.05.1940. iesniedza valsts prezidentam Antanam Smetonam (Antanas Smetona) projektu, kurā dzeltena, sarkana un balta karoga vienā pusē attēlots valsts ģerbonis un otrā – Ģediminaišu stabi (Gediminaičių stulpai). Šī projekta tālāku virzību pārtrauca padomju okupācija Lietuvā.