No 1992. gada bija profesionāls hokejists. Trīs sezonas aizvadīja Rīgas hokeja komandas “Pārdaugava” sastāvā MHL (Межнациональная хоккейная лига, Starpnacionālā hokeja līga) jeb Krievijas atklātajā čempionātā (1992/1993–1994/1995). Līdztekus 1992./1993. gada sezonā startēja komandā “Pārdaugava-1” Latvijas čempionātā un tās sastāvā kļuva par valsts čempionu.
Trīs sezonas spēlēja Turku “TPS” (“Turun Palloseura”) komandā (1995/1996–1997/1998), kas aizvadīja spēles Somijas augstākā līmeņa hokeja čempionātā “SM-liiga” (kopš 2013. gada nosaukums “Liiga”), kā arī startēja Eirolīgā (Euroleague, European Hockey League). “TPS” sastāvā kļuva par Eirolīgas čempionu (1997), Eiropas Superkausa ieguvēju (1998) un divas reizes par Somijas vicečempionu (1996, 1997). “TPS” sastāvā trenējās pie Vladimira Jurzinova (Владимир Владимирович Юрзинов). Somijā pavadītais laiks deva būtisku progresu K. Skrastiņa hokeja karjerā.
06.1998. Nacionālās Hokeja līgas (National Hockey League, NHL) ikgadējā jauno spēlētāju pieteikumā jeb draftā (Entry draft) K. Skrastiņu ar kopējo 230. numuru izvēlējās klubs “Nashville Predators” (Nešvila, Amerikas Savienotajās Valstīs, ASV), rezervējot tiesības slēgt līgumu ar hokejistu. No 1998. gada K. Skrastiņš hokeja karjeru turpināja Ziemeļamerikā.
1998./1999. gada sezonā K. Skrastiņš lielāko daļu laika spēlēja Nešvilas kluba rezervistu komandā jeb fārmklubā “Milwaukee Admirals” (Milvoki, ASV), kas startēja Starptautiskās Hokeja līgas (International Hockey League, IHL) čempionātā. 09.02.1999. debitēja “Nashville Predators” sastāvā NHL čempionātā, bet tosezon tajā aizvadīja tikai divas spēles. 1999./2000. gada sezonā jau lielāko daļu laika pavadīja Nešvilas komandā NHL čempionātā (59 spēles), bet Milvoki komandā IHL čempionātā tikai 19 spēles. No nākamās, 2000./2001. gada, sezonas Ziemeļamerikā spēlēja tikai NHL čempionātā. “Nashville Predators” sastāvā startēja līdz 2002./2003. gada sezonai. No 2003./2004. gada sezonas līdz 02.2008. (atskaitot nenotikušo jeb lokauta sezonu 2004/2005) bija “Colorado Avalanche” (Denverā, ASV) sastāvā. Atlikušo 2007./2008. gada sezonas daļu un 2008./2009. gada sezonu K. Skrastiņš aizvadīja “Florida Panthers” (Sanraiza, Maiami metropoles zonā, ASV). Turpinājumā divas sezonas spēlēja “Dallas Stars” (Dalasā, ASV) sastāvā (2009/2010, 2010/2011). Pēdējo spēli NHL čempionātā K. Skrastiņš aizvadīja 10.04.2011.

Kārlis Skrastiņš apbalvošanas ceremonijā pirms spēles. Denvera, ASV. 08.02.2007.
Fotogrāfs Doug Pensinger. Avots: Getty Images, 73268296.
Kopumā NHL čempionātā spēlēja 12 sezonas (1998/1999–2003/2004; 2005/2006–2010/2011), kuru laikā aizvadīja 852 spēles – no tām 832 spēles regulārajā čempionātā un 20 spēles Stenlija kausa izcīņā jeb play off (izslēgšanas spēlēs). Regulārajā čempionātā K. Skrastiņš guva 136 rezultativitātes punktus (32 vārti + 104 rezultatīvas piespēles), izslēgšanas spēlēs – 3 punktus (0+3).
Lokauta sezonu (2004/2005), kad nenotika NHL čempionāts, K. Skrastiņš aizvadīja “Rīga 2000” komandā Baltkrievijas un Latvijas čempionātos. “Rīga 2000” sastāvā kļuva par Latvijas hokeja čempionu (2005).
2011. gada vasarā pārcēlās uz Jaroslavļas “Lokomotiv” komandu, kas startē Kontinentālajā hokeja līgā (Континентальная хоккейная лига, KHL) jeb Krievijas atklātajā hokeja čempionātā. Pirms oficiālā KHL čempionāta sākuma “Lokomotiv” sastāvā 08.2011. Rīgā izcīnīja uzvaru “Latvijas dzelzceļa” kausa turnīrā.