Pieaugušie putni ir nometnieki, lai gan iespējami arī klejojumi. Nepieaugušie putni ir klejotāji, kas garākos klejojumos dodas pirmajos dzīves gados.
Ligzdo dažādu izmēru mežos, parasti ūdeņu (primārās barības ieguves vietas) tuvumā. Ligzdošanai mēdz izvēlēties meža ainavas robežzonas – klajumu (cirsmu, bebraiņu, vējgāžu) malas, kā arī vecas, galotņu līmenī izretinājušās audzes. Var ligzdot arī cirsmās atstātajos kokos. Ligzda tiek būvēta kokos, Latvijā galvenokārt izvēloties priedes un apses, retāk – bērzus, egles, ozolus, melnalkšņus, ošus. Ligzda ir masīva konstrukcija, kas būvēta no resniem zariem, caurmērā var sasniegt 1,5 m izmēru un vairāk nekā 2 m augstumu. Parasti tiek būvēta koka vainaga augšējā daļā zem galotnes zariem, daļā gadījumu – pašā galotnē. Var aizņemt citu putnu (piemēram, zivjērgļa) būvētas ligzdas. Ligzdu izklāj ar sausu zāli un pušķo ar svaigiem skuju un lapu koku zariņiem, pušķošana ir izteiktāka īsi pirms ligzdošanas sezonas uzsākšanas un tās laikā. Ligzdu būvē abi pāra putni.
Dējumā 1–3 (parasti 2) baltas olas, Latvijā pirmā ola parasti tiek dēta marta pirmajās desmit dienās, pārējās var sekot ar dažu dienu intervāliem. Uz maiņām perē abi vecāki, sāk perēt pēc pirmās olas izdēšanas, inkubācijas laiks – aptuveni 38 dienas. Mazuļi izšķiļas ar laika intervālu, un vecākais parasti vēlāk iegūst priekšrocības barības ieguvē no pieaugušajiem putniem. Laikā pirms izlidošanas jaunie putni trenē spārnus uz ligzdas un tuvējos zaros, savā pirmajā lidojumā parasti dodas aptuveni 80 dienu vecumā.
Barībā galvenokārt zivis un ūdensputni, retāk – nelieli zīdītājdzīvnieki (meža cauna, pelēkais zaķis, jaunas lapsas, arī jau beigtu dzīvnieku atliekas), ziemas laikā jūras ērglis ir izteikts maitēdājs. Atsevišķās ligzdošanas teritorijās var specializēties uz īpašiem barības objektiem (piemēram, baltajiem stārķiem vai dzērvēm).
Pēcligzdošanas periodā piemērotās vietās var pulcēties lielā skaitā – rudeņos, kad tiek nozvejoti zivju dīķi, lielākajos dīķu kompleksos var uzskaitīt pat vairāk nekā 50 putnus vienkopus.
Dabā var sasniegt 30 gadu vecumu, nebrīvē var dzīvot vairāk nekā 40 gadus.