LRS izveidota uz Latvijas Padomju rakstnieku savienības (dibināta 1940. gada 26. oktobrī) bāzes. Pamatojoties uz LRS biedru pilnsapulces lēmumu, 1990. gada 22. janvārī organizācija pieņēma lēmumu izstāties no Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Rakstnieku savienības, kuras struktūrvienība tā bija kopš organizācijas dibināšanas 1940. gadā. Pilnsapulcē tika pieņemti jauni LRS statūti, kļūstot juridiski par neatkarīgu organizāciju. Tika mainīts arī nosaukums – Latvijas Rakstnieku savienība (LRS).
1990. gada 25. maijā notika LRS valdes pirmā sēde. Par LRS biedru uzņēma pirmo ārzemēs dzīvojošo latviešu dzejnieku Olafu Stumbru, kam vēlāk pievienojās Valdis Krāslavietis, Aina Vāvere un citi. 1992. gada aprīlī agrākā kongresa vietā notika LRS pirmā pilnsapulce ar pārvēlēšanu tiesībām, un tā par priekšsēdētāju izraudzījās Viktoru Avotiņu. Turpmāk LRS vadību vēlēja ik pēc diviem gadiem. 1992. gada 9. jūnijā no PSRS Literatūras fonda tika pārņemts Dubultu Rakstnieku nams (ar 1995. gada Ministru kabineta rīkojumu nodots LRS īpašumā). 1993. gadā notika LRS struktūru reorganizācija – apvienota LRS un Literatūras fonda valde, SIA “Rakstnieku savienības Literatūras fonds” turpināja darbību uz iepriekšējā Latvijas Literatūras fonda bāzes, kura uzdevums bija nodrošināt LRS saimniecisko un finansiālo darbību. 1993. gadā tika apvienots arī Literatūras propagandas birojs un LRS klubs rakstnieku klubā “Burtnieks”, kā arī triju LRS priekšsēža vietnieku vietā turpmāk tika izraudzīts viens. Poliklīnika, kas bija LRS Literatūras fonda pārvaldībā, darbojās līdz 1997. gada 1. februārim, kad tika nodibināta no fonda neatkarīga uzņēmējsabiedrība SIA “Rakstnieku poliklīnika”. 1998. gadā SIA “Rakstnieku savienības Literatūras fonds” tika atzīts par maksātnespējīgu un likvidēts. Turpmāk saimnieciskās darbības jautājumi pārgāja LRS lietvedības pārziņā. 1996. gadā LRS ilggadējā mītnes ēka Kr. Barona ielā 12 tika denacionalizēta, 1997. gada organizācija pārcēlās uz īrētu namu Citadeles ielā 2. 1998. gada jūlijā LRS iegādājās ēku Kuršu ielā 24. Vēlāk LRS birojs vairākkārt mainīja adresi: Lāčplēša iela 48/50–12, A. Čaka iela 37–1, kopš 2023. gada – Latviešu biedrības namā Merķeļa ielā 13.