Struktūra, lēmumu pieņemšana, vadība Augstākais RS likumdevējs bija rakstnieku kongress. Tajā ievēlēja RS valdi, kas īstenoja organizācijas pārvaldi un bija augstākā vadītāja instance, un strādāja kongresu starplaikā. Saskaņā ar statūtiem RS valdei bija jādod pārskats par savu darbību PSRS Rakstnieku savienības valdei. Savukārt PSRS Rakstnieku savienības kongresu un valdes lēmumi attiecās arī uz RS kā tās nodaļas darbu.
RS valdes sēdēs galvenokārt apsprieda aktualitātes literatūrā, mākslinieciskās un idejiskās problēmas, iztirzāja nozīmīgākās parādības jaunākajā dzejā, prozā, dramaturģijā un citur, diskutēja par atsevišķu rakstnieku daiļradi, kā arī uzņēma jaunos RS biedrus, pārrunāja literāro prēmiju jautājumus un izvirzīja to kandidātus. Sēdēs pārrunāja arī RS periodisko izdevumu darbu, lēma par redakcijas sastāvu un redaktoru kandidatūrām. Tāpat tika apspriesti arī organizatoriski jautājumi, piemēram, kongresu, plēnumu organizēšana un tamlīdzīgi. Rakstnieki tika informēti arī par Padomju Savienības Komunistiskās Partijas (PSKP) Centrālkomitejas (CK) un PSRS Rakstnieku savienības valdes plēnumu nozīmīgākajiem lēmumiem un izvirzītajiem plāniem un uzdevumiem. Apspriesto jautājumu un problēmu loks pastāvīgi mainījās, bija atkarīgs no politiskajām un ideoloģiskajām pārmaiņām, kas ietekmēja literāro procesu. Bieži valdes sēdēs līdzās kārtējiem darba jautājumiem tika diskutēts par vienu centrālo jautājumu, par kuru tika sagatavots referāts vai pārskats. Valdes sēdes parasti norisinājās atklāti, tajās varēja piedalīties ikviens biedrs, bieži sēdēs bija pieaicināti arī citu kultūras un zinātnes institūciju darbinieki, piemēram, no LPSR Zinātņu akadēmijas A. Upīša Valodas un literatūras institūta, Latvijas Valsts izdevniecības, LPSR Izglītības ministrijas, periodiskajiem izdevumiem, piedalījās arī Latvijas Komunistiskās partijas (LKP) CK pārstāvji. Izņēmums bija tās sēdes, kurās notika amatpersonu pārvēlēšana un balsošana. Saskaņā ar statūtiem balsošana bija atklāta. Daļa valdes sēdēs apspriesto jautājumu un referātu tika publicēti arī LPSR periodiskajos izdevumos.
RS valdes plēnums ievēlēja no sava vidus valdes pirmo sekretāru, kā arī valdes sekretārus. No 1941. līdz 1954. gadam RS valdes priekšsēdētājs bija Andrejs Upīts, taču faktiski organizācijas vadības darbu A. Upīša aizņemtības un veselības stāvokļa dēļ veica atbildīgie sekretāri – Jānis Niedre (1941–1943), Fricis Rokpelnis (1943–1944), Kārlis Krauliņš (1944–1948) un Ignats Muižnieks (1948–1950). 1950. gadā par valdes sekretāru iecēla Valdi Luksu, kurš Rakstnieku savienības 4. kongresā 1954. gadā tika ievēlēts par valdes pirmo sekretāru (amatā līdz 1965. gadam), savukārt A. Upīts tika ievēlēts par goda sekretāru. No 1965. līdz 1974. gadam valdes pirmais sekretārs bija Alberts Jansons, pēc tam Gunārs Priede (1974–1984), Jānis Peters (1984–1989) un Imants Auziņš (1989–1992). Valdes pirmajam sekretāram bija pakļauti divi valdes sekretāri, kas bija valdes pirmā sekretāra vietnieki un vajadzības gadījumā varēja aizvietot valdes pirmo sekretāru.
RS sekretariāts tika izveidots 1951. gadā. Tajā ietilpa valdes sekretāri, literārie konsultanti, literāro izdevumu pārstāvji, RS Komunistiskās partijas pirmorganizācijas sekretārs, PSRS Literatūras fonda Latvijas republikāniskā nodaļas direktors un citi biedri. Sekretariāts galvenokārt organizēja un vadīja RS praktisko darbu, kā arī sagatavoja lēmumu projektus valdei. Sekretariāta sēdēs lēma par daudzveidīgiem jautājumiem, piemēram, RS radošo sekciju un kluba, RS Namu pārvaldes darbu, ideoloģiskās un mākslinieciskās audzināšanas darbu sekcijās, rakstnieku radošajiem komandējumiem, pabalstiem un tamlīdzīgi. RS valdei un tās sekretāriem būtiski lēmumi bija jāsaskaņo ar LKP CK un PSRS Rakstnieku savienību.
RS radošais darbs tika organizēts prozas, dzejas, dramaturģijas, kritikas, tulkotāju un krievu rakstnieku sekcijās, kuru darbu vadīja sekretariāts un valde. Katram rakstniekam bija jādarbojas kādā no sekcijām. Galvenokārt radošo sekciju sēdēs diskutēja par konkrētā žanra aktuālajām mākslinieciskajām problēmām un teorētiskiem un praktiskiem jautājumiem, apsprieda manuskriptus. Katru radošo sekciju vadīja priekšsēdētāji. Sekciju darbam bija piesaistīti konsultanti, kas konsultēja jaunos autorus – iesācējus. Konsultanti piedalījās jauno autoru semināru rīkošanā un par savu nozari sniedza pārskatu sekretariātam.
RS darbojās arī dažādas komisijas un padomes. To nosaukumi un darbība dažādos RS pastāvēšanas periodos bija mainīga, piemēram, Jauno biedru uzņemšanas, Jauno literātu audzināšanas, Bērnu un jaunatnes literatūras, Latviešu literārā mantojuma komisija un citas. Pie RS pieskaitāmas arī Jauno literātu apvienības rajonos un Rīgas jauno literātu studija.
RS struktūrā ietilpa vēl arī PSRS Literatūras fonda Latvijas republikāniskā nodaļa, kas darbu sāka 1945. gada 1. janvārī. Nodaļas galvenais uzdevums bija palīdzības sniegšana RS biedriem, uzlabojot viņu sadzīves apstākļus un materiālo stāvokli, kā arī jauno rakstnieku atbalstīšana, radot viņiem nepieciešamos materiālos apstākļus. RS biedra nāves gadījumā atbalstu varēja saņemt arī viņa tuvinieki un ģimene. Lēmumus par materiālā pabalsta vai dažādu komandējumu piešķiršanu pieņēma RS valdes sekretariātā, tos realizēja PSRS Literatūras fonda Latvijas republikāniskā nodaļa. 1945. gadā RS biedriem tika dibināts Rakstnieku atpūtas nams Dubultos. 1961. gadā speciāli RS biedriem tika dibināta PSRS Literatūras fonda Latvijas nodaļas poliklīnika, ko vēlāk varēja apmeklēt arī komponisti un kinematogrāfisti.
Literatūras fondam bija pakļauts Rakstnieku klubs, kas organizēja literatūrai veltītus pasākumus, svētkus, vakarus, seminārus, rakstnieku tikšanās ar lasītājiem, citu republiku rakstniekiem un tamlīdzīgi. Rakstnieku klubs atbildēja arī par RS sarīkojumu un rakstnieku jubileju pasākumu organizēšanu. 1968. gadā nodibināja īpašu Literatūras propagandas biroju, kas organizēja latviešu un cittautu aktuālos un klasiskās literatūras propagandas sarīkojumus.