Īsa vēsture 20. gs. 60. gadu sākumā visā Latvijā jūtami aktivizējās dabas un kultūras pieminekļu aizsardzības biedrību darbība. Jelgavas biedrība, sekojot līdzīgu biedrību piemēram, par vienu no prioritārajiem uzdevumiem izvirzīja Ā. Alunāna piemiņas saglabāšanu un viņam veltīta memoriālā muzeja izveidošanu. Šīs idejas īstenošanai veidojās labvēlīga situācija ‒ tuvojās latviešu teātra 100 gadu jubileja un arī Ā. Alunāna 120. dzimšanas diena.
Šajā laikā Jelgavas dramatisko apvienību, kurai jau 1959. gadā tika piešķirts Ā. Alunāna vārds, sāka vadīt Lūcija Ņefedova. Tieši L. Ņefedova, kurai Ā. Alunānu lugu iestudēšanas laikā izdevās atrast kontaktus ar Ā. Alunāna meitām Valdu, Emīliju un Valesku, bet jo īpaši ar mazdēlu Ādolfu Švānbergu, noskaidroja četras vietas, kurās savulaik Alunānu ģimene īrējusi dzīvokli. Diemžēl Ā. Alunāna vectēva (mātes tēva) Jelgavas pulksteņmeistara Jūliusa Felckes (Julius Felcke) ēka, kurā savas bērnības un skolas gadus pavadīja Ā. Alunāns, Otrā pasaules kara beigās tika sagrauta. Ā. Švānbergs ieteica muzeja izveidei Ā. Alunāna ģimenes pēdējo dzīvesvietu Jelgavā – Jelgavas 2. kredītbankas direktora Žaņa Bergmaņa ārpilsētas villu (tagadējā Filozofu iela 3). Tajā Alunānu ģimene īrēja ēkas augšējo stāvu. Ā. Alunāns šajā ēkā nodzīvoja savas dzīves pēdējos divus gadus, līdz 1912. gadā devās mūžībā. Ģimene turpināja miteklī dzīvot līdz pat 1926. gadam, kad pārcēlās uz Mežaparku Rīgā. Alunāna meitas Valda, Valeska un Emīlija, pārceļoties uz Rīgu, bija saglabājušas daudzas lietas, kas kādreiz bija atradušās Alunānu īres dzīvoklī Jelgavā ‒ mēbeles, traukus, grāmatas, fotogrāfijas. Šiem artefaktiem bija iespēja nonākt atpakaļ Jelgavā.
1966. gada janvārī Jelgavas izpildvara pieņēma lēmumu par Ā. Alunāna memoriālās mājas-muzeja dibināšanu, vienlaikus telpas L. Paegles ielā 3 (tagad Filozofu iela) nodeva Latvijas kultūras pieminekļu un dabas aizsardzības biedrības Jelgavas nodaļai, lai ēkas 2. stāva trijās telpās iekārtotu muzeju. Par muzeja sabiedrisko direktori apstiprināja Valiju Ritu Zaķi (Brinkus). Sabiedriskā muzeja padomē apstiprināja 10 cilvēkus, to vidū arī L. Ņefedovu, Jelgavas vēstures muzeja direktori Skaidrīti Siliņu un pedagoģiskā darba veterānu kluba vadītāju Veru Putnu.
1967. gada vasarā Ā. Alunāna Tautas teātris vietējā laikrakstā publicēja aicinājumus atsaukties cilvēkus, kuriem varētu būt saglabājušās liecības par Ā. Alunānu, viņa dzimtu, teātri Jelgavā un citām ar teātri saistītām lietām. Memoriālā muzeja telpas tika iecerēts iekārtot tieši tādas kā Ā. Alunāna dzīves laikā. Nepieciešamos līdzekļus (telpu remontam, rekonstrukcijai, noformējumam utt.) Ā. Alunāna Jelgavas tautas teātris bija nolēmis iegūt no lugas “Draudzes bazārs”. Muzejs tika atklāts 1968. gada 11. jūnijā.
Muzeju uzturēt uzņēmās Tautas teātris, kas sākumā darbojās ļoti rosīgi ‒ organizēja pasākumus un nodrošināja muzeja telpās dežūras, taču, tā kā tas bija sabiedrisks pienākums, darbs ar laiku apsīka. Ēkas 1. stāvā joprojām dzīvoja bijušie skolotāji, kuri bija arī pedagoģiskā darba veterānu kluba biedri, īpaši rosīgi darbojās šī kluba vadītāja V. Putna, tomēr pēc V. Putnas slimības muzejs atkal palika novārtā.
Jau pirmajos darbības gados muzeja padome savās atskaitēs vairākkārt norādīja, ka darbība uz sabiedriskiem pamatiem nenotiek, kā iecerēts, arī ar ēkas augšējo stāvu nav pietiekami, lai izvērstu plašāku darbību. Tikai pēc desmit gadiem, tuvojoties Ā. Alunāna 130. dzimšanas dienai (1978), Ģ. Eliasa Jelgavas vēstures un mākslas muzeja direktore S. Siliņa pārliecina izpildvaru pārveidot to par Ģ. Eliasa Jelgavas vēstures un mākslas muzeja filiāli un nodot tā rīcībā visu ēku, solot uzņemties arī profesionālas rūpes par muzeja darbību, tostarp nodrošinot ar pilnas slodzes vadītāju. 1977. gada janvārī šāds lēmums pieņemts, tomēr neizdevās atrast muzejam piemērotu vadītāju, arī Kultūras ministrija vilcinājās ar štata vietas piešķiršanu. Vairāk nekā pēc gada neveiksmīgiem meklējumiem tika uzrunāta Maija Matisa, kura Ā. Alunāna memoriālo muzeju vadīja līdz 2017. gadam.
Muzeja filiāles atklāšana notika 1983. gadā. Jelgavas muzejs ēku saņēma gandrīz avārijas stāvoklī, tādēļ tika sākti remonta un (to laiku izpratnē) restaurācijas darbi, tie turpinājās 10 gadus, bet vienlaicīgi notika arī dažādi sarīkojumi un citi pasākumi. 1988. gada 19. novembrī memoriālais muzejs no jauna tika atvērts apmeklētājiem.
Atjaunojot Latvijas valstisko neatkarību, ēka un zeme tika atdota bijušā īpašnieka mantiniekiem, un pilsētas pašvaldībai nācās risināt jautājumu par muzeja turpmāko likteni. 1998. gadā ēku un zemi pašvaldība no īpašniekiem atpirka un nodeva Ā. Alunāna memoriālā muzeja vajadzībām.
1988. gadā iekārtotā pastāvīgā ekspozīcija par Ādolfu Alunānu ēkas 2. stāvā gandrīz nemainītā veidā saglabāta arī mūsdienās. Apmeklētājiem ir apskatāma pilnībā iekārtota Ā. Alunāna darbistaba un ģimenes ēdamistaba, viesistaba, guļamistaba un abu meitu istaba.
2010. gadā tika realizēts projekts “Ādolfa Alunāna memoriālā muzeja pakalpojumu dažādošana un koka ēkas restaurācija”. Ēka tika pilnībā atbrīvota, līdz, projektam noslēdzoties, 2011. gadā tā ieguva pilnīgi jaunu ārējo veidolu, bet pamatekspozīcijas bagātinātas ar vairākiem digitālajiem risinājumiem, savukārt ēkas 1. stāvs iekārtots kā izstāžu zāle ar nelielu skatuvīti. Tajā norisinās gan muzejpedagoģiskā programma “Uz bīnes jāprot grozīties”, gan sadarbībā ar teātri Ā. Alunāna lugu fragmentu iestudējumi, gan citas aktivitātes.