Lihenoloģiju plaši pielieto vides zinātnē, kur ķērpji tiek izmantoti kā vides indikatori saistībā ar gaisa piesārņojumu un vides kvalitāti. Lihenoloģijas atklājumus pielieto arī ģeoloģijā lihenometrijā, kur atsegtas virsmas (piemēram, klints) vecums tiek vērtēts atkarībā no ķērpja vecuma, kas uz tā aug. Lihenoloģijas attīstība ķērpju bioķīmijas aspektā veicina ķērpju praktisku izmantošanu farmācijā un medicīnā. Ķērpjos atklātas vielas ar antibakteriālu iedarbību, piemēram, usnīnskābe. Nesenos (2007) bioķīmiskos pētījumos atklāta arī ķērpjos esošo vielu pretvīrusu darbība.