Augu slimības ir jebkuras novirzes no augu normālajām funkcijām. Augu slimību rezultātā rodas būtiski ražas kvantitātes un kvalitātes zudumi. Slimības izraisa nedzīvās dabas faktori vai dzīvas būtnes – patogēni, galvenokārt sēnes, vīrusi un baktērijas. Būtiskākās slimību grupas, ko izraisa patogēni: miltrasas, neīstās miltrasas, melnplaukas, rūsas, vītes, plankumainības. Slimību ierobežošanu veic profilaktiski – samazinot infekcijas avotus, selekcionējot un audzējot izturīgas šķirnes, kā arī izmantojot bioloģiskos un ķīmiskos augu aizsardzības līdzekļus.

Augu slimības ietekmē augu augšanu un attīstību, tādēļ tās izraisa būtiskus zaudējumus augkopībā, dārzkopībā un mežkopībā. 21. gs. sākumā pasaulē ik gadu augu slimību dēļ aiziet bojā 14 % no lauksaimniecības produkcijas, tajā skaitā 17 % no kartupeļu un līdz pat 30 % no rīsu potenciālās ražas. Slimību rezultātā samazinās raža un tās kvalitāte ne tikai augu augšanas, bet arī uzglabāšanas un tirdzniecības laikā. Piemēram, kartupeļu parastais kraupis (ierosina baktērija Streptomyces scabies) ražu būtiski nesamazina, bet bojātās mizas dēļ kartupeļiem nav tirgus vērtības. Augu slimību dēļ produkcija kļūst nelietojama. Agrajos viduslaikos Eiropā ar slimību “rudzu melnie graudi” (ierosina sēne Claviceps purpurea) inficēti milti izraisīja gangrēnu, locekļu atmiršanu un pat cilvēku nāvi. Atsevišķas sēnes (piemēram, Fusarium ģints) izdala mikotoksīnus, kas kaitīgi cilvēkam un dzīvniekiem. Augu slimības pasliktina dekoratīvo augu izskatu. Ekonomiskie zaudējumi rodas gan tāpēc, ka ir zemākas ražas, gan tāpēc, ka nepieciešami resursi to ierobežošanai. 21. gs. sākumā ražas zudumi slimību dēļ un izdevumi to ierobežošanai sastāda ap 15 % no visas augkopības ražas vērtības. Slimību ierobežošanas pasākumi var piesārņot vidi un produkciju.

Augu slimības iedala parazitārās (infekciozās) un neparazitārās (neinfekciozās). 

Neparazitārās slimības ierosina nedzīvās dabas faktoru pārpilnība vai trūkums. Tās nepāriet no viena augu uz otru. Piemēram, ūdens trūkums izraisa augu vīšanu, bet pārbagātība – nosmakšanu. Neparazitāro slimību cēloņi: meteoroloģiskie apstākļi, augsnes īpašības, cilvēka darbība (piemēram, nepareiza tehnoloģiju lietošana, vides piesārņojums). Neparazitārās slimības pēta augu fizioloģija, agroķīmija, augkopība un citas jomas. 

Parazitārās slimības ierosina dzīvi organismi, galvenokārt sēnes (Mycota), vīrusi (Virus) un viroīdi (Viroid), baktērijas (Bacteria), hromisti (Chromista), vienšūņi (Protozoa). Dažreiz pie parazitāro slimību izraisītājiem pieskaita arī nematodes (Nematoda). Augu parazitārā slimība ir process, kas noris saimniekauga un patogēna mijiedarbībā noteiktos vides apstākļos. Parazitārās slimības pēta augu patoloģija, daļēji mikoloģija, virusoloģija, molekulārā bioloģija un citas zinātņu nozares.

Augsnes mitruma svārstības ir viens no izplatītākajiem iemesliem, kas kavē augu attīstību un samazina produktivitāti. Ja mitruma trūkst ilgstoši, augi vīst un aiziet bojā. Slimības pazīmes: kavēta augšana, pelēcīgas vai dzeltenīgas lapas, lapas vai skujas priekšlaicīgi birst, neveidojas vai neapputeksnējas ziedi, augļaizmetņi aiziet bojā un nokrīt. Viengadīgi augi jutīgi pat pret īslaicīgu ūdens trūkumu. Daudzgadīgi augi vairāk cieš ilgstoša sausuma dēļ. Augi, kas cieš no sausuma, ir jutīgāki pret parazitārajām slimībām, piemēram, priežu skujbiri, ko ierosina Lophodermium seditiosum. Pazemināts relatīvais gaisa mitrums parasti bojājumus neizraisa, taču, ja vienlaicīgi ir arī augsta gaisa temperatūra un spēcīgs vējš, augu virszemes daļas strauji zaudē ūdeni, kā rezultātā lapas un augļi brūnē, lapas čokurojas, augi īslaicīgi vīst. Augu laistīšana novērš sausuma stresu, tomēr, ja tas ir ilgstošs, augi aiziet bojā.

Plaši izplatītas. Bojā gandrīz visus kultūraugus un savvaļas augus, izņemot kailsēkļus (Gymnosperm). Postošas graudaugiem, vīnogām, dekoratīvajiem augiem, ogulājiem un dārzeņiem. 1854. gadā miltrasas (ierosinātājs sēne Uncinula necator, agrāk Erysiphe necator) epidēmijas rezultātā Francijā vīna ražošana samazinājās par 80 %. Slimības pazīmes: miltveida apsarme uz auga virszemes daļām. Sākumā apsarme gaiša, vēlāk tumšāka un biezāka. Apsarme sastāv no micēlija, kas attīstās virs auga audiem un konīdijnesējiem ar konīdijām (bezdzimumsporām). Vasaras otrajā pusē apsarmē attīstās augļķermeņi – hasmotēciji (chasmothecia), kuros atrodas aski ar asku sporām. Hasmotēciji attīstās ne vienmēr, tas atkarīgs no patogēna ģints un vides apstākļiem. Ierosinātājs: sēnes no Erysiphales rindas, Ascomycota nodalījuma. Biežāk izplatītās ģintis: Erysiphe, Podosphaera un citas (pavisam apmēram 28 ģintis). Erysiphales rindas sēnes ir biotrofi ar šauru specializāciju – katras sugas sēne var inficēt tikai vienu augu sugu. Miltrasas ierosinātāji saglabājas hasmotēcijos arī kā micēlijs dzīvos augos. Inficēšanās notiek ar asku sporām vai konīdijām. Konīdijas attīstās ātri, jauna sporu paaudze var veidoties dažu dienu laikā. Erysiphales rindas sēnes attīstās plašā temperatūras diapazonā. Atšķirībā no citām sēnēm, tām nav nepieciešams brīvs mitrums uz auga, bet nepieciešams augsts relatīvais gaisa mitrums (virs 90 %). Ierobežošana: augu atlieku savākšana un iznīcināšana, izturīgu šķirņu audzēšana, bioloģisko vai ķīmisko augu aizsardzības līdzekļu lietošana.

Vienas no biežāk sastopamajām un senāk pazīstamajām slimībām. Postošas labībām, skujkokiem, augļu kokiem, sojai, dekoratīvajiem augiem un citiem. Slimības pazīmes variē. Tipiskākā pazīme ir pustulas – uredo (vasaras) sporu sakopojums, kas sākotnēji atrodas zem epidermas, bet vēlāk “iznāk” virspusē. Parasti pustulas ir košās krāsās – dzeltenas, oranžas vai brūnas. Ierosinātājs: sēnes no Pucciniales rindas (agrāk Uredinales rinda), Basidiomycota nodalījuma. Pazīstamas ap 5000 sēņu sugas, kas ierosina rūsas. Nozīmīgākās ģintis: Puccinia, Gymnosporangium, Uromyces, Hemileia, Phragmidium, Cronartium, Peridermium, Melampsora, Phakopsora. Pucciniales rindas sēnes ir biotrofi ar sarežģītu attīstības ciklu. Atkarībā no patogēna sugas, attīstības ciklā var būt pieci dažādi sporu veidi. Ir sugas, kas attīstās uz viena saimniekauga, bet ir sugas, kam nepieciešami starpsaimnieki. Visos gadījumos attīstības ciklā veidojas teleito sporas – sēnes dzimumstadija, kas nereti ziemo. Teleito sporām dīgstot, veidojas bazīdijsporas, kas inficē saimniekaugu vai starpsaimnieku. Tālākajā attīstības ciklā var veidoties spermāciji, ecīdijsporas un uredo sporas, bet var arī kāda no šīm stadijām nebūt. Ierobežošana: izturīgu šķirņu izvēle, starpsaimnieku likvidēšana un fungicīdu lietošana, izmēģinājumos tiek pārbaudīti bioloģiskie augu aizsardzības līdzekļi.

Kartupeļu lakstu puves epidēmijas rezultātā 19. gs. vidū Īrijā vairāk nekā pusotrs miljons cilvēku nomira badā un vēl pusmiljons emigrēja uz Ameriku. Vācu botāniķis un mikrobiologs Heinrihs de Bari (Heinrich Anton de Bary) pierādīja, ka šo slimību ierosina mikroorganisms, ko nosauca Phytophthora infestans. Līdz tam uzskatīja, ka slimības augos parādās spontāni. 1878. gadā Francijā sākās vīnogu neīstās miltrasas (ierosinātājs Plasmopara viticola) epidēmija. Franču botāniķis Pjērs Miljardē (Pierre Marie Alexis Millardet) tās ierobežošanai 1885. gadā sāka izmantot Bordo šķidrumu (vara sulfātu, kas sajaukts ar kaļķiem). Tas bija pasaulē pirmais fungicīds – slimību ierobežošanas ķīmiskais līdzeklis. Neīstās miltrasas un kartupeļu lakstu puves simptomi ir līdzīgi – hlorotiski plankumi uz lapām, lapu apakšpusē neizteikta apsarme, ko veido mikroorganisma vairošanās orgāni. Plankumi var būt arī uz dzinumiem, ogām un citām augu daļām, piemēram, kartupeļu bumbuļiem vai sīpoliem. Dzimumvairošanās ceļā veidojas oosporas, kas saglabājas augu atliekās vai augsnē, bet patogēns izplatās arī ar bezdzimumsporām – atkarībā no laika apstākļiem un patogēna sugas, tās var būt zoosporas vai konīdijas. Patogēns pārziemo micēlija veidā augu atliekās vai augu veģetatīvajās daļās (bumbuļos, sīpolos) vai arī ar oosporām. Attīstībai ļoti svarīgs ir mitrums – sporu atbrīvošanās un dīgšana iespējama tikai tad, ja uz auga daļām ir brīvs mitrums. Slimības izplatību veicina augsts relatīvais gaisa mitrums. Ierosinātājs: mikroorganismi no Chromista valsts, Oomycota nodalījuma, Peronosporales rindas. Līdz 20. gs. 80. gadiem Oomycota nodalījumu pieskaitīja sēnēm, bet kopš 20. gs. beigām to iedala atsevišķā valstī – Chromista. Šiem mikroorganismiem, līdzīgi kā sēnēm, ir micēlijs un sporas, bet šūnapvalkā nav hitīna (tas atrodas sēņu šūnapvalkos), bet ir celuloze un ß-glukāns. Molekulāri-ģenētiskās analīzes pierāda, ka Chromista valsts mikroorganismi ir atšķirīgi no sēnēm. Ierobežošana: augu maiņa, augu atlieku iznīcināšana, izturīgu šķirņu izvēle un specifisku fungicīdu lietošana.

Augiem patogēnās baktērijas ir prokarioti. Tās iedala monēru valstī (Monera). Patogēnas ir ap 100 baktēriju sugu. Lielākā daļa no tām ir vienšūnu, izņemot ģinti Streptomyces, kuras pārstāvji ierosina kraupi augu apakšzemes daļām (piemēram, kartupeļu parasto kraupi). Baktēriju attīstībai nepieciešams mitrums un temperatūra, kas pārsniedz 20ºC. Pastāv uzskats, ka, klimatam paliekot siltākam, bakteriālās augu slimības kļūs izplatītākas un postošākas. Baktērijas vairojas daloties un izplatās ar eksudātu (šķidrumu, kas veidojas inficētajās augu daļās un satur dažādas organiskās vielas un baktērijas) vai ar inficētu stādāmo materiālu (sēklām). Saglabājas dzīvos augos vai augu atliekās. Ierobežošana: vesels stādāmais materiāls, augu atlieku iznīcināšana, noliktavu un citu telpu tīrīšana un dezinficēšana, bioloģisko augu aizsardzības līdzekļu iestrādāšana augsnē vai substrātā pirms augu stādīšanas. Fungicīdi nav efektīvi.

Viena no postošākajām un pasaulē izplatītākajām slimībām ir bakteriālās iedegas, ko ierosina Erwinia amylovora. Šī slimība aprakstīta jau 19. gs. sākumā. E. amylovora inficē vairāk nekā 140 dažādus saimniekaugus no Rosaceae dzimtas (ābeles, bumbieres, pīlādžus, vilkābeles un citus). Slimības pazīmes: brūni, ūdeņaini plankumi uz augu virszemes daļām (ziediem, ziedkātiem, lapām), miza atmirst, vēlāk atmirst atsevišķi dzinumi un viss augs aiziet bojā. Attīstība sākas uz ziediem, sākotnēji baktērija dzīvo kā saprotrofs, vairojas uz ziediem, bet tos nebojā. Šajā laikā tā izplatās ar apputeksnētājiem, jo eksudāts pielīp kukaiņu ķermeņiem. Baktēriju izplatību veicina arī lietus pilieni, taču nozīmīgākais infekcijas avots ir inficēts stādāmais materiāls. 

Plaši izplatītas. Vairumā gadījumā simptomi vāji izteikti un ražas zudumi nelieli, tomēr ir vairākas ļoti nozīmīgas vīrusu ierosinātās slimības, piemēram, miežu dzeltenās pundurainības vīruss (BYDV), ābeļu hlorotiskais lapu plankumainības vīruss (ACLSV), gurķu mozaīkas vīruss (CV) un citi. Pastāv uzskats, ka vīrusi ir nozīmīgākie augu patogēni, kaut gan vislielākos zudumus rada sēņu slimības. Vīrusi būtiski atšķiras no citiem slimību ierosinātājiem. Tie sastāv no proteīna apvalka un nukleīnskābes: dezoksiribonukleīnskābes (DNS) vai ribonukleīnskābes (RNS). Visi vīrusi ir obligātie parazīti un spēj vairoties tikai dzīvās šūnās. Pastāv vēl sīkāki organismi – viroīdi. Viroīdi ir gredzenveida RNS molekulas, kas vairojas augu šūnās. Pirmais identificētais viroīds ir kartupeļu bumbuļu vārpstainības viroīds (PSTVd), kas pagaidām (dati 2021. gadam) atrasts tikai dienvidu zemēs. Biežāk sastopams ir krizantēmu pundurainības vīroīds (CSVd). Atšķirībā no citām dzīvām būtnēm, vīrusu nosaukumi neatbilst Kārļa Linneja (Carl von Linné) binārajai nomenklatūrai. Sākotnēji vīrusu nosaukumi tika veidoti, vadoties pēc saimniekauga, kurā tie pirmo reizi identificēti, un izraisītajiem simptomiem, piemēram, tabakas mozaīkas vīruss. Tomēr tik gari nosaukumi nebija ērti lietojami, un mūsdienās lieto akronīmus, kas atspoguļo simptomus un saimniekaugu angļu valodā, piemēram, miežu dzeltenās pundurainības vīrusa nosaukuma akronīms ir BYDW (barley yellow dwarf virus). Daudzos gadījumos vīrusslimību simptomi nav redzami, piemēram, kartupeļu S vīrusa simptomi izturīgām šķirnēm nav redzami. Tipiskākie saskatāmie vīrusslimību simptomi: auga daļu vai atsevišķu laukumu krāsas maiņa, nekrozes (auga daļu vai audu atmiršana), dzeltēšana, augšanas kavēšana, pundurainības, kroplības. Bieži sastopams simptoms ir mozaīka. Piemēram, tabakas mozaīkas vīrusa inficēšanās gadījumā uz lapām ir gaiši dzelteni un zaļi laukumi, kas izkliedēti pa visu lapu un veido rakstu, kas atgādina mozaīku. Pēc ārējām pazīmēm vīrusslimības grūti identificēt, jo vairāki vīrusi izraisa līdzīgus simptomus uz viena un tā paša auga, bez tam viens un tas pats vīruss var izraisīt atšķirīgus simptomus atšķirīgām augu sugām vai pat šķirnēm. Daudzos gadījumos vīrusu izraisītie simptomi ir līdzīgi neparazitārām slimībām, piemēram, barības vielu trūkumam vai pārbagātībai, kā arī bojājumiem, kas radušies nepareizas augu aizsardzības līdzekļu lietošanas dēļ. Vīrusi saglabājas un tiek pārnēsāti ar stādāmo materiālu, piemēram, inficētiem kartupeļu bumbuļiem, potzariem, retāk ar sēklām. Vīrusi var tikt pārnēsāti tikai ar augu sulu, un tie iekļūst augā tikai caur rētām, piemēram, lapām saskaroties vai pārnesot ar darbarīkiem vai rokām, uz kurām ir ar vīrusu inficēta augu sula. Būtiski vīrusu pārnēsātāji ir vektori – laputis, lapu blusiņas, ērces, nematodes, sēnes un citi. Vīrusslimības var ierobežot tikai profilaktiski – nepieļaut inficēšanos un izvēlēties no vīrusiem brīvu stādāmo materiālu.