Smaržīgajai naktsvijolei raksturīgi veidot salveida populācijas, kas pilnībā atkarīgas no vietējiem ekoloģiskajiem procesiem. Gumus veidojošās orhidejas, kāda ir arī smaržīgā naktsvijole, galvenokārt vairojas ar sēklām. Sēklas izplata vējš. Orhideju indivīdu skaits, ziedēšanas, sēklu veidošanās un sugas atjaunošanās sekmes ir ļoti mainīgas gadu no gada pat vienas stabilas populācijas līmenī. Skotijā (un arī Latvijā) lielāko daļu populācijas veido mazāk nekā 10 ziedoši indivīdi, reti novērojamas populācijas ar vairāk nekā 100 ziedošiem indivīdiem. Polijā sešus gadus ilgā smaržīgās naktsvijoles populāciju dinamikas pētījumā novērots, ka aptuveni puse augu pētījuma laikā nekad neuzziedēja, bet 30 % procenti augu uzziedēja vismaz vienu reizi. Konstatēts, ka populācijā daļa indivīdu (33 % vienā un 43 % otrā pētītajā populācijā) atrodas miera periodā, kad augi neveido virszemes daļas, un visi novērotie augi pētījuma laikā vismaz vienu reizi devušies miera periodā, kas parasti ilgst vienu gadu. Nākamajā gadā pēc miera perioda smaržīgās naktsvijoles nezied un to lapu izmēri ir mazāki nekā tajā gadā, kad augs zied. Miera periods dod iespēju saglabāt populāciju gadījumā, ja nelabvēlīgu ietekmju rezultātā visi augi, kas konkrētajā gadā attīsta virszemes daļas, aiziet bojā. Sēklu produkcija var būt pietiekama, lai nodrošinātu populācijas saglabāšanos ilgtermiņā vai pat populācijas pieaugumu, tomēr augstā autogāmijas pakāpe var veicināt inbrīdingu un ģenētisko eroziju. Smaržīgās naktsvijoles noturīgākās populācijas veido dabiskos zālāju biotopos. Līdz ar dabisko pļavu izzušanu samazinājusies arī sugas sastopamība. Suga jutīgi reaģē uz augsnes ielabošanu – rekultivāciju un augsnes auglības palielināšanu, jo, palielinot augsnes auglību, zālājā sāk dominēt atsevišķas ekspansīvas sugas, kas nomāc smaržīgo naktsvijoli. Naktsvijoles apdraud intensīva noganīšana un agra zālāju pļaušana, jo tad, ja ziedkāts tiek bojāts, šajā sezonā tas vairs neataug, tāpēc netiek saražota jauna sēklu paaudze. Sugu nelabvēlīgi ietekmē nepietiekams apsaimniekošanas režīms – pļavu aizaugšana un kūlas slāņa uzkrāšanās, kuras rezultātā jaunajiem augiem ir apgrūtināta dīgšana. Lai arī suga labi atjaunojas vietās, kur augsnē ir nelieli atklātas augsnes laukumiņi, visas platības uzaršanas rezultātā naktsvijoļu gumi tiek neatgriezeniski bojāti. Sugas populācijas negatīvi ietekmē hidroloģiskā režīma maiņa, zālāju nosusinot vai applūdinot. Nav pieļaujama dabisko zālāju apstādīšana ar mežu. Klimata pārmaiņas var ietekmēt smaržīgās naktsvijoles populācijas, jo novērots, ka suga izteikti reaģē uz laikapstākļiem konkrētajā sezonā. Sausos gados tā var neveidot virszemes dzinumus vai zied mazāk indivīdu, tāpēc tiek saražots mazāk sēklu. Lai nodrošinātu sugas populāciju saglabāšanos, nepieciešama ekstensīva zālāju apsaimniekošana – saglabājot platību atklātu (brīvu no krūmiem), veģetācijas sākuma periodā ir būtiski, lai zālājā nebūtu uzkrājusies kūla, būtu pieejami nelieli atklātas augsnes laukumi, piemēram, nolīdzināti kurmju rakumi, kas veicina jauno augu dīgšanu. Pļauju vai noganīšanu jāveic pēc sugas sēklu ienākšanās, kas ir iespējams, atstājot daļu zālāju nenoganītu vai nepļautu, bet katru gadu šīs sēklu nogatavināšanas vietas mainot. Nopļautā zāle noteikti jāsavāc, lai mazinātu zālāja eitrofikāciju. Ja zālājā jau ir bagātīga sugas populācija, būtiski turpināt esošo apsaimniekošanas režīmu tādā pašā intensitātē.