Pēc augstskolas reorganizācijas un pievienošanas RTU 01.11.2022. tās pilnais nosaukums ir Rīgas Tehniskās universitātes Latvijas Jūras akadēmija (LJA).

LJA darbības pamatmērķi un uzdevumi tika definēti tās pirmajā (stājās spēkā 07.02.1993.), otrajā (stājās spēkā 29.09.1998.) un trešajā satversmē (stājās spēkā 08.11.2007., zaudēja spēku 01.06.2022.). LJA galvenais uzdevums ir augstākās profesionālās izglītības sniegšana jūrniecības nozarē, augsti kvalificētu jūrniecības speciālistu sagatavošana Latvijas vajadzībām atbilstoši Apvienoto Nāciju Organizācijas (ANO) Starptautiskās Jūrniecības organizācijas (International Maritime Organization, IMO) prasībām, zinātniskās pētniecības attīstība un jūrniecības nozares intelektuālā potenciāla veicināšana. Viens no galvenajiem LJA stratēģiskajiem mērķiem ir akadēmijas attīstība, lai tā būtu viens no jūrniecības nozares zināšanu centriem Eiropā.

LJA attīstības stratēģijā 2018.–2023. gadam augstskola izvirzījusi trīs stratēģiskās attīstības prioritāros mērķus: akadēmiskā darbība, pētnieciskā darbība un sadarbības veicināšana.

Saskaņā ar Latvijas Republikas (LR) Ministru kabineta 06.07.2022. rīkojumu par LJA reorganizācijas procesu, akadēmijas veiksmīgai integrācijai RTU un LJA autonomijas nodrošināšanai paredzēts veidot LJA Jūrniecības padomi, kuras sastāvā darbosies pārstāvji no LJA, RTU, Izglītības un zinātnes ministrijas (IZM), Satiksmes ministrijas, Latvijas Jūras administrācijas un jūrniecības nozares. Jūrniecības padomes uzdevums būs noteikt LJA tālāko stratēģisko attīstību.

Pirmās idejas par jaunu, autonomu izglītības iestādi, kas nodrošinātu jūrniecības izglītību latviešu valodā, saistāmas ar 04.11.1988. izveidotās Latvijas Kultūras fonda Jūrniecības vēstures kopas (JVK) aktivitātēm. Savā darbībā JVK izvirzīja divus galvenos darbības virzienus – latviešu jūrniecības vēstures izpēte un jūrnieku profesionālās izglītības sistēmas izveide ar latviešu kā apmācības valodu (1959. gadā Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Valsts plāna komiteja slēdza visas jūrskolas ar latviešu apmācības valodu). JVK vadībā 24.02.1989. tika izveidota darba grupa, kuru veidoja jūrniecības speciālisti un sabiedrisko organizāciju pārstāvji. 16.03.1989. darba grupa izstrādāja Latvijas jūrniecības sistēmas un speciālistu sagatavošanas reorganizācijas koncepciju, paredzot jūrnieku apmācību sākt no jūrniecības skolas līdz jūras akadēmijai. Ar koncepciju tika iepazīstinātas LPSR Tautas izglītības ministrija un LPSR Ministru padome, tomēr pret jebkuru augstākās jūrskolas izveidi Latvijā iebilda Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Jūras flotes ministrija. Kompromisa ceļā Kaļiņingradas Zivrūpniecības un zivsaimniecības tehniskā institūta (Калининградский технический институт рыбной промышленности и хозяйства; dibināts 09.05.1930. kā Maskavas Tehniskais zivju rūpniecības institūts, Московский технический институт рыбной промышленности и хозяйства; 22.05.1958. pieņemts lēmums par institūta pārcelšanu uz Kaļiņingradu) Rīgas filiālē 01.10.1989. tika izveidota dienas nodaļa (saukta arī par Augstāko jūrskolu). Ar šīs dienas nodaļas izveidi, kurai bija jākļūst par pirmo attīstības posmu autonomas jūras akadēmijas izveides procesā, tiek saistīts LJA darbības sākums, savukārt 01.10.1989. neoficiāli tiek uzskatīts par LJA dibināšanas datumu. Studijas tika organizētas divās plūsmās – ar latviešu un krievu apmācības valodu kuģu vadītāju, mehāniķu un elektromehāniķu specialitātē.

Pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas 25.07.1990. ar LR Ministru padomes lēmumu tika izveidota LJA kā patstāvīga RTU struktūrvienība. 1990./1991. gadā tā atradās Rīgā, Lazaretes ielā 3 un Krišjāņa Valdemāra ielā 163, bet 1991./1992. gadā – Komunāru bulvārī 10 (tagad Kalpaka bulvāris). Paralēli tika veikti sagatavošanās darbi LJA pārveidei par patstāvīgu augstskolu, kas tika realizēts 08.01.1993. saskaņā ar Ministru padomes lēmumu.

Ar mērķi stiprināt LJA studiju un zinātnes kapacitāti, attīstīt mācību infrastruktūru un optimizēt augstākās izglītības sistēmu LR Ministru kabinets 05.07.2022. pieņēma lēmumu par LJA pievienošanu RTU. LJA 01.11.2022. kļuva par autonomu RTU struktūrvienību. RTU sastāvā LJA joprojām turpina darboties kā vienīgā mācību iestāde, kur Latvijā iespējams iegūt augstāko izglītību jūrniecībā no bakalaura līdz doktora līmenim, turpina visas esošās LJA studiju programmas, kā arī nodrošina jūrniecības izglītību atbilstoši starptautiskajām konvencijām. LJA saglabāja savu nosaukumu, identitāti un tradīcijas. Latvijas jūrniecības nevalstiskās organizācijas, piemēram, Latvijas Kuģu kapteiņu asociācija, Latvijas Jūrnieku savienība, Latvijas Tirdzniecības flotes jūrnieku arodbiedrība, iebilda pret akadēmijas pievienošanu RTU, uzskatot, ka procesa rezultātā tiks sagrauts neatkarīgs un iekšēji konsolidēts jūrniecības iestāžu tīkls.

Līdz 01.11.2022. LJA bija autonoma augstskola ar pašpārvaldes tiesībām un atvasinātas publiskas personas statusu, ko garantēja Latvijas Augstskolu likums, LJA atradās IZM padotībā. Kopš 01.11.2022. LJA ir juridiski pievienota un padota RTU kā autonoma universitātes struktūrvienība, RTU ir LJA tiesību un saistību pārņēmēja. LJA darbību regulē tādi normatīvie akti kā Augstskolu likums, Izglītības likums, Zinātniskās darbības likums. Jūrniecību kā starptautiski reglamentētu profesiju regulē arī Starptautiskās Jūrniecības organizācijas prasības un normatīvie dokumenti, kā arī starptautiskās konvencijas, piemēram, 1978. gada Starptautiskā konvencija par jūrnieku sagatavošanas, sertificēšanas un sardzes pildīšanas standartiem (The International Convention on Standards of Training, Certification and Watchkeeping for Seafarers, STCW konvencija). LJA īstenotā jūrniecības izglītība pakļauta arī Eiropas Savienības regulām, kuras uzrauga Eiropas Komisija.

LJA ir trīs nodaļas: Jūras transporta nodaļa, Kuģu inženieru nodaļa un Maģistrantūras nodaļa. 1991./1992. gadā LJA studēja 130 studenti, 2018./2019. gadā – 731 students, 2020./2021. gadā LJA studēja 673 studenti.

Jūrniecības speciālistus ar vidējo profesionālo izglītību sagatavo LJA struktūrvienība – Jūrskola. Jūrskola ir viena no divām vienīgajām šāda profila vidējām speciālajām mācību iestādēm Latvijā (otra – Liepājas Jūrniecības koledža).

Jānis Bērziņš (1993–2004; 2010–2016), Jānis Brūnavs (2004–2009), Andrejs Zvaigzne (rektora v. i. 2017–2018). Kopš 2018. gada LJA rektore ir Kristīne Carjova. Pēc Latvijas Jūras akadēmijas iekļaušanas RTU, K. Carjova ir LJA direktore.

2009. gadā par LJA rektoru tika ievēlēts Grigorijs Gladkovs, tomēr, apstrīdot vēlēšanu rezultātu leģitimitāti, tika rīkotas atkārtotas rektora vēlēšanas.