Pilsētu ekoloģija ir jauna apakšnozare ekoloģijas zinātnes ietvaros. Tradicionāli pētījumi ekoloģijā ilgstoši fokusējušies uz dabisku ekosistēmu izpēti, ko motivējusi vēlēšanās izzināt dabisku (cilvēka darbības neietekmētu) ekosistēmu funkcionēšanu. Pilsētu ekoloģijas apakšnozarē vairākums pētījumu ir par vieglāk pētāmajām sauszemes ekosistēmām, lielajiem dzīvniekiem un putniem, bet mazāk – par zivīm, kukaiņiem un mikroorganismiem.
Pilsētu vide ir ļoti atšķirīga no dabiskajām ekosistēmām to būtiskās transformācijas pakāpes dēļ. Pilsētās pastāv raksturīgs mikroklimats, salīdzinoši nelielās teritorijās ir raksturīga augstāka gaisa temperatūra, lielāks iztvaikojums, zemāka ūdens infiltrācija augsnē, kā arī neparedzamas gaisa plūsmas (turbulences) un izmainīts nokrišņu režīms. Tāpat pastāv augsts gaisa, ūdens, gaismas, trokšņa un augsnes piesārņojums salīdzinājumā ar dabiskām un daļēji dabiskām teritorijām. Pilsētās veģetācijas segums ir fragmentārs, lielas platības ir asfaltētas vai nobruģētas, un bioloģiskā daudzveidība ir zema, respektīvi, pilsētvidē dominē ģenerālistu sugas un reģionam neraksturīgi dzīvnieki (žurkas, lapsas, baloži, ruderālie augi un svešzemju augi). Atšķirīgā ekosistēmu telpiskā struktūra pilsētvidē ietekmē dabiskos ekoloģiskos procesus – veģetācijas attīstību un skābekļa ražošanu, barības ķēdes un vielu apriti, organisko vielu sadalīšanos, sugu mijiedarbības veidus (koakcijas), kā arī ekosistēmu noturību un atjaunošanās spēju.