Ar futbolu A. Rubins sāka nodarboties sešu gadu vecumā pie trenera Jura Docenko zvejnieku kolhoza sporta komandā “9. maijs”. Desmit gadu vecumā viņš pārgāja uz Rīgas “Daugavas” sporta skolu pie treneriem Jurija Andrejeva un Dmitrija Omeljanoviča, bet vēl pēc trim gadiem turpināja futbolu apgūt pie trenera Anatolija Čebana. 1994. gadā, tikai 15 gadu vecumā, A. Rubins nonāca apcietinājumā par zagšanu, izmeklēšanas laikā pusgadu pavadot Rīgas Centrālcietumā. 1995. gada februārī tiesā saņēma divu gadu nosacītu sodu. Pēc iznākšanas brīvībā atsāka nodarboties ar futbolu, un jau tā paša gada beigās A. Rubinu atzina par sezonas labāko Latvijas jauniešu pussargu 1977./1978. gadā dzimušo vecuma grupā.
1995. gadā A. Rubins sāka spēlēt pieaugušo Latvijas čempionātā pirmās līgas komandā ZS “Beikas”, kas nākamajā sezonā mainīja nosaukumu uz “Daugava-Juniors”. 1997. gada sākumā A. Rubins devās turpināt karjeru ārzemēs, pievienojoties Zviedrijas augstākās līgas klubam “Östers IF” no Vekšes. Pēc vienas sezonas Zviedrijā viņš atgriezās Latvijā, parakstot līgumu uz pieciem gadiem ar Latvijas čempionvienību “Skonto”. Rīgas komandas sastāvā A. Rubins divas sezonas pēc kārtas triumfēja valsts meistarsacīkstēs, kā arī ļoti labi sevi parādīja Eiropas mačos, kad 04.08.1998. UEFA Čempionu līgas priekšsacīkstēs Rīgā guva uzvaras vārtus mačā ar Bukarestes “Rapid” (2:1), palīdzot “Skonto” negaidīti divu spēļu summā pieveikt Rumānijas čempionus.
2000. gadā A. Rubins pabija uz pārbaudi vairākos Anglijas klubos, ieskaitot Londonas “Arsenal”, bet oktobrī parakstīja līgumu ar Anglijas pēc skaita otrās līgas klubu “Crystal Palace”, kas par viņa pāreju “Skonto” klubam samaksāja divarpus miljonus britu mārciņu. Londonas komandā A. Rubins aizvadīja divus gadus, īpaši izceļoties ar 10.01.2001. Anglijas līgas kausa pusfinālā gūtajiem vārtiem pret titulēto klubu “Liverpool” (2:1). 2003. gadu A. Rubins jau iesāka Krievijā, pievienojoties augstākās līgas klubam Jaroslavļas “Šiņņik”, bet 2005. gadā vienu sezonu aizvadīja arī Krievijas titulētākajā komandā Maskavas “Spartak”, līdz atkal uz gadu nonāca Jaroslavļā. 2007. gadā A. Rubins atgriezās Latvijā, pievienojoties klubam “Liepājas metalurgs”, kur spēlēja pusotru sezonu, 2008. gada vasarā pārceļoties uz Azerbaidžānu, kur aizvadīja četras sezonas trīs dažādos klubos (“Inter”, “Qarabag” un “Simurq”). 2013. gada sākumā A. Rubins 34 gadu vecumā beidza futbolista karjeru.