Melnā dzilna ir elastīga dzīvesvietas izvēlē. Svarīgākās prasības ir liela izmēra koki ligzdošanai un pietiekams daudzums barības sasniedzamā attālumā. Tie var būt gan skujkoku, gan lapu koku, gan jaukti meži. Biežāk sastopama lielos meža masīvos, bet nereti arī mozaīkveida ainavā – mežastepē, augļudārzos un plantācijās. Var dzīvot gan audzēs ar daudzveidīgu koku sugu sastāvu, gan tādās, kur izteikti dominē viena suga. Sastopama arī urbanizētā vidē – parkos, botāniskajos dārzos un lielās kapsētās. Eiropā vien melnā dzilna ligzdo vairāk nekā desmit lielpilsētu robežās, t. sk. Parīzē, Berlīnē, Prāgā un Budapeštā.
Melnā dzilna izmanto plašu teritoriju, vienam pārim parasti nepieciešami 150–400 ha meža un dažkārt vēl vairāk. Ligzdo agri, dobumu kaļ aprīļa sākumā, mazuļus Latvijā nereti izved jau maija beigās. Gadā viens perējums, bet var kalt jaunu dobumu un dēt atkārtoti, ja ligzda agri tiek izpostīta. Tādos gadījumos mazuļi mēdz būt ligzdā vēl jūnija beigās. Baltijā un Fenoskandijā visbiežāk ligzdo apsēs un priedēs, Centrāleiropā – dižskābaržos. Ligzdas gandrīz vienmēr atrodas skrajās audzēs vai kāda klajuma malā. Dējumā 3–6 olas, perē 12–14 dienas. Tāpat kā citas dzilnas, barību mazuļiem nenes knābī, bet gan atrij no dziedzerkuņģa. Baro retāk nekā raibie dzeņi, pauzes starp barošanas reizēm var ilgt 2–3 stundas. Mazuļi atstāj dobumu 22–28 dienas pēc izšķilšanās.
Melnās dzilnas dobuma skreja ir ovāla, ap 9x12 cm, dobuma dziļums ir ap 40 cm.
Tik lieli dabiski dobumi parasti sastopami tikai vecos mežos, tādēļ no melnās dzilnas dobumiem ir atkarīgas arī citu, t. sk. īpaši aizsargājamu, sugu (meža baloža, bikšainā apoga) ligzdošanas iespējas. Dzilnas dobumus izmanto ap 50 putnu un zīdītāju sugu.
Melnā dzilna barojas praktiski tikai mežā. Tās pamatbarība ir dažādas skudras visās attīstības stadijās. Ziemā īpaši nozīmīgas ir koksnes skudras, kas dzīvo atmirušā koksnē un celmos. Ēd arī koksnē dzīvojošas vaboles (koksngraužus, gremzdgraužus, krāšņvaboles, sprakšķus, smecerniekus), to kāpurus un kūniņas, tāpat arī mizgraužu kāpurus. No augu barības reizēm izvēlas augļus, ogas, vilkābeļu pumpurus un skujkoku sēklas.