Ekotoksikoloģijas attīstību noteica nepieciešamība pēc zināšanām par to, kā vidē nonākušās vielas ietekmē cilvēka veselību un dabas vidi. Ekotoksikoloģijas attīstību nodrošināja izpratnes izveidošanās par vielu kaitīgo iedarbību darba vidē un intensīvas rūpnieciskās attīstības rezultātā industriālajos apvidos radītā vides piesārņojuma bīstamību. Izpratni par šī piesārņojuma nozīmību sekmēja pētījumi par radioaktīvā piesārņojuma iedarbības bīstamību kodolieroču izmantošanas rezultātā (Hirosima un Nagasaki 1945. gadā, Japānā). Par būtisku problēmu kļuva pilsētvides gaisa piesārņojums, kura rezultātā veidojās, piemēram, smogs. Rūpniecisku avāriju rezultātā radās vides piesārņojums, piemēram, 1984. gadā Indijā, Bhopalā, kad metilizocianāta izplūde radīja daudzu cilvēku bojāeju, vai arī Itālijā, Seveso, kad avārijas rezultātā vide tika piesārņota ar dioksīniem. No otras puses, vides piesārņojuma rezultātā acīmredzami kļuva piesārņojuma iedarbības draudi ne tikai uz cilvēku, bet arī uz dabas vidi kā tādu. Sabiedrības uzmanību pesticīdu iedarbības bīstamībai pievērsa Amerikas Savienoto Valstu (ASV) bioloģe Reičela Kārsona (Rachel Carson) grāmatā "Klusais pavasaris" (Silent spring), aprakstot pesticīdu kļūdainas izmantošanas iespējamās sekas dabas vidē. Acīmredzamas kļuva arī skābo nokrišņu, pesticīda DDT un citu vielu iedarbības sekas, liekot pievērsties vielu ietekmes pētījumiem ne tikai uz cilvēku, bet arī uz dabas vidi, kā arī izprast procesu raksturu, kā vidē nokļuvušās vielas var nelabvēlīgi iedarboties. Medicīnā izmantotais preparāts talidomīds atsedza vielu teratogēnas iedarbības (iedarbība, kas rada zīdītāju augļa kroplības) draudus. Vjetnamas kara laikā izmantotie defolionti parādīja dioksīnu iedarbības bīstamību. Nozīmīgākie procesi, kas noteica ekotoksikoloģijas attīstību, bija vides ķīmijas attīstība, piemēram, jaunu analīzes metožu izstrāde, kas ļāva analizēt rūpnieciski ražotās vielas cilvēka organismā un dzīvo organismu audos, kā arī pētīt antropogēnas izcelsmes vielu pārvērtību raksturu dabas vidē. No otras puses, antropogēnās izcelsmes vielu iedarbības bīstamība kļuva acīmredzama, ne tikai apzinot rūpniecisko avāriju iedarbības raksturu, bet arī cilvēka radīto vielu iedarbības bīstamību uz ikvienu cilvēku ikdienā, kā arī uz dabas vidi. Terminu "ekotoksikoloģija" pirmo reizi definēja franču toksikologs Renē Truhauts (René Truhaut) 1969. gadā.