Komisija nosaka īpašo mehānismu pilnvaru apjomu un darbības termiņu. Katrs īpašais mehānisms ziņo komisijai par paveikto. 17.08.2016. Āfrikas Cilvēku un tautu tiesību komisijas īpašie mehānismi ir pieci īpašie ziņotāji, septiņas darba grupas un trīs komitejas.

Īpašais ziņotājs par vārda brīvību un pieeju informācijai (Special Rapporteur on Freedom of Expression and Access to Information);

Īpašais ziņotājs par cilvēktiesību aizstāvjiem (Special Rapporteur on Human Rights Defenders);

Īpašais ziņotājs par cietumiem, aizturēšanas apstākļiem un policijas darbu Āfrikā (Special Rapporteur on Prisons and Conditions of Detention and Policing in Africa);

Īpašais ziņotājs par bēgļiem, patvēruma meklētājiem, migrantiem un iekšēji pārvietotām personām (Special Rapporteur on Refugees, Asylum Seekers, Migrants and Internally Displaced Persons);

Īpašais ziņotājs par sieviešu tiesībām (Special Rapporteur on Rights of Women).

Darba grupa par specifiskiem jautājumiem, kas saistīti ar Āfrikas komisijas darbu (Working Group on Specific Issues Related to the work of the African Commission);

Darba grupa par iezemiešu populācijām/kopienām Āfrikā (Working Group on Indigenous Populations/Communities in Africa);

Darba grupa par ekonomiskajām, sociālajām un kultūras tiesībām (Working Group on Economic, Social and Cultural Rights);

Darba grupa par vecāku personu un cilvēku ar invaliditāti tiesībām (Working Group on Rights of Older Persons and People with Disabilities);

Darba grupa par nāvessodu un ārpustiesas, tūlītējām un patvaļīgām nogalināšanām Āfrikā (Working Group on the Death Penalty and Extra-Judicial, Summary or Arbitrary killings in Africa);

Darba grupa par ieguves industrijām, vidi un cilvēktiesību pārkāpumiem (Working Group on Extractive Industries, Environment and Human Rights Violations);

Darba grupa par sūdzībām (Working Group on Communications).

Komiteja spīdzināšanas novēršanai Āfrikā (Committee for the Prevention of Torture in Africa);

Komiteja tiesību aizsardzībai cilvēkiem, kuriem ir HIV (PLHIV), un tiem, kuriem pastāv risks, ir neaizsargāti un ir HIV skarti (Committee on the Protection of the Rights of People Living With HIV, PLHIV, and those at Risk, Vulnerable to and Affected by HIV);

Padomdevēja komiteja par budžeta un personāla lietām (Advisory Committee on Budgetary and Staff Matters).