17.09.1881. pirmās igauņu studentu korporācijas “Vironia” dibināšanas sapulcē pēc studenta Aleksandra Metusa (Aleksander Mõttus) ierosinājuma tika pieņemtas jaunās nacionālās studentu organizācijas krāsas – zils, melns un balts. Krāsu simbolika tika interpretēta šādi: zils – Igaunijas debesu, ezeru un jūras atspoguļojums, simbolizē patiesību un uzticību nacionālajiem ideāliem; melns – dzimtās zemes un nacionālo melno svārku krāsa; balts – igauņu tautas tiekšanās pēc laimes un gaismas. Tā kā korporācijas “Vironia” darbība netika atļauta, krāsas 1883. gadā pārņēma oficiāli reģistrētā Igauņu studentu biedrība (Eesti Üliõpilaste Selts), un 04.06.1884. zili-melni-baltais karogs tika iesvētīts kā šīs biedrības karogs Otepē, Marijas baznīcā (Maarja kirik). Turpmākajās desmitgadēs krāsas un karogs ieguva arvien lielāku nozīmi kā pieaugošās nacionālistiskās kustības simboli. Zili-melni-baltās krāsas tika izmantotas dziesmu svētku, zemnieku un dziedātāju biedrību pasākumos un citos publiskos saietos. Viena no pirmajām reizēm, kad trīskrāsu karogs tika plaši izmantots kā nacionāls simbols, bija 01.11.1905. demonstrācija Tartu. 12.11.1918. zili-melni-baltais karogs pirmo reizi simboliski tika uzvilkts Tallinas Garā Hermaņa (Pikk Hermann) tornī, bet 21.11.1918. Igaunijas Pagaidu valdība to apstiprināja par pagaidu karogu. Par Igaunijas Republikas valsts karogu to apstiprināja 27.06.1922. Igaunijas parlamenta (Riigikogu) sēdē. 04.06.1934. plaši tika svinēta karoga piecdesmitā gadadiena, kas pulcēja tūkstošiem igauņu, un tas bija viens no lielākajiem nacionālajiem notikumiem pirms Otrā pasaules kara.