Trīsdaivaino dzīvnieku ķermenis parasti bija ovāls vai iegareni ovāls un 3 mm–6 cm diametrā. Iespējams, ķermenis bija mīksts un līdzīgi želejai stingrs, caurspīdīgs. Trīsdaivainajiem dzīvniekiem nebija skeleta. Vairumam trīsdaivaino dzīvnieku ķermenis bija trīsstaraini simetrisks. Tam bija puslodes vai diska forma, kas no mugurpuses līdzinājās vairogam. No ķermeņa centra atgāja trīs trīsstaraini simetriskas daivas. No šīm daivām atzarojās daudzi nelieli izciļņi un rievas. Trīsstaraini simetriskās daivas bija aptuveni 5 mm garas. Daļai trīsdaivaino dzīvnieku no centra atzarojās arī trīs kanāli, kas tālāk no centra sadalījās sīkākos atzaros. Paleontologi uzskata, ka vismaz daļa no trīsdaivainajiem dzīvniekiem, piemēram, Tribrachidium vai Lobodiscus, bija filtrētāji. Šie dzīvnieki ar trīs daivu palīdzību varēja virzīt ūdeni uz diska centru un tur esošo ieplaku, ko uzskata par trīsdaivaino dzīvnieku mutes atveri. Daļai trīsdaivaino dzīvnieku trīsstaraini simetriskās daivas klāja skropstiņas vai nelieli taustekļi, kas aktīvi virzīja ūdeni ar barības daļiņām uz diska centru. Mutei pretējā ķermeņa pusē bija dažas seklas rievas. Nelielo izmēru un mīkstās uzbūves dēļ atrastajās fosilijās ir apgrūtinoši noteikt trīsdaivaino dzīvnieku gremošanas orgānu sistēmas klātbūtni vai tās uzbūvi. Tribrachidium heraldicum (Glaessner, 1959) ir vieni no vislabāk izpētītajiem trīsdaivainajiem dzīvniekiem. Tie bija nelieli (3–38 mm diametrā) ar puslodes formas ķermeni. Albumares un Anfesta ģints pārstāvju ķermenis bija puslodes formas 13–18 mm diametrā. Hallidaya un Skinnera ģints pārstāvju ķermenim bija plakana diska forma, tas bija 4–32 mm diametrā un 2 mm augstumā. Diska centrālajā daļā atradās trīs trīsstaraini izkārtotas ieplakas. Rugoconites ģints dzīvniekiem ķermenis bija iegareni ovāls, 6 (vai vairāk) cm diametrā.