1906. gada 1. decembrī K. Vegnere ieradās Mombasā un 12. decembrī sāka darbu čagas etniskās grupas meiteņu internātskolā Moši. Viņa palīdzēja misionārei Elizabetei Zēzemanei. Kaut arī māsa Klāra bija mācījusies svahili valodu, sākumā viņa ziņoja, ka ir grūti sazināties ar vietējiem iedzīvotājiem un ka viņai nepieciešams daudz vairāk laika šīs valodas studijām. Internātskolā meitenēm mācīja vispārējās izglītības priekšmetus un kristietības pamatus, kā arī lauksaimniecības zinātni un rokdarbus.
Līdzās internātskolai māsas Klāras uzdevums bija nodarboties ar medicīnisko misiju. Viņa darbojās vietējā poliklīnikā un katru dienu pieņēma 20–25 pacientus. Pēc tam K. Vegnere devās mājas vizītēs pie tiem, kuri nevarēja nokļūt līdz klīnikai.
Saskaņā ar Leipcigas misijas biedrības noteikumiem, ja misionāre gatavojās precēties, pat ja ar misionāru turpat misijas laukā, viņai bija jāaizstājas no misijas darbinieku rindām. Tāds bija arī māsas Klāras gadījums. Tā kā K. Vegnere 1907. gadā saderinājās ar misionāru H. A. Fuksu no Bavārijas, 1. oktobrī viņa izstājās no Leipcigas misijas biedrības. Pāris salaulājās 11. novembrī. Klāra turpināja savu darbu jau kā misionāra sieva Šigatini misijas stacijā Tanzānijā. Šigatini stacijā Klāra uzraudzīja saimniecību un turpināja mācīt skolas bērnus, līdz ģimenei piedzima divi bērni: Alfrēds (16.11.1908.) un Magdalēna Marija (23.07.1910.).
1911. gada 20. aprīlī ģimene devās atvaļinājumā uz Eiropu. 1912. gada februārī visi ieradās Rīgā. Piedzima dēls Hanss Augusts (Hans August), kurš 17. februārī tika kristīts Jāņa baznīcā, taču pēc pāris stundām nomira. Arī pati misionāre nomira Rīgā šī paša gada jūnijā.