1935. gadā A. Juhņēvičs izcieta divu mēnešu cietumsodu par Kombuļu pagasta aizsargu publisku nolamāšanu dievkalpojuma laikā. 1939. gadā pārcelts uz Līvānu pagasta Vanagiem, kur turpmāk strādāja par draudzes prāvestu. Nacistiskās Vācijas okupācijas laikā A. Juhņēvičs vairākus mēnešus bēguļoja, jo bija pārkāpis aizliegumu noturēt dievkalpojumus. Kopš 1943. gada februāra Vanagu draudzes ēkās slēpa vietējos vīriešus, kas izvairījās no mobilizācijas Vācijas bruņotajos spēkos.
Atsākoties padomju okupācijai, A. Juhņēvičs savos dievkalpojumos kritizēja okupācijas režīma politiku Latvijā, tostarp iedzīvotāju mobilizāciju Sarkanajā armijā un ateismā balstīto Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) izglītības sistēmu. Neskatoties uz atklāto sprediķošanu pret okupācijas varu, līdz pat 1945. gada janvāra beigām pret A. Juhņēviču netika vērstas nekādas represijas. A. Juhņēvičs kopš 1944. gada vasaras arī aicināja Vanagu draudzei piederīgos vīriešus izvairīties no iesaukšanas un slēpa viņus Vanagu baznīcā un tās saimniecības ēkās, tādējādi pretojoties nelikumīgajai mobilizācijai.
A. Juhņēvičs pārgāja nelegālā stāvoklī 28.01.1945., kad dienu iepriekš bija uzzinājis par plānoto viņa arestu. Šajā pašā dienā pie Vanagu baznīcas notika kauja starp Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Iekšlietu tautas komisariāta (Народный комиссариат внутренних дел, НКВД, NKVD) darbiniekiem un partizāniem A. Juhņēviča vadībā, kuri, veicot uzbrukumu, atbrīvoja vairākus baznīcā iesprostotos nelegālistus. Šī ir vienīgā zināmā militārā operācija, kurā A. Juhņēvičs bija aktīvi piedalījies. Pēc kaujas tajā pašā dienā viņš pievienojās partizāniem, sākotnēji nomitinoties tuvējā Velna purvā, bet vēlāk pārejot uz Rudzātu pagasta Rubeņkalna apkārtnes mežiem.
1945. gada vasarā A. Juhņēvičs iesaistījās topošajā nacionālo partizānu organizācijā “Latvijas Tēvzemes sargu (partizānu) apvienība” (LTS(p)A). Organizācijas dibināšanas sapulcē 24.08.1945. A. Juhņēvičs tika ievēlēts par organizācijas prezidija priekšsēdētāju, tādējādi kļūstot par visas organizācijas vadītāju. Viņš pieņēma segvārdu “Vientulis”, ko vēlāk nomainīja uz “A. Monakus”.
A. Juhņēviča darbība LTS(p)A bija neilga, jo jau 1945. gada septembrī starp viņu un citiem prezidija locekļiem radās nopietnas domstarpības par organizācijas idejiskajām nostādnēm, viņam veicamajiem uzdevumiem un organizācijas vadības modeli. Tas, visticamāk, aizskāra A. Juhņēviču, un viņš turpmāk distancējās no organizācijas. 12.10.1945. A. Juhņēvičs pameta LTS(p)A, taču par to neinformēja pārējos prezidija locekļus, kuri par A. Juhnēviča aiziešanu no organizācijas oficiāli nosprieda tikai prezidija sanāksmē 11.11.1945.
A. Juhņēvičs legalizējās 08.01.1946. pēc aptuveni divus mēnešus ilgas sarakstes ar LPSR NKVD, kuras gaitā tika apspriestas viņa legalizēšanās iespējas. Pastāv vienā avotā balstīta versija, ka galīgā vienošanās par legalizēšanās nosacījumiem notikusi tikšanās laikā starp A. Juhņēviču un LPSR iekšlietu tautas komisāru Augustu Eglīti, kurš it kā esot apsolījis neizvērst represijas pret A. Juhņēviču apmaiņā pret viņa un viņam pietuvināto nacionālo partizānu legalizēšanos. Iespējams, ka A. Juhņēviča izvēli legalizēties iespaidoja arī vēlme palīdzēt arestētajai mātei un neticība Rietumvalstu un PSRS kara iespējamībai. Neskatoties uz NKVD solījumu, A. Juhņēvičs 24.04.1946. tika arestēts. 14.11.1946. viņam tika piespriests nāves sods, kas izpildīts 04.02.1947.