Muzeju uztur un pārvalda biedrība “Latvijas Okupācijas muzeja biedrība” ar sabiedriskā labuma statusu. Muzeja krājumā ir vairāk nekā 85 000 priekšmetu un 3200 audiovizuālu vienību (2026). Muzejs ir lielākais privātais muzejs Latvijā.

Pamatekspozīcija un krājums atrodas Latviešu strēlnieku laukumā 1, Rīgā. Muzeja filiāle ar ekspozīciju atrodas bijušajā Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Valsts drošības komitejas ēkā Brīvības ielā 61, Rīgā, tā sauktajā Stūra mājā.

1993. gada 21. maijā organizācijas dibinātāji reģistrēja fondu “Latvijas 50 gadu okupācijas muzeja fonds”. 2006. gadā, mainoties tiesiskajam regulējumam, fonds tika pārreģistrēts par biedrību “Latvijas Okupācijas muzeja biedrība”. Muzeja nosaukums kopš tā dibināšanas nav mainījies.

Muzeja misija ir uzturēt atmiņu par to, kas notika ar Latviju, Latvijas tautu un zemi komunistiskās Padomju Savienības un nacistiskās Vācijas okupāciju režīmu laikā no 1940. līdz 1991. gadam, pieminēt netaisnīgi notiesātos un noslepkavotos, Otrajā pasaules karā kritušos, represijās (to skaitā izsūtījumā) cietušos un mirušos, atgādināt okupācijas varu nodarījumus Latvijas valstij, zemei un tautai.

Muzejs īsteno muzeoloģisko, pētniecisko, izglītojošo un sabiedrības informēšanas funkciju. Muzejam ir deleģēta valsts funkcija – valsts oficiālo un darba vizīšu delegāciju uzņemšana un iepazīstināšana ar Latvijas okupācijas vēsturi.

No 2007. gada muzejs ir reģistrēts kā izglītības iestāde. Muzejs sagatavo mācību materiālus, īsteno muzejpedagoģiskās nodarbības skolēniem un profesionālās pilnveides programmas pedagogiem. Tāpat muzejs īsteno valodnieces Valērijas Bērziņas-Baltiņas piemiņas projektu latviešu valodas izpētei okupāciju laikā.

Vēsturiskās atmiņas uzturēšanai muzejs ir rosinājis pārdēvēt ielas, izveidot piemiņas vietas un uzstādīt pieminekļus, kas vēstītu par Latvijas 20. gs. vēstures notikumiem un godinātu okupāciju varu upurus Latvijā.

Pēc muzeja iniciatīvas 1996. gada 14. jūnijā pie Torņakalna dzelzceļa stacijas Rīgā tika novietots preču vagons, godinot 1941. gada 14. jūnija komunistiskā genocīda upurus. 2011. gadā muzejs rosināja nosaukt ielu Rīgā Amerikas Savienoto Valstu diplomāta Samnera Velsa (Benjamin Sumner Welles) vārdā. 2025. gada 8. maijā muzejs atklāja pieminekli “Latvijas Stāvstrops brīvībai” (autors Kristaps Gulbis) Lestenes brāļu kapu memoriālā pie ieejas memoriāla kapsētā. Pirms tam piemineklis atradās Zēdelgemā (Beļģijā). Piemineklis bija veltīts vairāk nekā 12 000 Zēdelgemas karagūstekņu nometnē no 1945. līdz 1946. gadam ieslodzīto latviešu karagūstekņu piemiņai. 2021. gadā Krievijas propagandas ietekmē Beļģijā izskanēja protesti pret pieminekli un aicinājumi to demontēt. 2021. gadā Zēdelgemas pilsēta noņēma pieminekļa plāksni un 2022. gada 5. jūnijā demontēja pieminekli. Muzejs, vienojoties ar Zēdelgemas pašvaldību, pārņēma pieminekli savā īpašumā un 2024. gadā to pārveda uz Latviju.

Kopš 2022. gada ar likumu Latvijas Okupācijas muzejam deleģēts valsts uzdevums nodrošināt muzeja krājumā iekļauto padomju un nacistisko režīmu slavinošu demontēto pieminekļu oriģinālo detaļu uzturēšanu un saglabāšanu.

Muzeju pārvalda Latvijas Okupācijas muzeja biedrība. Muzeja darbību reglamentē Muzeju likums (2006), Latvijas Okupācijas muzeja likums (2006), likums “Par padomju un nacistisko režīmu slavinošu objektu eksponēšanas aizliegumu un to demontāžu Latvijas Republikas teritorijā” (2022), Biedrību un nodibinājumu likums (2004), kā arī Biedrības statūti, Muzeja nolikums un Muzeja Izglītojošās darbības nolikums.

Saskaņā ar Latvijas Okupācijas muzeja likumu Muzejam noteikta valsts dotācija un deleģētas valsts funkcijas. Muzeja finansiālo darbību nodrošina biedrība. Muzejs ir valsts akciju sabiedrības “Nekustamie īpašumi” nomnieks ēkā Latviešu strēlnieku laukumā 1 un ēkā Brīvības ielā 61, Rīgā.

Muzeja struktūru mūsdienās veido Krājuma nodaļa (tajā skaitā Audiovizuālo materiālu krātuve), Ekspozīcijas nodaļa, Publiskās vēstures nodaļa, Izglītības nodaļa, Attīstības un komunikācijas nodaļa, Saimniecības nodaļa, Apmeklētāju uzņemšanas centrs un Muzeja filiāle bijušajā LPSR Valsts drošības komitejas ēkā.

Muzeja idejas autors ir Paulis Lazda, latviešu izcelsmes Viskonsīnas Universitātes Medisonā (University of Wisconsin–Madison) profesors, kurš 1993. gada februārī iesniedza Kultūras ministrijai priekšlikumu izveidot muzeju.

1993. gadā 11 personas (no Latvijas – Rihards Pētersons, Andris Kolbergs, Jānis Stradiņš, Leons Taivāns, Anna Zoldnere, no Amerikas Savienotajām Valstīm – P. Lazda, Gundega Mihele (Michele), Rūsiņš Albertiņš, no Austrālijas – Gunārs Priedītis, Vija Muzikante, Ivars Muzikants) dibināja nevalstisko organizāciju “Latvijas 50 gadu okupācijas muzeja fonds”.

Par muzeja dzimšanas dienu uzskata 1993. gada 1. jūliju, kad tika atklāta izstāde “Baigais gads” bijušā Latviešu sarkano strēlnieku muzeja telpās Latviešu strēlnieku laukumā 1, Rīgā.

1996. gadā izveidota Muzeja Izglītības programma. Skolēniem no attālākām Latvijas skolām muzejs apmaksāja ceļa naudu.

2001. gadā latviešu izcelsmes arhitekts Gunārs Birkerts dāvināja muzejam un Rīgas domei muzeja ēkas paplašināšanas projektu Latviešu strēlnieku laukumā 1, Rīgā.

2006. gada 5. oktobrī Saeima pieņēma “Latvijas Okupācijas muzeja likumu”, ar kuru regulē valsts, pašvaldību institūciju un muzeja attiecības ar muzeja kompetenci saistītās jomās. No 2012. līdz 2021. gadam muzejs darbojās pagaidu telpās Raiņa bulvārī 7, Rīgā.

2014. gadā bijušajā LPSR Valsts drošības komitejas ēkā Latvijas Okupācijas muzejs atklāja izstādi par padomju okupācijas režīma represijām. 2022. gada 1. jūnijā atklāta ekspozīcija “Latvija Padomju Savienības un nacionālsociālistiskās Vācijas okupāciju varā 1939–1991” Latviešu strēlnieku laukumā 1, Rīgā.

Pēc Krievijas pilna mēroga iebrukuma Ukrainā ir bijuši vairāki kinētiski uzbrukumi muzejam – izsisti, sašauti logi muzeja ēkās, norauti karogi no masta Latviešu strēlnieku laukumā, sabojātas izstādes pie muzeja ārtelpā, kā arī muzeja darbinieki ir saņēmuši draudu zvanus. 2024. gada 28. februārī direktores kabinetā tika iemesta degmaisījuma pudele. Notika eksplozija un sākās ugunsgrēks, kas tika ātri lokalizēts.

2025. gadā muzejs uzņēma 140 tūkstošus apmeklētāju.

Krājumā ir vairāk nekā 85 000 priekšmetu un 3200 audiovizuālu vienību. Audiovizuālo materiālu krātuvē ir vairāk nekā 2600 video liecību (2026), kas kopumā veido vairāk nekā 4900 stundu ierakstītu cilvēku dzīvesstāstu video formātā.

Muzeja krājuma tēmas: Latvijas okupācija 1940.–1991. gadā, 1941., 1949. gada deportācijas, Latvijas iedzīvotāji ieslodzījumā un nometinājumā nometnēs Padomju Savienības reģionos, nacionālās pretošanās kustība, Latvijas iedzīvotāji vācu un padomju bruņotajos spēkos, okupācijas varu represīvā darbība, bēgļu gaitas Otrā pasaules kara beigās, trimdas izveidošanās un trimdas latviešu darbība, valstiskās neatkarības atjaunošana, okupācijas sekas.

Īpaša kolekcija – 13 vēstules, kas rakstītas uz bērza tāss un nosūtītas no nometinājuma un ieslodzījuma nometnēm. Vēstules ir iekļautas Apvienoto Nāciju Izglītības, zinātnes un kultūras organizācijas (United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization, UNESCO) programmā “Pasaules atmiņa” Latvijas nacionālajā reģistrā nominācijā “Sibīrijā rakstītas vēstules uz bērza tāss”.

Anna Zoldnere (1993–1998), Gundega Feldmane-Zāns (1999–2001), G. Mihele (2002–2014), Gunārs Nāgels (2015–2019), kopš 2019. gada 18. decembra – Solvita Vība.