E. Tubina galvenā uzmanība bija pievērsta lielformāta instrumentālajiem žanriem, bieži vien visu skaņdarba materiālu attīstot no viena vai diviem vienkāršiem sākotnējiem elementiem. Viņa nacionālo mūzikas valodu galvenokārt veido igauņu tautas mūzikas raksturīgo intervālu, izpildījuma paņēmienu un citu iezīmju pārveidošana un iekļaušana oriģinālā muzikālā materiālā; tieši citāti kopumā ir mazāk nozīmīgi. Neraugoties uz agrīno tuvību nacionālajam romantismam, viņa muzikālā domāšana pārsvarā ir modernistiska: saglabājot tonalitāti tās plašākajā izpratnē, viņš būtiski pārveido tās darbības principus, radot individuālu tonālo valodu. Arī viņa muzikālais nacionālisms pats par sevi ir modernistisks.
Simfonijas veido viņa daiļrades kodolu. Otrā simfonija “Leģendārā” (Legendaarne, 1937) apliecina viņa agrīno meistarību dramatiskās attīstības veidošanā. Trešā simfonija “Heroiskā” (Heroiline, 1942) un Ceturtā simfonija “Liriskā” (Lüüriline, 1943) apvieno episku plašumu ar izteiktu nacionālo mūzikas valodu. Piektā simfonija (1946) un Sestā simfonija (1954) rosina eksistenciālu interpretāciju, attiecīgi pievēršoties kolektīvai izdzīvošanai un individuālajai pieredzei. Piektā simfonija, kas pabeigta trimdā, apvieno no tautas mūzikas atvasinātu materiālu ar plašu simfonisku vēstījumu. Sestajā simfonijā pastiprināta harmoniskā spriedze un izmantoti groteski dejas ritmi.
Septītā simfonija (1958) un Astotā simfonija (1966), E. Tubina visatklātāk modernistiskās simfonijas, radikāli vājina tradicionālo tonālo orientāciju. Devītā simfonija Sinfonia semplice (1969) un Desmitā simfonija (1973) atgriežas pie lielākas klasiskās skaidrības un formas līdzsvara. Vienpadsmitā simfonija palika nepabeigta.
Balets “Krats” apvieno igauņu tautas melodijas ar pārdabisku stāstu par alkatību. Operas “Barbara fon Tīzenhūzena” (Barbara von Tisenhusen, 1968) un “Reigi mācītājs” (Reigi õpetaja, 1971), kuru libretus pēc Aino Kallasas (Aino Kallas) darbiem sarakstījis Jāns Kross (Jaan Kross), vēsta par mīlestību konfliktā ar sociālo un reliģisko varu. To dramatiskā nepārtrauktība balstās simfoniskās attīstības principos.
Citi nozīmīgi darbi ir divi vijolkoncerti (1942; 1945, pārstrādāti 1949. gadā), Kontrabasa koncerts (1948), Balalaikas koncerts (1964) un Klaviersonāte Nr. 2 “Ziemeļblāzmas sonāte” (Virmaliste sonata, 1950). Viņa solo dziesmām un kora darbiem ir nozīmīga vieta igauņu vokālajā kultūrā. Rekviēms kritušajiem karavīriem (Reekviem Langenud Soduritele, 1979) pievēršas sērām, izmantojot igauņu dzeju.