Tronī kāpa pēc sava tēva, sultāna Ala ad-Dina Tekiša (persiešu علاء الدين تكش, Ala ad-Dunya wa ad-Din Abul Muzaffar Tekish ibn Il-Arslan) nāves, saņemot mantojumā reģionā varenāko lielvalsti.

Pēc Tekiša nāves 1200. gadā Centrālāzijā bija atlikuši vairs tikai trīs nopietni pretinieki: Horezma, Karakitaju valsts, Gurīdu sultanāts, kā arī Bagdādes kalīfs kā kopīga garīga autoritāte. Horezmšaha Muhameda II valdīšana sākās ar Gurīdu armijas iebrukumu Horezmas zemēs – tika zaudētas Merva, Abiverda, Serahsa, Nisa, Nišapura, gūstā krita sultāna brālis, ielenkta galvaspilsēta Gurgandža. Tikai ar karakitaju palīdzību Muhamedam II izdevās atgūt iniciatīvu un izdzīt ienaidniekus no savām zemēm. Jaunais sultāns nebija talantīgs karavadonis – arī atbrīvot galvaspilsētu izdevās tikai ar karakitaju palīdzību, bet pārējo teritoriju tikai pēc tam, kad 1206. gadā atentātā tika nogalināts Gurīdu sultāns un šo valsti pārņēma iekšējās jukas. Taču tas nemazināja Muhameda II ambīcijas. Pēc īsas atelpas viņš uzsāka karu ar Karakitaju valsti – pēc vairākām sakāvēm kara sākumā horezmšaham 09.1210. izšķirošajā kaujā izdevās sakaut karakitajus un atņemt tiem visai plašas teritorijas. Musulmaņu pasaulē tā tika uztverta kā islāma uzvara pār “neticīgajiem”, kas ievērojami palielināja horezmšaha autoritāti. Muhameds II sāka sevi dēvēt par “otro Aleksandru” un pieņēma Seldžuku valdnieku titulu “Dieva ēna zemes virsū”. Ap Horezmas valdījumiem vairs nebija nevienas pietiekami spēcīgas valsts, un ap 1215. gadu tā sasniedza savu teritoriālās un militārās varenības maksimumu, vienu pēc otra pakļaujot apkārtējos mazos valdījumus (Persijas Irāku, Mazandaranu, Mangišlaku, Kermanu, Beludžistānu, Mekranu, Ormuzu, Isfahānu, Azerbaidžānu, Aranu, Guru, Gaznu, Bamianu u. c. zemes). 1217. gadā Muhameds II pat savāca karaspēku, lai dotos iekarot Bagdādi, taču karagājiens pusceļā apstājās, jo sultāns saņēma draudīgas ziņas par mongoļu armijas parādīšanos austrumos.

Horezmšaha despotiskā iekšpolitika izraisīja regulārus dumpjus provincēs. Tos nācās nežēlīgi apspiest, kas mazināja ar valdnieka varu apmierināto skaitu. 1212. gadā, apspiedis sacelšanos Samarkandā, Muhameds II pārcēla rezidenci uz šo pilsētu, savukārt Gurgandžā palika viņa mātes galms. Izveidojās zināma divvaldība, kas paralizēja valsts dzīvi: horezmšaha māte Terkena (persiešu ترکان خاتون‎ , Terken khatun) nemitīgi iejaucās pārvaldes lietās, bieži vien atceļot valdnieka rīkojumus, atstādinot vai sodot sev netīkamus ierēdņus, to vietā ieceļot savas kandidatūras utt., ieskaitot pat troņmantnieka maiņu, kā rezultātā valsts stabilitāte bija visai iluzora. Savukārt karavadoņu militārā varenība un visai lielā neatkarība valdījumos mazināja centrālās varas ietekmi krīzes situācijās. Valsts pārvaldes nekonsekvences izpaudās arī ārpolitikā, kur ne horezmšahs, ne viņa māte nekavējās mazākās nepaklausības vai aizdomu gadījumā nogalināt vasaļvalstu atsūtītos ķīlniekus, savukārt iekarotajās zemēs to valdnieki tika nogalināti, bet zemes izdalītas horezmšaha mātes radiniekiem. Tas ievērojami mazināja iespējamo sabiedroto skaitu, kā arī veicināja savstarpēju naidīgumu starp kipčakiem un no varas atstumto turkmēņu cilšu eliti.

1218. gadā Muhameds II pieteica karu Mongoļu Impērijai. 1219. gadā mongoļu armijas ielauzās Horezmā un, nesastopot nopietnu pretestību, pamazām vienu pēc otras ieņēma tās pilsētas un provinces – horezmšahs izvietoja karaspēku pilsētu garnizonos, izvairoties sastapties ar mongoļiem klajā laukā. Gan pilsētas, gan lielie vasaļi cīnījās katrs par sevi vai kapitulēja bez cīņas, pārejot iebrucēju pusē. Pats Muhameds II bija spiests bēgt uz rietumiem, vienu pēc otra zaudējot savus atbalstītājus. Viņš līdz ar dažiem līdzgaitniekiem paglābās Abeskunas salā Kaspijas jūrā, kur mira no plaušu karsoņa.

Par Muhameda II mantinieku kļuva viens no viņa trim dēliem Džalals ad-Dins Mankburns (persiešu جلال ‌الدین خوارزمشاه, alal ad-Dunya wa ad-Din Abul-Muzaffar Manguberdi ibn Muhammad, 1220–1231).