Flautā skaņa veidojas gaisa strūklai beržoties gar piemutņa atveres malu, tādejādi iesvārstot gaisa stabu instrumentā. Flauta ir ļoti sens instruments. Tās priekšteči ir dažāda veida koka un citu materiālu stabules, svilpes.

2009. gadā Vācijā arheoloģiskajos izrakumos tika atrasta 35 tk gadus veca kaula flauta, kas ir senākais vispāratzītais mūzikas instrumenta atradums pasaulē. Pirmatnējās flautas tika spēlētas Senajā Ēģiptē, Mezopotāmijā (ķīļrakstā ziņas par īves koka flautu ir jau no 2600. gada  p. m. ē.), Palestīnā (Vecajā Derībā pieminētais ugab), Grieķijā (Pāna flauta). Agrajos viduslaikos antīkie instrumenti netika spēlēti; flauta no jauna ienāca Eiropā 10. gs. no Bizantijas. Sākotnēji tā tika spēlēta ceļojošu mūziķu komediantu trupās, vēlāk arī sadzīves muzicēšanā un militāros orķestros. Pirmoreiz dažādus flautas tipus grāmatā Musica getutscht (1511) aprakstījis vācu mūks Sebastians Firdungs (Sebastian Virdung).

Līdz 17. gs. ar vārdu “flauta” apzīmēja gareniski pūšamu instrumentu (vēlākā blokflauta, angļu recorder). Šāda flauta tika iekļauta itāļu komponistu pirmo operu orķestra sastāvā – Jakopo Peri (Jacopo Peri) “Eiridīkē” (Euridice, 1600) un Klaudio Monteverdi (Claudio Giovanni Antonio Monteverdi) “Orfejā” (L’Orfeo, 1607). Ap 1670. gadu franču instrumentu meistari uzlaboja sāniski pūšamas šķērsflautas skanējumu un tehniskās iespējas. Francijas galma komponists Džovanni Batista Lulli (Giovanni Battista Lulli) to uzreiz iekļāva sava orķestra sastāvā operā “Izīda” (Isis, 1677). Kopš tā laika šķērsflauta arvien vairāk nostiprinājās mūzikas praksē par solo, ansambļa un orķestra instrumentu, aizstājot garenflautu. Dž. B. Lulli orķestra mūziķis Žaks Martēns Otetērs (Jacques-Martin Hotteterre) izdeva pirmo mācību grāmatu šķērsflautas spēles apguvei "Šķērsflautas apguves principi" (Principes de la flûte traversièrre, 1707). Radikāla nozīme flautas pilnveidošanā bija vācu flautista un instrumentu būvētāja Teobalda Bēma (Theobald Böhm) reformai 1832. un 1847. gadā. Tika izmainīta toņcaurumu un vārstu sistēma, paplašinājās diapazons aptverot (h)c¹ – d⁴(f⁴), flauta ieguva plašas tehniskas un izteiksmības iespējas. Flautas izgatavošanai sāka izmantot arī metālu (t. sk. sudrabu, zeltu).

Flautas notis raksta vijoles atslēgā, atbilstoši skanējumam. Izšķir vairākus flautas paveidus: pikoloflauta – diapazons d²-c⁵, skan oktāvu augstāk nekā fiksēts nošu rakstā; altflauta, skan kvartu zemāk par rakstīto. Reti izmanto dažādas basflautas. Flautu plaši lieto par soloinstrumentu, kā arī dažāda veida orķestru un ansambļu sastāvā, arī džeza mūzikā. Simfoniskajā orķestrī flautu skaits parasti variējas no vienas līdz četrām. Flautas tipa instrumenti sastopami dažādu tautu mūzikā – rumāņu, moldāvu nai un fluier, Balkānu tautu kaval, īru metāla stabules, indiešu bambusa flauta bansuri, japāņu shakuhachi, ķīniešu dizi, xiao, Dienvidaustrumāzijas tautu suling, Latīņamerikas tautu quena un citas. Flauta ir izplatīts pūšaminstruments, tā vienkāršības dēļ parocīgs bērnu mūzikas apmācībā.

Nozīmīgākos skaņdarbus flautai rakstījuši: itāļu komponists Antonio Vivaldi (Antonio Lucio Vivaldi) – koncerti flautai ar orķestri “Nakts” (La Notte; kataloga nr. RV 439), “Žubīte” ( Il Cardellino, tiek minēts arī kā Il Gardellino; RV 428), Fa mažorā (RV 434), koncerts flautino (pikoloflautai) ar orķestri Do mažorā (RV 443); vācu komponisti Johans Sebastians Bahs (Johann Sebastian Bach) – Brandenburgas koncerti (Brandenburgische Konzerte) – nr. 2. (kataloga nr. BWV 1047, 1718), 4. (BWV 1049, 1719–20), 5. (BWV 1050, 1720–1721), Partita La minorā flautai solo (BWV 1013, 1722–1723), sonātes flautai un klavesīnam Si minorā (BWV 1030, 1736–1737), Mibemol mažorā (BWV 1031, 1730), Do mažorā (BWV 1033, 1736), Mi minorā (BWV 1034, 1724), Mi mažorā (BWV 1035, 1741), Orķestra svīta Si minorā (BWV 1067, 1738–1739), Karls Filips Emanuels Bahs (Carl Philipp Emanuel Bach) – solo sonāte La minorā (Wq 132, 1747), koncerti flautai ar orķestri Re minorā (Wq 22, 1747), Sol mažorā (Wq 169, 1755), Georgs Filips Tēlemans (Georg Philipp Telemann) – 12 fantāzijas flautai solo (TWV 40:2–13, 1732–1733), Karls Reineke (Carl Heinrich Carsten Reinecke) – Sonāte “Undīne” (op. 167, Undine, 1882), Koncerts flautai ar orķestri Re mažorā (op. 283, 1908), Pauls Hindemits (Paul Hindemith) – Sonāte flautai un klavierēm (1936), 8 skaņdarbi flautai solo (1927); austriešu komponisti Volfgangs Amadejs Mocarts (Wolfgang Amadeus Mozart) – koncerti flautai ar orķestri Sol mažorā (KV 313, 1777–1778), Re mažorā (KV 314, 1778), Francis Šūberts (Franz Schubert) – Introdukcija un variācijas flautai un klavierēm (D 802, Variationen für Flöte und Klavier über das Lied "Trockene Blumen“, 1824); franču komponisti Fransiss Pulenks (Francis Jean Marcel Poulenc) – Sonāte flautai un klavierēm (FP 164, 1956–1957), Žaks Ibērs (Jacques Ibert) – Koncerts flautai ar orķestri (op. 60, 1932–1933); krievu komponists Sergejs Prokofjevs (Сергей Сергеевич Прокофьев) – Sonāte flautai un klavierēm Re mažorā (op. 94, 1943); gruzīnu komponists Otars Taktakišvili (ოთარ თაქთაქიშვილი) Sonāte flautai un klavierēm (1963–1966); Pēteris Vasks – skaņdarbi flautai solo “Ainava ar putniem” (1980), “Lidojuma sonāte“ (1992), koncerts flautai ar orķestri (2007–2008).

20. gs. 2. puses un 21. gs. pasaulē pazīstamākie ir franču flautisti Žans Pjērs Rampāls (Jean-Pierre Rampal), Marsels Moīzs (Marcel Moyse), Matjē Difūrs (Mathieu Dufour), Filips Bernolds (Philippe Bernold), Patriks Galuā (Patrick Gallois), īru – Džeimss Golvejs (James Galway), angļu – Viljams Benets (William Bennett), Emīlija Beinona (Emily Beynon), šveiciešu – Peters Lukass Grāfs (Peter-Lukas Graf), Orēls Nikolē (Aurèle Nicolet), Emanuels Paī (Emmanuel Pahud), krievu – Deniss Burjakovs (Денис Викторович Буряков), Amerikas Savienoto Valstu – Viljams Kinkeids (William Kincaid), Džūljuss Beikers (Julius Baker), Kerola Vinsensa (Carol Wincenc) un citi.