Instrumentālmūzikas vidū centrālajā vietā ir ērgeļdarbi. J. S. Baha darbu sarakstā meistara sacerējumi ērģelēm (ap 220) ieņem apmēram piekto daļu visu darbu kopuma. Kamermūzikas jomā centrālā vieta pieder klavesīnam. Par savdabīgu manifestu te uzskatāms “Labi temperētais klavesīns” (Das Wohltemperierte Clavier, 1. daļa 1722. gadā, 2. daļa 1742.–1744. gadā, – 48 prelūdiju un fūgu mikrocikli visās mažora un minora tonalitātēs, J. S. Baha pienesums jaunās, tolaik modernās skaņu augstuma temperācijas sistēmas priekšrocību izcelšanai). Nozīmīgi un māksliniecisku ideju reprezentējoši opusi ir “Itāļu koncerts” (Italienisches Konzert, oriģinālnosaukums Concerto nach italiaenischen Gusto, 1735), “Hromatiskā fantāzija un fūga” (Chromatische Phantasie und Fuge, domājams, 1717–1723), t. s. “Goldberga variācijas” (Aria mit verschiedenen Verænderungen, 1741), “Kapričo mīļotā brāļa aizbraukšanai” (Capriccio sopra la lontananza de il fratro dilettissimo, pirms 1705. gada) u. c. sacerējumi. Taču tipiskāki un plašākām aprindām adresēti ir apjomīgi svītu, partitu, tokātu vienlaidu vai izkliedēti kopojumi, piemēram, Sešas franču svītas (Französische Suiten, 1722–1724), Sešas angļu svītas (Englische Suiten, ap 1715), Sešas partitas – itāļu svītas (Partiten, 1731) un atsevišķi sacerējumi.