PVA augstākā lēmējinstitūcija ir dalīborganizāciju pārstāvju (prezidentu) ģenerālā asambleja (ĢA), kas parasti sanāk kopā Pasaules Veterinārārstu kongresu (The World Veterinary Congress) laikā, bet ne retāk kā divos gados. Ģenerālā asambleja ievēl PVA prezidentu, kurš pirmos divus gadus ir atbalsts iepriekš ievēlētam prezidentam, tad divus gadus ir prezidents un pēc tam divus gadus ir iepriekšējais prezidents. PVA izpildinstitūcija un politikas veidotāja ir PVA Padome, kas sastāv no PVA prezidenta, no jaunievēlētā prezidenta un iepriekšējā prezidenta, kā arī 14 padomniekiem – 12 no sešiem pasaules reģioniem (Āfrika, Tuvie Austrumi un Ziemeļāfrika, Ziemeļamerika, Latīņamerika, Austrumāzija un Okeānija, Eiropa) un divi no starptautiskajām veterinārajām organizācijām. PVA ir sekretariāts, kas veic tehniskos darbus, un tā mītne atrodas Briselē. PVA statūti paredz Finanšu komiteju (Finance Committee), bet PVA Padome var veidot arī citas komitejas, piemēram, Politikas komiteju (Policy Committee), Pastāvīgo Pasaules veterināro kongresu komiteju (Standing Committee for World Veterinary Congresses); darba grupas: Organizācijas izaugsme un sadarbība (Organizational Growth and Partnerships), Dzīvnieku labturība (Animal Welfare), Veterinārā izglītība (Veterinary Education); Zoonožu slimības (Zoonotic Diseases), Farmācijas pārvaldība (Pharmaceutical Stewardship) un citas. Regulāri tiek organizēti Pasaules Veterinārie kongresi un citi pasākumi, tiek gatavoti PVA pozīcijas dokumenti par aktuālām tēmām, piemēram, veterinārārstu izglītība, profesionālā ētika, veterinārārstu zvēresta paraugs, veterinārārstu statūtiestāde, kas seko veterināro pakalpojumu kvalitātei un nodrošina profesijas disciplīnu, atsevišķas slimības, dzīvnieku vakcinācija, dzīvnieku labturības dažādi aspekti, atbildīga antibiotiku lietošanu un citas.