Latvijā veselības ekonomikas principi un metodes kā instruments lēmumu pieņemšanā ieviesti zāļu iegādes kompensācijas sistēmā (1998), nosakot kompensējamo zāļu saraksta veidošanā izmantot zāļu ekonomisko jeb farmakoekonomisko novērtēšanu, ko veica SIA “Zāļu cenu aģentūra” (pēc valsts pārvaldes reformas 2004. gadā – Zāļu cenu valsts aģentūra, no 2009. gada – Veselības ekonomikas centrs, kopš 2011. gada – Nacionālais veselības dienests, NVD). Sadarbībā ar Pasaules Veselības organizāciju (World Health Organization) 2002. gadā izstrādātas Zāļu ekonomiskās novērtēšanas vadlīnijas Baltijas valstīm, kas adaptētas nacionālajā likumdošanā. Vienotā metodika dod iespēju salīdzināt zāļu izmaksu efektivitātes novērtējumus un dalīties pieredzē zāļu izmaksu samazināšanā starp Baltijas valstīm. NVD piedalās Vienotās rīcības projektā “Medicīnas tehnoloģiju novērtēšanas Eiropas sadarbības tīkls” (EUnetHTA), kura ietvaros veido kopējus principus un pieeju veselības tehnoloģiju ekonomiskajai novērtēšanai Eiropā. Māra Kučinska valdības konceptuālajā ziņojumā “Par veselības aprūpes sistēmas reformu” (apstiprināts ar Ministru kabineta 07.08.2018. rīkojumu) ekonomiskās efektivitātes stimulēšanai paredzēts valsts apmaksātos veselības aprūpes pakalpojumus noteikt, izmantojot stratēģiskā iepirkuma principus, kas paredz pakalpojumu sniedzēju atlasi pēc noteiktiem snieguma un kvalitātes kritērijiem, kā arī pakalpojuma izmaksu efektivitātes novērtēšanu. Tas ļaus nākotnē efektīvāk veidot valsts apmaksāto pakalpojumu grozu.
Veselības ekonomikas metodes lēmumu pieņemšanā par veselības aprūpes budžeta līdzekļu izlietojumu tiek izmantotas ierobežoti, jo lēmumi par līdzekļu novirzīšanu, balstoties uz racionālu kapitāla sadales stratēģiju atbilstoši iedzīvotāju veselības vajadzību un pieejamā finansējuma izvērtējumam, pieņemti tikai attiecībā uz medikamentiem, bet ne citām programmām vai veselības tehnoloģijām. Programmu vai pakalpojumu finansēšanu paredzēts balstīt uz sasniedzamo rādītāju novērtējumu, kā arī veikt papildu ieguldījumus ārstniecības personu atalgojuma palielināšanai. Tā kā ieguldījumi infrastruktūrā un veselības tehnoloģijās līdz šim ievērojami pārsnieguši ieguldījumus cilvēkresursos, tirgū esošo tehnoloģiju noslogojums ir nepilnīgs un rada izmaksu neefektivitāti, cilvēkresursu trūkumu un aizplūšanu no nozares. Plānoto reformu īstenošana atkarīga no ilgtspējīgas finansēšanas sistēmas izveidošanas, jo ilgstoši nepietiekamais finansējums veselības nozarei noteicis ierobežotu piekļuvi veselības aprūpes pakalpojumiem, pakalpojumu kvotēšanu un administratīvi noteiktus tarifus. 2017. gada veselības nozares budžets (813,7 miljoni eiro) veidoja 5,5 % no valsts iekšzemes kopprodukta un 9,7 % no valdības izdevumiem, kas neatbilst Pasaules Veselības organizācijas rekomendācijai novirzīt veselības aprūpei vismaz 12 % no valdības gada budžeta. Veselības aprūpes reformu 2017.–2023. gadā saskaņā ar konceptuālo ziņojumu “Par veselības aprūpes sistēmas reformu” plānots balstīt uz veselības aprūpes pakalpojumu pieprasījuma un piedāvājuma plānošanu, pakalpojumu faktiskajām izmaksām, izmaksu efektivitāti stimulējošiem pakalpojumu apmaksas mehānismiem. Plānots, ka veselības ekonomikas instrumentu ieviešana un konkurences veicināšana starp pakalpojumu sniedzējiem rezultatīvo rādītāju sasniegšanā sekmēs finansējuma un nozares efektivitātes paaugstināšanu.