Zinātnisko institūciju reģistrā valstī reģistrētas 13 institūcijas (2017), kas nodarbojas ar medicīnas zinātnisko darbību. To vidū ir universitātes ar plaši sazarotu pētniecisko infrastruktūru (LU, RSU), klīniskās universitāšu slimnīcas (Rīgas Austrumu Klīniskā universitātes slimnīca, P. Stradiņa Klīniskā universitātes slimnīca, Bērnu klīniskā universitātes slimnīca), lieli zinātniskie institūti, kas atsevišķos projektos nodarbojas ar medicīnas zinātni (OSI, BMC), kā arī nelielas monoprofila pētnieciskās iestādes. Latvijā ir divas dominējošās pētniecības institūcijas – RSU un LU. RSU zinātniskā darbība medicīnā tiek īstenota sešos zinātniskajos institūtos (Anatomijas un antropoloģijas; Onkoloģijas; A. Kirhenšteina MVI; Darba drošības un vides veselības; Medicīnas vēstures; Sabiedrības veselības); Stomatoloģijas institūtā, kas ir ne tikai lielākā zobārstniecības iestāde valstī, bet vienlaikus arī nozīmīgs pētnieciskais centrs; sešās fakultātēs (Medicīnas, Zobārstniecības, Farmācijas, Rehabilitācijas, Sabiedrības veselības un sociālās labklājības, Tālākizglītības), 36 katedrās, 11 zinātniskajās laboratorijās, kā arī Militārās medicīnas pētniecības un studiju centrā. Pētniecības atbalsta struktūras centrā ir RSU bibliotēka. RSU kopā ar Latvijas Lauksaimniecības universitāti (LLU) ir dzīvnieku eksperimentu bāze – vivārijs. LU zinātniskā darbība medicīnā tiek īstenota Medicīnas fakultātē (10 katedras, divi centri, piecas docētāju grupas), divos zinātniskajos institūtos (Kardioloģijas un reģeneratīvās medicīnas; Klīniskās un profilaktiskās medicīnas), Fizikas un matemātikas fakultātes Optometrijas un redzes zinātnes nodaļā. Universitātes slimnīcas ir daudzprofilu stacionārās ārstniecības iestādes, kas veic arī zinātnisko un pētniecisko darbu un veicina jaunu ārstniecības metožu un medicīnas tehnoloģiju ieviešanu. Tās veic patstāvīgu zinātnisko darbību, kā arī ir klīniskās bāzes RSU un LU. Juridiski slimnīcas un universitātes ir nošķirtas, bet praksē to darbība cieši saistīta, sinerģiska. BMC ir jaudīga zinātniskā institūcija, kas īsteno galvenokārt jaunu zināšanu radīšanas funkciju, veic cilvēka genoma, eksperimentālās onkoloģijas, molekulārās mikrobioloģijas un virusoloģijas, kā arī molekulārās farmakoloģijas un biotehnoloģiju pētījumus. OSI ir starptautiski novērtēta un respektēta jaunu zāļu līdzekļu radīšanas institūcija, kuras kompetencē ir farmakoloģiskie un bioloģiskie pētījumi.
Medicīnas zinātne ir pārstāvēta Latvijas Zinātņu akadēmijas Ķīmijas, bioloģijas un medicīnas nodaļā. Pētnieki, kas īsteno zinātnisko darbību medicīnā, ir starptautisku organizāciju biedri attiecīgajā nozarē. Pētnieciskais darbs ir obligāta sastāvdaļa profesionālajās (ārsta, zobārsta, farmaceita), maģistra un bakalaura studijās abās universitātēs. Lielākais studējošo zinātniskais forums ir ikgadējā RSU Starptautiskajā studentu konference. 2017. gada konferences darba kārtībā iekļauti vairāk nekā 300 ziņojumi no 12 valstīm; kopējais dalībnieku skaits pārsniedza 1500. Zinātnisko kvalifikāciju medicīnā – medicīnas doktora zinātnisko grādu (Dr. med.) tiesīgas piešķirt RSU un LU. Latvijas Zinātnes padomes ekspertu datu bāzē (personas ar doktora grādu, kas pēdējo trīs gadu laikā aktīvi nodarbojas ar zinātnisko darbību un publicē rezultātus starptautiski respektētos zinātniskajos izdevumos) medicīnas zinātnēs 2017. gada nogalē iekļauti 177 pētnieki. Kopumā medicīnas zinātnē iesaistīto personu skaits ir aptuveni trīs reizes lielāks, jo Latvijas Zinātnes padomes eksperta statusa iegūšana ir brīvprātīga. Ievērojamākie pētnieki: Jānis Oļģerts Ērenpreiss – citologs, onkologs, oriģinālas vēža kanceroģenēzes teorijas radītajs. Aina Muceniece 20. gs. 60. gados atklāja fenomenu, ka cilvēka zarnu vīrusi spēj iznīcināt vēža šūnas, un radīja konceptuāli jaunu vēža ārstēšanas veidu – viroterapiju ar aktīvo aģentu Rigvir (Latvijas Republikas Patents 2002). Ivars Kalviņš – viens no ievērojamākajiem Latvijas izgudrotājiem un inovatoriem, ilggadējs OSI direktors, kardioprotektora mildronāta, pretvēža imunostimulatora leokadīna u. c. zāļu līdzekļu radītājs un ieviesējs klīniskajā praksē. Romāns Lācis – kardioķirurgs, P. Stradiņa Klīniskās universitātes slimnīcas Sirds ķirurģijas centra vadītājs, 10.04.2002. veica pirmo sirds transplantāciju Latvijā.