Farmācija robežojas ar ķīmiju, bioķīmiju, bioloģiju, matemātiku, statistiku, fiziku, medicīnas zinātnēm, inženierzinātnēm un sociālajām zinātnēm un izmanto šo zinātņu atziņas. Galvenās farmācijas apakšnozares ir farmācijas ķīmija, farmakognozija, farmaceitiskā tehnoloģija, sociālā farmācija, klīniskā farmācija. Farmācija ir cieši saistīta ar farmakoloģiju, kas pēta zāļu un cilvēka organisma mijiedarbību, un toksikoloģiju. Farmācijas ķīmijas pamatā ir organiskā, neorganiskā un analītiskā ķīmija; tā pēta zāļu vielu ķīmisko uzbūvi, stabilitāti, sintēzes un analīzes metodes, ķīmiskās un fizikālās īpašības, ķīmiskās struktūras saikni ar zāļu iedarbību. Daļēji robežojas ar medicīnas ķīmiju. Farmakognozija pēta dabiskas izcelsmes bioloģiski aktīvu vielu avotus (ārstniecības augus, dzīvniekus, sēnes), to drogu un produktu iegūšanu, kvalitātes pārbaudi, bioloģiski aktīvās vielas un to iedarbību. Farmaceitiskā tehnoloģija pēta zāļu formu (tablešu, kapsulu, ziežu un citu) izstrādi, kas ietver palīgvielu, zāļu vielas un ražošanas tehnoloģiju saderību un mijiedarbību. Sociālā farmācija ir zinātnes apakšnozare, kas pēta zāļu lietošanas sociālos aspektus, pacientu līdzestību un uzvedību un aptiekas sniegto pakalpojumu – farmaceitiskās aprūpes – ietekmi uz sabiedrības veselību. Pētot zāļu patēriņu, sociālā farmācija pēta arī zāļu lietošanas blakusparādības, farmācijas tirgus menedžmentu, sociālo taisnīgumu zāļu pieejamībā, farmācijas likumdošanu un farmaceita lomu sabiedrībā. Sociālā farmācija daļēji robežojas ar klīnisko farmāciju; tā ir zinātnes apakšnozare, kas vērsta uz pacientu aprūpi, lai uzlabotu to dzīves kvalitāti un slimību profilaksi, piemērojot individualizētu un dažādu pacientu grupu (bērni, grūtnieces, seniori) vajadzībām atbilstošu zāļu lietošanu. Klīniskā farmācija izmanto uz pierādījumiem balstītu pieeju pacientu aprūpē, regulējot zāļu devu un ievadīšanas veidu, veicinot zāļu darbības efektivitātes palielināšanu un nevēlamu zāļu blakusparādību skaita samazināšanos.