Augstskolas nosaukums kopš tās dibināšanas mainīts divas reizes, atspoguļojot iestādes strukturālās un juridiskā statusa izmaiņas, kā arī piederību noteiktam augstskolu tipam. Augstskolu izveidojot, tā tika nosaukta par Rīgas Medicīnas institūtu (RMI). Ar Latvijas PSR Ministru Padomes 26.04.1990. lēmumu augstskola tika pārdēvēta par Latvijas Medicīnas akadēmiju (Academia Medicinae Latviensis, AML). Ar AML satversmes sapulces lēmumu 05.02.1998. augstskola ieguva pašreizējo nosaukumu – Rīgas Stradiņa universitāte (RSU). Jauno nosaukumus augstskola ieguva par godu Stradiņu dzimtai, kuras pārstāvji ir ķirurgs un onkologs Pauls Stradiņš, fizikālķīmiķis un zinātņu vēsturnieks Jānis Stradiņš, valodniece Maija Sosāre, kardiologs Andrejs Ērglis, gastroenteroloģe Linda Sosāre, fiziķis Pauls Stradiņš, sirds ķirurgs Pēteris Stradiņš.

Padomju okupācijas periodā augstskolas mērķus un uzdevumus noteica tās statūti. RMI galvenais uzdevums bija augsti kvalificētu speciālistu sagatavošana veselības aizsardzības nozarē. Pēc neatkarības atjaunošanas augstskolas darbības mērķi un uzdevumi tika definēti Latvijas Republikas (LR) Augstākās Padomes 23.02.1993. apstiprinātajā Latvijas Medicīnas akadēmijas satversmē. AML pamatuzdevums bija augstākās medicīniskās un farmaceitiskās izglītības realizēšana, profesionālu un izglītotu veselības aprūpes speciālistu un zinātnisko pedagoģisko kadru sagatavošana atbilstoši Latvijas veselības aprūpes vajadzībām. Augstskolu pārveidojot par RSU, tās uzdevumi tika definētā RSU jaunajā satversmē, kura stājās spēkā pēc apstiprināšanas Saeimā 22.06.2002. RSU galvenie mērķi ir plašas akadēmiskās un profesionālās izglītības un pētniecības sniegšana un realizēšana medicīnā, veselības un sociālajā aprūpē, pedagoģijā, sociālajās zinātnēs un dabaszinātnēs. Līdzās pamatmērķim RSU izvirzījusi ilgtermiņa stratēģisko mērķi – kļūt par Eiropā un pasaulē atpazīstamu pētniecības universitāti un globālu intelektuālās darbības centru. Savukārt RSU izvirzītie prioritārie ilgtspējīgas attīstības mērķi atspoguļo Apvienoto Nāciju Organizācijas (United Nations) noteiktos ilgtspējīgas attīstības mērķus rīcības plāna “Mūsu pasaules pārveidošana: ilgtspējīgas attīstības programma 2030. gadam” ietvaros.

1940.–1941. gadā, pēc padomju okupācijas un aneksijas, Latvijas Padomju Sociālistiskajā Republikā (LPSR) tika sākta izglītības sistēmas centralizācija un unificēšana un augstskolu pārveidošana pēc vienota Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) augstskolu modeļa. Šajā laikā tika apspriestas idejas par patstāvīgas medicīnas augstskolas izveidi pēc padomju medicīnas institūtu parauga, atdalot Medicīnas fakultāti no Latvijas Valsts universitātes (LVU). Darbu sākšanu pie jaunas augstskolas izveides pārtrauca nacistiskās Vācijas okupācija 07.1941., bet pēc padomju otrreizējās okupācijas augstskolas organizēšanu aizkavēja nepieciešamība vispār atjaunot augstāko medicīnisko izglītību, jo bēgļu gaitās bija devušies vairākums ārstu un universitātes mācībspēku. Profesora Paula Stradiņa vadībā 10.1944. tika sākta LVU Medicīnas fakultātes atjaunošana, tomēr 10.06.1950. PSRS Ministru padome izdeva rīkojumu par jaunas augstākās izglītības iestādes – RMI – organizēšanu uz LVU Medicīnas fakultātes bāzes. Rīkojums tika apstiprināts ar 05.07.1950. Latvijas PSR Ministru padomes lēmumu.

Mācības RMI tika sāktas 01.09.1950. Institūts tika izvietots Padomju bulvārī 12 (mūsdienās Zigfrīda Annas Meierovica bulvāris), Kronvalda bulvārī 9, Stabu ielā 9 un Veidenbauma ielā 5 (mūsdienās Baznīcas iela). 1963. gadā LPSR Veselības aizsardzības ministrija apstiprināja RMI kapitālās celtniecības plānu, 1987. gadā pabeidzot Dzirciema ielā izbūvējot jaunu ēku kompleksu, kur pakāpeniski tika izvietotas mācību auditorijas, laboratorijas un administrācijas telpas.

RMI kā patstāvīgas augstskolas izveide sekmēja ārstu sagatavošanas strauju pieaugumu.

26.04.1990. RMI tika pārdēvēts par Latvijas Medicīnas akadēmiju. Augstskolas pārveidi un pārdēvēšanu par akadēmiju noteica vairāki faktori – izglītības sistēmas reorganizācija, pārmaiņas speciālistu sagatavošanā, kā arī vēsturiskā izpratne par institūtu ne tik daudz kā izglītības iestādi, bet zinātniskās pētniecības institūciju. Vienlaicīgi tika aktualizētas diskusijas par AML pievienošanu Latvijas Universitātei (LU), atjaunojot vēsturisko Medicīnas fakultātes piederību universitātei.

05.02.1998. AML satversmes sapulce pieņēma lēmumu akadēmiju pārveidot par RSU. Universitātes izveidi konceptuāli noteica vairāki faktori – medicīna tradicionāli piederīga universitātes tipa izglītībai, bet akadēmijas nosaukuma lietošana radīja pārpratumus starptautiskajā vidē; universitātes statuss ļauj plašāk attīstīt medicīnas izglītību un pilnveidot mācību programmas, sasaistot tās ar zinātnisko darbību un sadarbību ar ārstniecības iestādēm studentu klīniskās apmācības ziņā; universitāte statuss ļauj paplašināt studiju piedāvājumu ar sociālajām zinātnēm, izmantojot medicīnas studiju organizācijā uzkrāto pieredzi, kā arī ietvert zināšanas par veselības aprūpes sistēmu un sabiedrības veselības konceptiem kopumā. Šajā laikā joprojām turpinājās diskusijas par iespējamu AML/RSU pievienošanu LU Medicīnas fakultātei, kas tika atjaunota ar LU Senāta 27.12.1997. lēmumu un atklāta 04.09.1998. LR Ministru kabinets 1999. gadā izdeva rīkojumu par LU un AML reorganizāciju, kas paredzēja akadēmijas pievienošanu LU. 21.06.2002. tika izsludināts likums par RSU satversmes apstiprināšanu, tā pārtraucot sarunas par RSU pievienošanu LU.

Ar mērķi novērtēt RSU sasniegumus atbilstoši starptautiski noteiktiem kritērijiem, salīdzināt to ar citām augstākās izglītības iestādēm Latvijā, augstskola piedalās vairākos starptautiska un nacionāla līmeņa reitingos un salīdzināšanas sistēmās. Vienas no pasaules ietekmīgākajām reitingu aģentūrām – “Times Higher Education” (THE) – veidotajā pasaules universitāšu reitingā “THE World University Rankings 2022” RSU ierindota 501.–600. vietā, ieņemot visaugstāko vietu starp Latvijas augstskolām (visaugstāk novērtēta zinātnisko publikāciju citējamība un starptautiskā perspektīva). Izvērtējot augstskolu darbības efektivitāti, sociālo un ekonomisko ietekmi uz sabiedrību un panākumus Apvienoto Nāciju Organizācijas ilgtspējīgas attīstības mērķu sasniegšanā, starptautiskajā augstskolu ietekmes reitingā “THE Impact Rankings 2021” RSU ierindota 301.–400. vietā, visaugstāk novērtējot sniegumu ilgtspējīgas attīstības mērķa – Laba veselība un labklājība – īstenošanā. Izvērtējot augstskolu akadēmisko reputāciju, darba devēju novērtējumu, studentu un docētāju attiecības, citējamību, ārvalstu docētāju un studentu īpatsvaru, prestižajā starptautiskajā reitingā “QS World University Rankings 2022” RSU iekļuvusi 801.–1000. vietā, kas ir otrais augstākais novērtējums starp Latvijas augstskolām (Rīgas Tehniskā universitāte ieņem 751.–800. vietu). Eiropas un Centrālāzijas reģionālo augstskolu reitingā “QS Emerging Europe and Central Asia (ECCA) 2022” starp 450 augstskolām RSU ieņem 119. vietu. Universitāte starptautiski novērtēta arī dažādu zinātņu jomā. Klīnisko un veselības zinātņu studiju starptautiskajā reitingā “THE Clinical and Health Subject Ranking 2022” RSU ieguvusi 401.–500. vietu. Starptautiskajā reitingā “QS World University rankings by Subject 2022”, izvērtējot pasaules labākās universitātes medicīnas jomā, RSU ieņem 501.–550. vietu.

RSU ir valsts dibināta autonoma augstākā izglītības un zinātnes institūcija ar pašpārvaldes tiesībām un ir atvasināta publiska persona, ko garantē Latvijas Augstskolu likums. Atvasinātās publiskās personas statuss ļauj augstskolai pašai izvēlēties savu stratēģiju, prioritātes un noteikt budžeta sadalījumu. RSU darbību regulē tādi normatīvie akti kā Augstskolu likums, Izglītības likums, Zinātniskās darbības likums, kā arī Boloņas procesa konceptuālās nostādnes.

Augstskola jau kopš tās izveides tikusi cieši integrēta veselības aprūpes sistēmā, tādējādi atradusies veselības nozares nozīmīgāko pārvaldes iestāžu pakļautībā. Padomju okupācijas periodā RMI bija pakļauts LPSR Veselības aizsardzības ministrijai. Pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas augstskola atradās Labklājības ministrijas (izveidota 1991. gadā, apvienojot Veselības aizsardzības un Sociālās nodrošināšanas ministriju) pārraudzībā. Kopš 2003. gada RSU atrodas LR Veselības ministrijas (izveidota 01.02.2003.) padotībā.

RMI struktūra tika organizēta uz Latvijas Valsts universitātes Medicīnas fakultātes bāzes, izveidojot trīs patstāvīgas fakultātes – Ārstniecības, Stomatoloģijas un Farmācijas. Padomju okupācijas periodā augstskolas fakultāšu skaits būtiski nemainījās. 1954. gadā tika atvērta Pediatrijas fakultāte. Ar mērķi paaugstināt ārstu kvalifikāciju 1962. gadā tika noorganizēta Ārstu specializācijas un kvalifikācijas celšanas fakultāte. Augstskolai attīstoties, pieaugot studentu skaitam, mainoties izglītības un veselības nozares prioritātēm un mācību plāniem, nozīmīgākās pārmaiņas augstskolas struktūrā atspoguļoja katedru skaita palielināšana, reorganizēšana vai likvidēšana, piemēram, 01.09.1973. tika izveidota Bērnu ķirurģijas katedra, 01.07.1974. – Onkoloģijas katedra, 01.02.1974. – Anestezioloģijas katedra, 02.09.1978. – Neiroloģija katedra.

Pēc 1990. gada norisinājās aktīva augstākās medicīniskās izglītības un mācību sistēmas pārkārtošana atbilstoši neatkarību atguvušās un demokrātiskās Latvijas augstākās izglītības principiem un jaunajam augstskolas statusam (akadēmija), kā arī modernizēšana atbilstoši Rietumeiropas veselības aprūpes sistēmas standartiem. 1991. gadā tika sākta arī vidējā medicīniskā personāla profesionālās izglītības sistēmas pārveide. Lai nodrošinātu augstāko medicīnas izglītību māsām, 1990. gadā AML tika izveidota Medicīnas māsu nodaļa, kas 1993. gadā pārveidota par Māszinību fakultāti. Kā patstāvīga AML struktūrvienība 1994. gadā izveidota Rehabilitācijas fakultāte un Medicīnas fakultāte (apvienojot Ārstniecības fakultāti ar Pediatrijas fakultāti), 1997. gadā – Sabiedrības veselības fakultāte. Pakāpeniski 1990. gada piesaistot ārvalstu studentus, 1993./1994. gadā tika izveidota Ārzemju studentu nodaļa.

AML pārveidojot par universitātes tipa augstākās izglītības iestādi, augstskolas studiju un pētniecības profils tika būtiski paplašināts (sociālās zinātnes, politoloģija, jurisprudence). 10.03.1998. dibināta Sociālo zinātņu fakultāte (09.09.1999. reorganizēta par Eiropas integrācijas institūtu, bet 2002. gadā ‒ par Eiropas studiju fakultāti), 2007. gadā izveidota Komunikācijas fakultāte, bet 2009. gadā – Juridiskā fakultāte.

2022. gadā RSU ir deviņas fakultātes – Eiropas studiju, Farmācijas, Juridiskā, Komunikācijas, Medicīnas, Rehabilitācijas, Sabiedrības veselības un sociālās labklājības, Zobārstniecības un Rezidentūras studiju fakultāte.

Studijas veselības aprūpē tiek piedāvātas arī RSU Sarkanā Krusta medicīnas koledžā un RSU Liepājas filiālē (izveidota 01.09.2010., pievienojot universitātei Liepājas Medicīnas koledžu), kas ir vienīgā augstākās izglītības iestāde Kurzemes reģionā, kura sniedz iespēju iegūt profesionālo augstāko izglītību medicīnā.

Zinātniskās darbības īstenošanai pie RSU darbojas arī zinātniskie institūti un zinātniskās laboratorijas, īstenojot pētniecību medicīnas (vispārējā medicīna, zobārstniecība, farmācija), sabiedrības un vides veselības (slimību profilakse un veselības veicināšana, veselības sistēmas, vides veselība un arodveselība) un sociālo zinātņu nozarēs (starptautiskās attiecības un politika, starptautiskā uzņēmējdarbība un ekonomiskā attīstība, starptautiskā un nacionālā tiesiskā sistēma un tiesību akti, stratēģiskā komunikācija un sociālā antropoloģija). RSU darbojas četras laboratorijas – Molekulārās ģenētikas zinātniskā laboratorija, Traumatoloģijas un ortopēdijas starpkatedru laboratorija, Bioinformātikas laboratorija, Gatavo zāļu formu laboratorija. RSU darbojas arī seši institūti – Anatomijas un antropoloģijas, Mikrobioloģijas un virusoloģijas, Darba drošības un vides veselības, Onkoloģijas, Sabiedrības veselības un Medicīnas vēstures institūts, kas ir vienīgais specializētais medicīnas vēstures izpētei un apmācībai veltītais institūts Baltijas valstīs. RSU pamatdarbības nodrošināšanai izveidoti trīs centri – Pedagoģiskās izaugsmes centrs, Medicīnas izglītības tehnoloģiju centrs, Militārās medicīnas pētījumu un studiju centrs.

Ar mērķi dokumentēt un saglabāt RSU kultūrvēsturisko mantojumu 04.09.2001. pie augstskolas dibināts RSU Vēstures muzejs. 06.2021. tika atklāts arī RSU Anatomijas muzejs, kas izveidots 2017. gadā, RSU pievienojot Paula Stradiņa Medicīnas vēstures muzeja filiāli “Jēkaba Prīmaņa Anatomijas muzejs”.

1950. gadā mācības RMI sāka 1125 studenti, no tiem 925 turpināja LVU Medicīnas fakultātē sāktās studijas.

Pēc neatkarības atjaunošanas studentu skaits AML sākotnēji samazinājās, ko varēja saistīt gan ar augstskolas reorganizācijas procesu, gan pāreju tikai uz latviešu valodu kā mācību valodu. 1990./1991. gadā AML mācījās 2530 studenti. Sākot ar 1990. gadu, AML bija vērojams pakāpenisks un stabils studentu skaita pieaugums. 1995./1996. gadā AML mācījās 2188 studenti, 2000./2001. gadā – 2268 studenti. 

2021./2022. gadā kopējais studentu skaits RSU bija 9160. Studentu skaita ziņā RSU ir trešā lielākā augstskola Latvijā. RSU ilgtermiņa attīstības ietvaros īpaša uzmanība pievērsta ārvalstu studentu piesaistei, nodrošinot papildu finansējumu studiju programmu kvalitātes un infrastruktūras uzlabošanai, kā arī veicinot augstskolas internacionalizāciju un reputācijas paaugstināšanu. Ārvalstu studentu piesaiste kā RSU augstākās izglītības pakalpojumu eksports sniedz arī būtiski pienesumu Latvijas ekonomikai. Ārvalstu studentu piesaistē RSU ir līdere starp Latvijas augstskolām. Pirmie 22 ārvalstu studenti RSU tikai uzņemti 1990. gadā, un to skaits ir pakāpeniski audzis. 2015./2016. gadā RSU studēja 1557 ārvalstu studenti, bet 2021./2022. gadā jau 2338 studenti.

RSU vadījuši seši rektori (līdz 1961. gadam tiek lietots amata nosaukums – direktors): Ernests Burtnieks (1950–1958), Vasilijs Kalbergs (1958–1963), Vladislavs Korzāns (1963–1992), Jānis Vētra (1992–2007), Jānis Gardovskis (2008–2017). Kopš 2017. gada RSU rektors ir Aigars Pētersons.

RSU mērķtiecīgi īsteno mūsdienīgus un starptautiski atzītus pētījumus dažādos zinātņu virzienos. Medicīnas, farmācijas, stomatoloģijas un rehabilitācijas jomā RSU ir nozīmīgākā akadēmiski pētnieciskā institūcija Latvijā, ko apliecina atzinības Latvijas Zinātņu akadēmijas ikgadējā konkursā “Latvijas zinātnes sasniegumi” (2019. gadā – RSU pētniekiem par inovatīvu kaulu aizvietošanas materiālu izpēti un ieviešanu mutes, sejas un žokļu ķirurģijā) un Latvijas veselības nozares nozīmīgākais pasākums “Gada balva medicīnā” (2021. gadā to saņēma onkologs un krūts ķirurgs Arvīds Irmejs par pētījumiem krūts vēža attīstībā). RSU Darba drošības un vides veselības institūta vadībā īstenoti pētījumi par Čornobiļas atomelektrostacijas avārijas rezultātā radiācijas ietekmei pakļauto personu veselības stāvokli. Drošības un aizsardzības industrijā starptautiskus projektus koordinē 2017. gadā izveidotais RSU Militārās medicīnas pētījumu un studiju centrs. Centra vadošais pētnieks Māris Taube par projektu “Pašnāvības militārajā vidē” saņēma Ziemeļatlantijas līguma organizācijas (North Atlantic Treaty Organization) Zinātnes un tehnoloģiju organizācijas Zinātnisko sasniegumu balvu. Latvijas vēsturē paliekošu vietu ieņem kardioķirurgs Romāns Lācis, kas 2002. gadā veica pirmo sirds pārstādīšanu Latvijā, kā arī ķirurgi Jānis Vilmanis un Jānis Gardovskis, kuri 2018. gadā veica Latvijā pirmo aknu pārstādīšanu. 2020.–2022. gadā RSU pētnieki aktīvi iesaistījās Covid-19 pandēmijas ierobežošanā. Zinātnisko ekspertīzi nodrošināja Ludmila Vīksna, Juta Kroiča, Girts Briģis.