RMI struktūra tika organizēta uz Latvijas Valsts universitātes Medicīnas fakultātes bāzes, izveidojot trīs patstāvīgas fakultātes – Ārstniecības, Stomatoloģijas un Farmācijas. Padomju okupācijas periodā augstskolas fakultāšu skaits būtiski nemainījās. 1954. gadā tika atvērta Pediatrijas fakultāte. Ar mērķi paaugstināt ārstu kvalifikāciju 1962. gadā tika noorganizēta Ārstu specializācijas un kvalifikācijas celšanas fakultāte. Augstskolai attīstoties, pieaugot studentu skaitam, mainoties izglītības un veselības nozares prioritātēm un mācību plāniem, nozīmīgākās pārmaiņas augstskolas struktūrā atspoguļoja katedru skaita palielināšana, reorganizēšana vai likvidēšana, piemēram, 01.09.1973. tika izveidota Bērnu ķirurģijas katedra, 01.07.1974. – Onkoloģijas katedra, 01.02.1974. – Anestezioloģijas katedra, 02.09.1978. – Neiroloģija katedra.
Pēc 1990. gada norisinājās aktīva augstākās medicīniskās izglītības un mācību sistēmas pārkārtošana atbilstoši neatkarību atguvušās un demokrātiskās Latvijas augstākās izglītības principiem un jaunajam augstskolas statusam (akadēmija), kā arī modernizēšana atbilstoši Rietumeiropas veselības aprūpes sistēmas standartiem. 1991. gadā tika sākta arī vidējā medicīniskā personāla profesionālās izglītības sistēmas pārveide. Lai nodrošinātu augstāko medicīnas izglītību māsām, 1990. gadā AML tika izveidota Medicīnas māsu nodaļa, kas 1993. gadā pārveidota par Māszinību fakultāti. Kā patstāvīga AML struktūrvienība 1994. gadā izveidota Rehabilitācijas fakultāte un Medicīnas fakultāte (apvienojot Ārstniecības fakultāti ar Pediatrijas fakultāti), 1997. gadā – Sabiedrības veselības fakultāte. Pakāpeniski 1990. gada piesaistot ārvalstu studentus, 1993./1994. gadā tika izveidota Ārzemju studentu nodaļa.
AML pārveidojot par universitātes tipa augstākās izglītības iestādi, augstskolas studiju un pētniecības profils tika būtiski paplašināts (sociālās zinātnes, politoloģija, jurisprudence). 10.03.1998. dibināta Sociālo zinātņu fakultāte (09.09.1999. reorganizēta par Eiropas integrācijas institūtu, bet 2002. gadā ‒ par Eiropas studiju fakultāti), 2007. gadā izveidota Komunikācijas fakultāte, bet 2009. gadā – Juridiskā fakultāte.
2022. gadā RSU ir deviņas fakultātes – Eiropas studiju, Farmācijas, Juridiskā, Komunikācijas, Medicīnas, Rehabilitācijas, Sabiedrības veselības un sociālās labklājības, Zobārstniecības un Rezidentūras studiju fakultāte.
Studijas veselības aprūpē tiek piedāvātas arī RSU Sarkanā Krusta medicīnas koledžā un RSU Liepājas filiālē (izveidota 01.09.2010., pievienojot universitātei Liepājas Medicīnas koledžu), kas ir vienīgā augstākās izglītības iestāde Kurzemes reģionā, kura sniedz iespēju iegūt profesionālo augstāko izglītību medicīnā.
Zinātniskās darbības īstenošanai pie RSU darbojas arī zinātniskie institūti un zinātniskās laboratorijas, īstenojot pētniecību medicīnas (vispārējā medicīna, zobārstniecība, farmācija), sabiedrības un vides veselības (slimību profilakse un veselības veicināšana, veselības sistēmas, vides veselība un arodveselība) un sociālo zinātņu nozarēs (starptautiskās attiecības un politika, starptautiskā uzņēmējdarbība un ekonomiskā attīstība, starptautiskā un nacionālā tiesiskā sistēma un tiesību akti, stratēģiskā komunikācija un sociālā antropoloģija). RSU darbojas četras laboratorijas – Molekulārās ģenētikas zinātniskā laboratorija, Traumatoloģijas un ortopēdijas starpkatedru laboratorija, Bioinformātikas laboratorija, Gatavo zāļu formu laboratorija. RSU darbojas arī seši institūti – Anatomijas un antropoloģijas, Mikrobioloģijas un virusoloģijas, Darba drošības un vides veselības, Onkoloģijas, Sabiedrības veselības un Medicīnas vēstures institūts, kas ir vienīgais specializētais medicīnas vēstures izpētei un apmācībai veltītais institūts Baltijas valstīs. RSU pamatdarbības nodrošināšanai izveidoti trīs centri – Pedagoģiskās izaugsmes centrs, Medicīnas izglītības tehnoloģiju centrs, Militārās medicīnas pētījumu un studiju centrs.

Paula Stradiņa Klīniskās universitātes slimnīca, Onkoloģijas institūts. 25.02.2020.
Fotogrāfe Oksana Džadana. Avots: Rīgas Stradiņa universitāte.
Ar mērķi dokumentēt un saglabāt RSU kultūrvēsturisko mantojumu 04.09.2001. pie augstskolas dibināts RSU Vēstures muzejs. 06.2021. tika atklāts arī RSU Anatomijas muzejs, kas izveidots 2017. gadā, RSU pievienojot Paula Stradiņa Medicīnas vēstures muzeja filiāli “Jēkaba Prīmaņa Anatomijas muzejs”.