Pamatnoteikumi Karogfutbolam nav vienotu noteikumu. Noteikumi tiek pielāgoti atbilstoši spēlētāju fiziskajai sagatavotībai un spēles prasmju līmenim.
Par pamatu karogfutbola spēles noteikumiem ņemti amerikāņu futbola noteikumi, kas vēlāk modificēti. Galvenā atšķirība starp amerikāņu futbola un karogfutbola noteikumiem ‒ karogfutbolā tvērieni (spēlētāju grūšana, gāšana, bloķēšana u. tml.) ir aizliegti. Tie tiek aizstāti ar speciālai spēlētāja jostai piesprausto karodziņu noraušanu. Spēlētājam pirms nākamās izspēles ir jāpiestiprina karodziņš atpakaļ tam paredzētajā vietā.
Spēlei izmantotās jostas, kā arī karodziņu stiprināšanas sistēmas var būt dažādas. Arī karodziņu skaits pie jostas var atšķirties. Parasti tās ir sintētiska materiāla jostas ar plastmasas sprādzi, kurai ar līpošo aizdari vai plastmasas slēdzi ir piestiprināti divi vai trīs karodziņi – garas vienkrāsainas lentes. Lenšu krāsas laukumā esošajām komandām ir atšķirīgas, kontrastējošas.
Karogfutbolā netiek izmantoti amerikāņu futbolam raksturīgie vārti, t. i., sitienu pa tiem nav. Tiešo brīvsitienu vietā ir spērieni prom no savas laukuma puses, bet papildpunktu sitienu vietā notiek izspēles no trīs vai desmit jardu atzīmes (attiecīgi gūstot vienu vai divus punktus).
Pārējie noteikumi tiek pielāgoti. Laukuma izmēri, spēlētāju skaits, kā arī to sastāvs tiek noteikts atbilstoši iespējām. Minimālais ieteicamais spēlētāju skaits ir četri, maksimālais – 11. Starptautiskās Amerikāņu futbola federācijas (International american football federation, IFAF) Pasaules čempionātā komandas laukumā dodas piecu spēlētāju sastāvā. Lai arī oficiālajās spēlēs komandas veido tikai viena dzimuma pārstāvji, t. i., vīrieši spēlē pret vīriešiem un sievietes – pret sievietēm, neoficiālajās spēlēs vai zemāka ranga spēlēs ir pieļaujamas arī jauktās komandas.
Laukuma izmēri var mainīties atkarībā no spēlē iesaistīto spēlētāju skaita, un spēli var aizvadīt gan uz pilna izmēra laukuma, gan arī uz mazāka, līdz pat trešdaļai no oficiālajiem laukuma izmēriem (aptuveni 100x50 m).
Spēle notiek divus puslaikus, katrs no tiem ir 20 minūtes ilgs.
Var mainīties arī noteikumi, kas skar pašas izspēles. Piemēram, vai tiek spēlēta kontakta vai bezkontakta spēles versija. Ja kontakts ir atļauts, tad uzbrukuma līnijas spēlētājiem ļauj bloķēt aizsargus. Šādu spēles versiju var spēlēt tikai tad, kad ir pietiekams skaits spēlētāju.
Noteikumu izmaiņas var skart to, vai uzbrukuma līnijā esošajiem spēlētājiem drīkst piespēlēt bumbu vai nē; vai saspēles vadītājs drīkst pats skriet ar bumbu, vai viņam tā obligāti ir jāpiespēlē; cik ilgā laikā viņam jāizdara piespēle un tamlīdzīgi.
Gadījumos, ja spēles notiek oficiālos turnīros, noteikumi, kas jāievēro, ir pieejami visiem dalībniekiem laicīgi, bet, ja spēle notiek zemākos līmeņos, par tiem vienojas pirms spēles.
Punktu uzskaites sistēma karogfutbolā ir līdzīga amerikāņu futbolā. Par bumbas nogādāšanu ieskaites zonā tiek piešķirti seši punkti, papildpunktus var nopelnīt par rezultatīvām izspēlēm, kas atkarībā no izspēles līnijas attāluma no ieskaites zonas līnijas var dot vienu vai divus punktus. Par ar bumbu esoša pretinieku spēlētāja nogāšanu viņa komandas ieskaites zonā, tāpat kā amerikāņu futbolā, piešķir divus punktus.