Iznīcinātāju bataljonu dibināšanas sākotnējais mērķis bija stiprināt objektu aizsardzību Sarkanās armijas aizmugurē no nacistiskās Vācijas diversantu un izlūku grupu darbības, tādējādi tie darbojās kā militārs palīgspēks vienkāršu uzdevumu izpildei, lai atslogotu citus spēkus darbībai frontē. Iznīcinātāju bataljoni tika izveidoti tikai PSRS rietumu apgabalos, kur tie apsargāja svarīgākās iestādes, militāros un tautsaimniecības objektus, cīnījās pret diversantu grupām, kā arī piedalījās aizsardzības kaujās pret Vācijas bruņotajiem spēkiem.
PSRS–Vācijas karadarbības noslēguma posmā iznīcinātāju bataljonu pastāvēšanas un veidošanas nepieciešamību un nozīmi noteica atšķirīgie iekšpolitiskie apstākļi PSRS okupētajās teritorijās. Tajās atradās ļoti liels PSRS nelabvēlīgu iedzīvotāju skaits, no kuriem veidojās spēcīga nacionālā bruņotās pretošanās kustība. Tāpat nelegālā statusā bija personas, kas dezertēja vai izvairījās no iesaukšanas Sarkanajā armijā, un citi nelegālisti, kuru meklēšana ietilpa iznīcinātāju bataljonu darbības uzdevumos. Iznīcinātāju bataljoni bija nozīmīgs palīgspēks cīņā ar nacionālās bruņotās pretošanās kustību, jo tajos iesaistītie vietējie iedzīvotāji bija informācijas avots par vietējiem apstākļiem, kuros NKVD iekšlietu karaspēka vienības orientējās vāji, un šis kļuva par nozīmīgāko iznīcinātāju bataljonu uzdevumu turpmāko gadu laikā. Gan nacionālo partizānu darbības, gan ievērojami pieaugušā noziedzības līmeņa dēļ iznīcinātāju bataljonu atbildībā saglabājās arī valsts, sabiedrisko un saimniecisko organizāciju un objektu apsardzība.
Iznīcinātāju bataljonu kaujinieki tika iesaistīti arī PSRS organizētajās deportācijās okupētajās teritorijās. 25.03.1949. deportācijā Baltijas valstīs tika iesaistīti vismaz 18 387 jeb 24,13 % iznīcinātāju bataljonu spēku Baltijas valstīs. Iznīcinātāju bataljonu kaujinieki tika iekļauti operatīvo grupu sastāvā, kas pārvietoja deportējamos iedzīvotājus no viņu dzīvesvietām uz pārsūtīšanas stacijām. Nav zināms, cik daudz iznīcinātāju bija iesaistīti deportācijas nodrošināšanā Latvijā, taču tiek lēsts, ka viņu skaits varētu būt bijis ap 9800.