Paralēli LPSR VDK Latvijas teritorijā darbojās arī PSRS VDK tieši pakļautas struktūras – Robežapsardzības karaspēka un PSRS Bruņoto spēku sevišķās daļas, kuras vervēja savu aģentūru. Iespējams, ka šo daļu aģentūras kopskaits ievērojami pārsniedza LPSR VDK aģentūras lielumu.

PSRS Valsts drošības komitejas robežapsardzības karaspēka Baltijas robežapgabala robežsargi pie Jāņa Fabriciusa pieminekļa Ventspilī Lielās Oktobra sociālistiskās revolūcijas un padomju valsts pastāvēšanas 50 gadadienai veltītā mītiņā. Ventspils, 09.1967.
Fotogrāfs Juris Poišs. Avots: Latvijas Nacionālā arhīva Latvijas Valsts kinofotofonodokumentu arhīvs.
Galvenajos darbības virzienos VDK aktīvi sadarbojās ar organizācijām, kas bija izveidotas, lai sabiedriskas institūcijas aizsegā īstenotu PSRS politikas un VDK mērķus (1964. gadā izveidotā Latvijas Komiteja sakariem ar tautiešiem ārzemēs), vai arī to darbības sfēra bija saistīta ar VDK uzraudzības mērķa grupām, piemēram, “Intūrists”, Reliģijas lietu pilnvarotā aparāts, ārējo sakaru daļas. Uz šīm iestādēm deleģēja VDK aktīvās rezerves vai arī atvaļinātus virsniekus, kas pildīja iestāžu priekšnieku vai viņu vietnieku amatus, neatklājot savu patieso identitāti.
Lielākajās iestādēs, uzņēmumos, augstākajās mācību iestādēs VDK pārraudzībā pastāvēja t. s. 1. daļas, kas nodarbojās ar slepenības režīma nodrošināšanu. To personāls ne vienmēr bija komitejas štata darbinieki, nereti tie bija pensionējušies VDK vai Iekšlietu ministrijas (IeM) virsnieki, kas tika noformēti kā VDK ārštata operatīvie darbinieki. Šādi ārštata darbinieki bieži vien darbojās arī uzņēmumu un iestāžu kadru daļās.
Iekšlietu un drošības institūciju attiecības bija komplicētas, pastāvēja konkurence un savstarpēja neuzticēšanās. Milicijas uzdevums bija sadarboties ar VDK represīvo akciju veikšanā. Taču VDK slepeni uzraudzīja miliciju, vervējot tajā savus aģentus, kas liecināja par neuzticēšanos milicijai kā potenciāli vairāk pakļautai korupcijai. Iekšlietu iestādes pastāvīgi “nostiprināja” ar vadošajiem kadriem, kas nāca no čekas (tādi bija gandrīz visi LPSR iekšlietu tautas komisāri/ministri 1945.–1990. gadā).
Atsevišķas funkcijas LPSR VDK veica sadarbībā ar saimnieciskām organizācijām. Piemēram, ārzemju radiostaciju slāpēšanu tehniski veica PSRS Sakaru ministrijai pakļautās institūcijas, bet VDK uzdevums bija noskaidrot, kurās vietās slāpēšana nav efektīva, kontrolēt radioamatierus un iestāžu radiomezglus, identificēt personas, kas regulāri klausās ārzemju radiopārraides.
VDK izmeklēšanas daļas darbību pārraudzīja LPSR Prokuratūra.

"Stūra mājas" ieslodzījuma telpas. Rīga, 2014. gads.
Fotogrāfs Kaspars Krafts. Avots: F/64 Photo Agency.