10.04.1954. Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) VDK tika izveidota kā koprepublikāniska valsts pārvaldes institūcija. LPSR VDK faktiski bija PSRS VDK filiāle, kuras izdotās instrukcijas un pavēles noteica darba virzienus, štata darbinieku pieņemšanu un atlaišanu. LPSR VDK darbību uzraudzīja PSRS Valsts drošības komitejas (PSRS VDK) Inspektoru pārvaldes 2. daļa, kā arī republikas komitejas priekšsēdētāja pirmais vietnieks (no 1976. gada).

Padomju Savienības komunistiskās partijas Centrālkomitejas (PSKP CK) politika (komitejas uzdevumu, struktūras, štatu noteikšana, vadošo kadru iecelšanas kontrole) tika īstenota caur PSRS VDK. LPSR VDK pienākums bija sistemātiski atskaitīties LKP CK, vissvarīgākajos aģentūras, operatīvajos un izmeklēšanas jautājumos konsultēties ar CK, apgādāt to ar informatīviem un analītiskiem materiāliem. No 1976. gada VDK priekšsēdētājs bija CK biroja locekļa kandidāts. Saikni ar LKP stiprināja arī partijas aparāta darbinieku iepludināšana VDK vadībā.

Latvijas PSR VDK vadīja priekšsēdētājs un tā vietnieki (parasti trīs). Kolektīvas vadības institūcija bija kolēģija, kuru izveidoja 1959. gadā. Tajā ietilpa priekšsēdētājs un viņa vietnieki, svarīgāko daļu vadītāji. Vadības struktūrvienības bija sekretariāts, inspekcija, kadru, finanšu, saimniecības un mobilizācijas daļa. Atsevišķa vienība bija izmeklēšanas izolators (“Stūra mājas” pagrabā).

Komitejas lielākās funkcionālās struktūrvienības bija daļas (skat. tabulu). Lielākās daļas bija sadalītas nodaļās, piemēram, 80. gados 2. daļā bija četras, bet 5. daļā – septiņas nodaļas.

VDK struktūrvienības republikas nozīmes pilsētās no 1967. gada sauca par daļām, bet rajonu centros – par nodaļām.

1955. gadā VDK bija 1315 darbinieki, no tiem 919 operatīvie darbinieki. 50. gadu otrajā pusē un 60. gadu pirmajā pusē notika vairākkārtējas štatu samazināšanas, bet turpmākajos gados darbinieku skaits stabilizējās. 80. gados darbinieku kopskaits bija pāri par 1000 cilvēkiem, no tiem 360–400 bija operatīvie darbinieki. Jau no pirmajiem pēckara gadiem latviešiem neuzticējās un viņi bija mazākumā. Pieejamie dati liecina, ka latviešu īpatsvars nekad nepārsniedza 25 %, izņemot tās struktūrvienības, kurās latviešu valodas zināšanas bija svarīgas – 1., 5., kā arī izmeklēšanas daļā.

VDK štata darbinieki pārsvarā bija militārpersonas, kurām bija piešķirtas attiecīgas virsnieku vai apakšvirsnieku pakāpes. Bez militārpersonām bija arī brīvā līguma darbinieki. Darbinieku atlasē svarīgs kritērijs bija paša un radinieku politiskā uzticamība. Visiem štata darbiniekiem bija jābūt vai nu komjauniešiem vai arī partijas biedriem. No 50. gadu vidus tika pieprasīts, lai visiem darbiniekiem būtu vidējā vai augstākā izglītība.

Bez štata darbiniekiem svarīga loma VDK darbībā bija aģentūras aparātam: aģentiem (slepenie informatori), rezidentiem (aģentu grupas vadītāji), kā arī konspiratīvo dzīvokļu turētājiem. Līdz 1952. gadam, kad sākās aģentūras aparāta reorganizācija, pavisam varēja būt 8 000–12 000 aģentu. 1952. gadā tika uzdots samazināt aģentūru 2–3 reizes, un 1953. gadā bija uzskaitīti 4428 aģenti. 1960. gadā aģentu skaits bija samazināts līdz apmēram 2 000. Turpmākajos gados tas atkal pieauga līdz apmēram 7 500 1986. gadā, bet perestroikas laikā atkal samazinājās līdz 4 300–4 500 aģentiem (08.1991.).

Bez aģentūras bija arī t. s. uzticības personas – cilvēki, kuri brīvprātīgi sadarbojās ar VDK kādu konkrētu operatīvu pasākumu veikšanā. Viņiem nebija iekārtotas uzskaites lietas. Ja sadarbība bija ilgstoša, uzticības personu varēja noformēt kā aģentu. Uzticības personu kategorijā nedrīkstēja ieskaitīt uzņēmumu un iestāžu vadītājus, kuriem tāpat “brīvprātīgi” bija VDK darbiniekam jāsniedz pieprasītā informācija.

Paralēli LPSR VDK Latvijas teritorijā darbojās arī PSRS VDK tieši pakļautas struktūras – Robežapsardzības karaspēka un PSRS Bruņoto spēku sevišķās daļas, kuras vervēja savu aģentūru. Iespējams, ka šo daļu aģentūras kopskaits ievērojami pārsniedza LPSR VDK aģentūras lielumu. 

Galvenajos darbības virzienos VDK aktīvi sadarbojās ar organizācijām, kas bija izveidotas, lai sabiedriskas institūcijas aizsegā īstenotu PSRS politikas un VDK mērķus (1964. gadā izveidotā Latvijas Komiteja sakariem ar tautiešiem ārzemēs), vai arī to darbības sfēra bija saistīta ar VDK uzraudzības mērķa grupām, piemēram, “Intūrists”, Reliģijas lietu pilnvarotā aparāts, ārējo sakaru daļas. Uz šīm iestādēm deleģēja VDK aktīvās rezerves vai arī atvaļinātus virsniekus, kas pildīja iestāžu priekšnieku vai viņu vietnieku amatus, neatklājot savu patieso identitāti.

Lielākajās iestādēs, uzņēmumos, augstākajās mācību iestādēs VDK pārraudzībā pastāvēja t. s. 1. daļas, kas nodarbojās ar slepenības režīma nodrošināšanu. To personāls ne vienmēr bija komitejas štata darbinieki, nereti tie bija pensionējušies VDK vai Iekšlietu ministrijas (IeM) virsnieki, kas tika noformēti kā VDK ārštata operatīvie darbinieki. Šādi ārštata darbinieki bieži vien darbojās arī uzņēmumu un iestāžu kadru daļās.

Iekšlietu un drošības institūciju attiecības bija komplicētas, pastāvēja konkurence un savstarpēja neuzticēšanās. Milicijas uzdevums bija sadarboties ar VDK represīvo akciju veikšanā. Taču VDK slepeni uzraudzīja miliciju, vervējot tajā savus aģentus, kas liecināja par neuzticēšanos milicijai kā potenciāli vairāk pakļautai korupcijai. Iekšlietu iestādes pastāvīgi “nostiprināja” ar vadošajiem kadriem, kas nāca no čekas (tādi bija gandrīz visi LPSR iekšlietu tautas komisāri/ministri 1945.–1990. gadā).

Atsevišķas funkcijas LPSR VDK veica sadarbībā ar saimnieciskām organizācijām. Piemēram, ārzemju radiostaciju slāpēšanu tehniski veica PSRS Sakaru ministrijai pakļautās institūcijas, bet VDK uzdevums bija noskaidrot, kurās vietās slāpēšana nav efektīva, kontrolēt radioamatierus un iestāžu radiomezglus, identificēt personas, kas regulāri klausās ārzemju radiopārraides.

VDK izmeklēšanas daļas darbību pārraudzīja LPSR Prokuratūra.

Uzreiz pēc okupācijas 17.06.1940. Latvijā sāka darboties PSRS Iekšlietu tautas komisariāta (IeTK) operatīvā grupa. Pēc Augusta Kirhenšteina valdības nodibināšanas 21.06.1940. grupa sāka kontrolēt iekšlietu un drošības struktūras, t. sk. Politisko pārvaldi. 08.–09.1940. IeM reorganizēja par IeTK, pārveidojot tā struktūru pēc padomju parauga. Par iekšlietu tautas komisāru kļuva Alfons Noviks, bet par viņa vietnieku un Valsts drošības pārvaldes priekšnieku no Maskavas atsūtītais S. Šustins.

Pārvalde 09.11.1940. ievācās IeM piederošajā namā Rīgā, Brīvības 61 (“Stūra mājā”), kas speciāli tika pārbūvēts tās vajadzībām. Pārvaldi 03.1941. pārveidoja par Valsts drošības tautas komisariātu (VDTK) S. Šustina vadībā.

Viens no galvenajiem VDTK/Valsts drošības ministrijas (VDM) uzdevumiem pēckara gados bija bruņotās pretošanās apspiešana. Tā notika sadarbībā ar Смерш (saīsinājums no Смерть шпионам!, “Nāvi spiegiem!”; “Smerš”) – valsts drošības iestādēm armijā līdz 05.1946., PSRS IeTK karaspēku un LPSR IeTK, kura sastāvā bija izveidota bandītisma apkarošanas nodaļa (Отдел по борьбе с бандитизмом, OBB) un kas pārzināja iznīcinātāju bataljonus (IB). Lai koordinētu partizānu apkarošanu, 03.1945.–04.1946. Latvijā darbojās PSRS IeTK/VDTK pilnvarotais Aleksejs Babkins (Алексей Никитич Бабкин). 1947. gadā VDM pārņēma OBB un IB. Šāds stāvoklis saglabājās līdz 1953. gadam, kad VDM apvienoja ar IeM. Pēc VDK nodibināšanas partizānu apkarošanas struktūras līdz 10.1956. bija tās pakļautībā. Līdz pat 70. gadu sākumam VDK nodarbojās ar bijušo partizānu meklēšanu un represēšanu.

1951.–1953. gadā PSRS notika drošības iestāžu “attīrīšanas” kampaņa, kas atbalsojās arī Latvijā kā atsevišķu darbinieku sodīšana par “sociālistiskās likumības” pārkāpšanu. Amatu 02.1953. zaudēja arī valsts drošības ministrs A. Noviks. 13.04.1953., dublējot Maskavā izdarītās izmaiņas iekšlietu resora vadībā, VDM iekļāva LPSR IeM, taču jau gadu vēlāk 10.04.1954. valsts drošības nozari izdalīja no IeM, izveidojot LPSR VDK.

50. gadu vidū PSRS vadība mainīja represīvo politiku kopumā. Arests un notiesāšana tika pielietota daudz retāk. Pret cilvēkiem, kuru izteikumi un rīcība izraisīja aizdomas, ka viņi ir pretpadomiski noskaņoti, bet vēl nav uzskatāmi par rūdītiem ienaidniekiem, bieži tika pielietota t. s. profilakse – audzinošas pārrunas ar VDK darbiniekiem vai arī ar citām amatpersonām VDK uzdevumā.

Sākoties Mihaila Gorbačova (Михаил Сергеевич Горбачёв) reformām, Latvijas PSR VDK darbības virzieni un metodes nemainījās. Taču 1988.–1989. gadā līdz ar Latvijas Tautas frontes izveidošanos par dominējošo politisko spēku, VDK vairs nespēja apkarot neatkarības kustību. 03.1990. priekšsēdētāju S. Zukuli nomainīja ar E. Johansonu, cerot, ka viņš būs elastīgāks attiecībās ar sabiedrību un jaunajiem politiskajiem spēkiem. Pēc neatkarības deklarācijas pieņemšanas 04.05.1990. VDK manevrēja, vienlaicīgi cenšoties būt lojāla pret priekšniecību Maskavā un uzturot attiecības kā ar neatkarības piekritējiem, tā ar viņu pretiniekiem Latvijā. PSRS VDK vairs neuzticējās savai Latvijas filiālei, un informācijas vākšanā vairāk paļāvās uz savām struktūrām armijā un robežapsardzības karaspēkā. 24.08.1991. Latvijas Republikas Augstākā Padome pieņēma lēmumu “Par PSRS valsts drošības iestāžu darbības izbeigšanu Latvijas Republikā”.