Politiskā, zinātniskā un sabiedriskā darbība padomju okupācijas laikā Pēc 1940. gada 17. jūnijā notikušās Latvijas okupācijas no 21. jūnija līdz 21. jūlijam A. Kirhenšteins bija Ministru prezidents un ārlietu ministra vietas izpildītājs, pēc tam līdz 25. augustam – Valsts prezidents. A. Kirhenšteins esot stāstījis, ka uzaicinājumu kļūt par PSRS marionešu valdības vadītāju esot negaidīti saņēmis 19. jūnijā. Tā kā līdz šim laikam vēsturnieku rīcībā nav dokumentu, kas atspoguļo, kādu motīvu vadīts PSRS emisārs Andrejs Višinskis (Андрей Януарьевич Вышинский) šo amatu piedāvāja tieši viņam, un vai ir bijušas alternatīvas kandidatūras, šā apgalvojuma patiesumu nevar pārbaudīt.
Neatkarīgi no tā, vai A. Kirhenšteina uzaicināšana ministru prezidenta amatā bija iepriekš nolemta vai arī tika improvizēta uz vietas, padomju izlūkdienestiem viņš bija labi zināms un viņa personība bija pietiekami izpētīta. Kopš 1930. gada viņš darbojās 1929. gada dibinātajā Latvijas kultūras tuvināšanās biedrībā ar PSRS tautām. 1934. gadā bija biedrības vadītājs, bet pēc Kārļa Ulmaņa apvērsuma viņu nomainīja, acīmredzot uzskatot par nepietiekami lojālu. Viņš turpināja uzturēt draudzīgas attiecības ar PSRS sūtniecības darbiniekiem un darboties biedrībā. 1939. gadā kā biedrības aktīvists kopā ar rakstnieku Valdi Grēviņu apmeklēja Maskavu, kur iepazinās ar PSRS pirmo lauksaimniecības izstādi, turklāt viņam tika izrādīta daudz lielāka uzmanība nekā ceļabiedram. Pēc atgriešanās A. Kirhenšteins “Jaunākajās Ziņās” publicēja jūsmīgu rakstu sēriju par padomju lauksaimniecību.
No padomju emisāru viedokļa A. Kirhenšteins acīmredzot bija pietiekami atbilstošs, lai pildītu funkciju, kas no viņu viedokļa bija vairāk reprezentatīva un reālos notikumus maskējoša. Viņa uzdevums bija paklausīgi pildīt norādījumus, un viņiem nenācās vilties. A. Kirhenšteins bija samērā labi pazīstams sabiedrībā, turklāt viņam bija demokrāta reputācija, kas palīdzēja uzturēt ilūziju, ka jaunā valdība atjaunos demokrātisku politisko režīmu. Jaunais valdības vadītājs turklāt prata labi ģērbties, bija asprātīgs un reprezentēja racionāli domājoša, praktiskās dzīves problēmas izprotoša profesora tipāžu. Iespaidu bojāja fizisks trūkums – spalgā balss ar metālisku pieskaņu, kas bija jaunībā pārciestās balsenes tuberkulozes sekas.
Ir izteiktas dažādas hipotēzes par motīviem, kas lika A. Kirhenšteinam pieņemt A. Višinska priekšlikumu. Trīs no tām šķiet iespējamākās. Pirmā – politiska pārrēķināšanās vai pat naivitāte, jo viņš, tāpat kā igauņu un lietuviešu kolaboracionisti, acīmredzot bija noticējis padomju pārstāvju apgalvojumiem, ka tiks īstenots t. s. Mongolijas variants, respektīvi, Latvija saglabās iekšēju autonomiju, PSRS kontrolējot tās ārējo un aizsardzības politiku. Turklāt iespējams, ka A. Kirhenšteinu, tāpat kā citus politiķus un sabiedriskos darbiniekus, padomju emisāriem izdevās maldināt ar apgalvojumiem, ka PSRS prasības par valdības maiņu ir vērstas tikai pret K. Ulmaņa režīmu, ka tiks atjaunota demokrātiska Latvijas Republika.
Otrā hipotēze – nepiepildīta godkāre, vēlme ieiet vēsturē un aizvainojums pret K. Ulmaņa valdību par to, ka viņa ieguldījums nav pietiekami novērtēts un zinātniskā darbība netiek pietiekami atbalstīta.
Trešā hipotēze – ir izteiktas aizdomas par to, ka A.Kirhenšteinam ir pastāvējuši jau agrāki sakari ar padomju izlūkdienestu, jo viņa brālis Rūdolfs līdz Lielajam teroram PSRS ieņēma augstu posteni militārās izlūkošanas dienestā. A. Kirhenšteins apgalvoja, ka pēdējo reizi brāli esot saticis 1918. gada februārī Valkā, tomēr var pieļaut, ka viņi ir uzturējuši kontaktus arī vēlāk. Padomju Savienībā dzīvoja četri Augusta brāļi: Arnolds, Ērmanis, Oskars, Rūdolfs. Atšķirībā no Rūdolfa, pārējie brāļi bija tehniski speciālisti – galvenais mehāniķis, rūpnīcas ekonomists, rūpnīcas elektrostacijas priekšnieks. Visi četri brāļi gāja bojā Lielajā terorā – trīs tika nošauti, bet Oskars mira cietumā. Par brāļu likteni Augusts esot uzzinājis tikai 1940. gada augustā. Pat ja A. Kirhenšteina nostājas veidošanā brāļa lomas nebija, pilnīgi iespējams, ka, tāpat kā daļa inteliģences pārstāvju, viņš simpatizēja PSRS, un ģimenes saites to tikai pastiprināja. Katrā ziņā, A. Kirhenšteina darbībai Latvijas kultūras tuvināšanās biedrībā ar PSRS tautām un visai aktīvajai komunikācijai ar padomju diplomātiem un žurnālistiem bija būtiska loma viņa kandidatūras izvēlē.
Pēc aneksijas, kas notika 1940. gada 5. augustā, A. Kirhenšteins tika atalgots ar Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Augstākās padomes (AP) Prezidija priekšsēdētāja posteni (26.08.1940.–10.06.1952.). No 1941. gada līdz 1952. gadam, tāpat kā citi republiku augstāko padomju prezidija priekšsēdētāji, pildīja PSRS AP Prezidija priekšsēdētāja pienākumus. 1941. gadā A. Kirhenšteinu uzņēma Latvijas Komunistiskajā partijā (LKP). Pēc Latvijas atkārtotas padomju okupācijas no 1949. gada līdz 1952. gadam viņš bija LKP Centrālās Komitejas (CK) biroja loceklis. LKP CK loceklis (1949–1963).
Augstie amati deva iespēju piepildīt zinātniskās ambīcijas. 1940. gada septembrī viņš kļuva par Latvijas Valsts Universitātes (LVU) Veterinārmedicīnas fakultātes Higiēnas katedras vadītāju. Novembrī viņu apstiprināja par Eksperimentālās veterinārās medicīnas institūta direktoru, bet institūts nepaspēja izvērst savu darbību. Kara sākums pārtrauca arī iesāktos priekšdarbus PSRS Zinātņu akadēmijas (ZA) Latvijas filiāles un tai piekritīgā Vitamīnu institūta organizēšanai.
Kara laikā A. Kirhenšteins evakuējās uz Maskavu. Tur jūlija sākumā pirmajā lielajā vācu aviācijas uzlidojumā LPSR pārstāvniecībā Čapligina ielā aviācijas bumbas sprādzienā gāja bojā viņa otrā sieva Olga Kirhenšteine-Jansone, bet A. Kirhenšteinu ievainoja. Pēc tam A. Kirhenšteins dzīvoja Kirovā (agrāk Vjatka), Kstiņinā, pēc tam atkal Maskavā.
Līdztekus politiskajām funkcijām A. Kirhenšteins pēckara gados ieņēma virkni akadēmisku amatu. No 1944. gada līdz 1951. gadam viņš vadīja LVU Medicīnas fakultātes (kopš 1950. gada – Rīgas Medicīnas institūta, tagad Rīgas Stradiņa universitāte, RSU) Mikrobioloģijas katedru. 1946. gadā tika nodibināts ZA Mikrobioloģijas institūts, kura direktors A. Kirhenšteins bija līdz 1962. gadam. Serumstaciju iekļāva institūta sastāvā kā tā struktūrvienību. No 1951. gada līdz 1958. gadam viņš bija arī LPSR ZA viceprezidents.
Akadēmiķis Jānis Stradiņš uzskatīja, ka A. Kirhenšteina nopelns ir bijis tas, ka ZA pirmajos pēckara gados “veco” neatkarīgās Latvijas laika zinātnieku vajāšanas nebija pārāk aktīvas. Tomēr no 1949. gada līdz 1950. gadam, kad notika kampaņas pret zinātniekiem, kuriem pārmeta klanīšanos Rietumu zinātnes priekšā un nepietiekamu lojalitāti, arī A. Kirhenšteins vairs nebija neaizskarams. LKP CK ideoloģiskais sekretārs Arvīds Pelše rakstīja, ka Mikrobioloģijas institūtā ar A. Kirhenšteina tiešu atbalstu esot “ieperinājušies buržuāziskie nacionālisti”. Viņam piebalsoja jaunie karjeristi ZA partijas organizācijā, apgalvojot, ka “Mikrobioloģijas institūts ir īsta Ulmaņa ligzda”, bet pats A. Kirhenšteins – “buržuāziskā nacionālisma simbols”.
1952. gadā A. Kirhenšteinu atbrīvoja no AP Prezidija priekšsēdētāja amata, ko var izskaidrot kā ar viņa vecumu, tā arī ar LPSR vadības neapmierinātību ar dažām viņa politiskās uzvedības izpausmēm. Līdz 1962. gadam viņš bija Prezidija loceklis. Vismaz formāli A. Kirhenšteina statuss netika apstrīdēts. Padomju vara ar apbalvojumiem neskopojās. 1945. gadā viņš ieguva Latvijas PSR Nopelniem bagātā zinātnieka goda nosaukumu. 1957. gadā A. Kirhenšteinam piešķīra augstāko civilo apbalvojumu – Sociālistiskā Darba Varoņa nosaukumu. Viņu apbalvoja ar 6 Ļeņina ordeņiem, 3 Darba Sarkanā Karoga ordeņiem un Tēvijas kara I pakāpes ordeni. A. Kirhenšteins saņēma arī vairākus ārzemju ordeņus, t. sk. Francijas Goda leģiona ordeni. 1954. gadā viņš saņēma PSRS ZA N. Gamaleja prēmiju (премия имени Гамалеи).