Rīdzenes izteka, domājams, atradusies tagadējās Krišjāņa Valdemāra ielas apkārtnē. Upes kādreizējo tecējumu var izsekot pēc trīs ielu – Meistaru, Minsterejas un Kalēju – veidotās kontūras Vecrīgas plānā. Ielokā starp Rīdzenes upi un Daugavu viduslaikos izveidojās Rīgas pilsēta, kurai upe devusi tās nosaukumu. 18. gs. laikā upe tika aizbērta.

13. gs. sākumā Livonijas Indriķa hronikā (Heinrici cronicon Lyvoniae, 1225–1227) minēts vietvārds “Rīgas ezers” (latīņu lacus Riga), aprakstot notikumus, kad lībieši bijuši spiesti ierādīt vietu vācu apmetnes celtniecībai. Rīgas upes nosaukums dokumentos pirmo reizi minēts 1297. gadā (latīņu Riga rivus, flumen). Nosaukums rakstītajos avotos sākotnēji parādās kā Righe, Ryge (viduslejasvācu). Vēlākajos gadsimtos sastopami arī tādi upes nosaukuma varianti kā Rissing (latīņu) un Rüssing (vācu), kas atvasināti no latviski lietotās nosaukuma pamazinājuma formas “Rīdziņa”. Pašam vārdam, visticamāk, ir baltiska izcilsme.

Rīdzenes upe bija Daugavas labā krasta kādreizējā pieteka (pēc citas versijas – atteka), kas atradās Piejūras līdzenumā. Ģeoloģiski visa mūsdienu Vecrīga, ieskaitot Vērmaņdārza teritoriju un stacijas apkārtni, vairākus gadu tūkstošus bija zema, applūstoša paliene, kuras reljefs veidojies, atkāpjoties Baltijas ledus ezeram. Lejtecē Rīdzene veidojusi platu izteku, literatūrā tas pazīstams kā Rīdzenes, arī Rīgas ezers. Upes kādreizējo tecējumu var izsekot pēc Kalēju ielas kontūras Vecrīgas plānā.

No ģeoloģiskajiem urbumiem un dažādos laikos veiktas arheoloģiskās izpētes gaitā konstatēts, ka upes krasti bijuši lēzeni, veidojot 55 grādu kritumu uz vidēji 8 metriem (aprēķins balstīts 2020. gada pētījumos Kalēju ielā 64/66, posmā starp 17. gs. beigu un 16. gs. beigu labā krasta koka stiprinājumiem).

Rīdzenes iztekas vieta nav precīzi droši zināma, domājams, tā atradusies tagadējās Krišjāņa Valdemāra ielas apkārtnē. Iespējams, ka vairākos 17.–18. gs. pilsētas plānos šajā rajonā attēlotā Dzirnavupīte (vācu Mühlen Wasser, latīņu Aquaductus Molaris) ir daļa no Rīdzenes upes pirmsākumiem, kaut gan virkne pētnieku uzskata, ka Dzirnavupīte tomēr ir bijusi mākslīgi rakts kanāls.

Viena no lielākajām vēsturiskajos plānos fiksētajām Rīdzenes pietekām ir bijusi Speķupīte, kas atradusies tagadējā Vērmanes dārza rajonā un virs kuras aizbēruma 19. gs. uzcelts Rīgas Latviešu biedrības nams.

Vairākas citas nelielas pietekas redzamas 17. gs. plānos, piemēram, Ūlofa Hansona Erenhufvuda (Olof Hansson Örnehufvud) 1634. gadā tapušajā Rīgas nocietinājumu plānā, kur tādas redzamas vismaz četras. Viena no tām atradusies aptuveni zem tagadējās Satekles ielas un pēc pilsētas ārējās nocietinājumu līnijas izbūves sākuma, ko organizēja nīderlandiešu izcelsmes inženieris Johans Rodenburgs (Johann Rodenburg) savienojās ar t. s. Rodenburga grāvi, kas bijis 17. gs. vidū celto Rīgas ārējo nocietinājumu daļa.

Senās Rīdzenes pietekas precīzi identificēt apgrūtina fakts, ka šis nosaukums attiecināts ne tikai uz seno Rīgas upi, bet arī tuvumā esošajām attekām. Tā Rīgas pilsētas nekustamo īpašumu reģistrā no 16. gs. otrās puses minētas vairākas Rīdziņas – Rīdziņa (Risinge), abas Rīdziņas (beide Rysinge), mazā Rīdziņa (De kleyne Rysing).

Izpētes laikā iegūtie paraugi liecina par mitrām, applūstošām vietām raksturīgu veģetāciju. Piemēram, 2020. gada izrakumos Kalēju ielā 64/66 analizētajos grunts paraugos konstatētas rindas un sfagnu sūnas, grīšļi, bebrukārkliņš, daudzziedu zemzālīte, skābeņlapu sūrene, kodīgā gundega, purva pameldrs, parastais rasaskrēsliņš, spožaugļu donis, parastā skābene, mazā sūrene, ūdenspipars, kodīgā gundega, arī tādi ūdensaugi kā ložņu gundega un ļaunā gundega. Analizētajos grunts paraugos iegūtas saldūdens zivju kaulu paliekas, konstatētas vairāku veidu ūdensblusas, bruņērces, trīsuļodi, gliemeži u. c.

Rīgas pilsētas pirmsākumos 12.–14. gs. Rīdzenes upes ielokā, vietā, kur tagad atrodas Alberta laukums un tuvākajos blakus kvartālos, nelielā paugurā atradās viena no pirmajām rīdzinieku apmetnēm, kuras robežas pletušās no Kalēju ielas līdz Mārstaļu ielai. Alberta laukumā veikti plaši izrakumi Melitas Vilsones vadībā 1959.–1964. gadā. Pēc aizsargmūra uzcelšanas šis ciems kļuva par pilsētas daļu.

Rīdzenes upes labajā krastā, tās ielokā, kvartālā kur tagad atrodas Konventa sēta, 13. gs. sākumā celta vācu kolonistu apmetne, tajā skaitā pirmās ordeņa un bīskapa pilis, Svētā Jura kapela, vēlāk baznīca, Svētā Jāņa baznīca u. c.

Sekojot kādreizējam upes tecējumam, tā šķērsojusi tagadējo Līvu laukumu un pie Pulvertorņa pagriezusies Esplanādes virzienā. Visticamāk, tās izteka meklējama Krišjāņa Valdemāra ielas apkārtnē.

Aptuveni tagadējās Esplanādes vietā atradies Kubes kalns (viduslaikos saukts arī par Rīgas kalnu), kas tiek saistīts ar Livonijas Indriķa hronikā 13. gs. sākumā minēto Seno kalnu (latīņu Mons Antiquus) un minēts kā īslaicīga no Ventas lejteces kuršu padzīto vendu apmešanās vieta. Vendi to gan pametuši pirms vācu ienākšanas, jo Livonijas Indriķa hronikā minēts, ka 1203. un 1204. gadā pie Senā kalna jau audzis mežs un atradušās ganības. Kalns pilnībā norakts laikā starp 1783. un 1784. gadu.

Procesi, kas noveda pie upes izzušanas sākās jau viduslaikos. Upe savas pastāvēšanas laikā ilgstoši tika izmantota atkritumu izmešanai. Rātes aizliegumi bērt atkritumus upes gultnē bija izdoti 1399. un 1515. gadā. Pat Rīgas kurpnieku amata šrāgās ir īpašs punkts, kas aizliedza izmest Rīdzenes upē ādas atgriezumus. Saglabājušās ziņas par upes gultnes tīrīšanu no 1405., 1554., 1610. un citiem gadiem.

16. gs. otrajā pusē pāri Rīdzenes grīvai valnī izbūvēja lokveida velvi, tā saucamos ostas vārtus, tādējādi vēl vairāk sašaurinot upes ieteku Daugavā.

Īpaši strauji šie procesi notika pēc 16. gs., kad pilsētā jauno laiku sākumā strauji auga iedzīvotāju skaits un līdz ar to pieauga atkritumu apjoms. 2005. gada Mārtiņa Lūsēna vadītie arheoloģiskie izrakumi sniedza uzskatāmu priekšstatu par upes aizbēršanu un straujo starpvaļņu rajona apbūvi, kas sākusies 16. gs. vidū un noslēgusies aptuveni gadsimta laikā. Ja vēl 16. gs. 80. gados upe tika izmantota kā pilnvērtīga transporta maģistrāle, tad 17. gs. vidū tās augštece un akvatorijas vidusdaļa bijusi jau faktiski aizbērta.

Savukārt Rīdzenes lejtece kuģošanai izmantota vēl 1710. gadā, bet jau 18. gs. 20. gados iebraukt tajā ar laivu nav bijis vairs iespējams. 1733. gadā ir pirmais oficiālais rīkojums sākt Rīdzeni aizbērt, atstājot tikai ierobežotu un daļēji segtu kanālu.

Upes pakāpenisko aizsērēšanu un izzušanu atspoguļo tās krasta koka stiprinājumu līniju izbūve, gultnei pamazām sašaurinoties. Arheoloģiskās izpētes laikā ir pētītas vismaz četras dažādos gadsimtos izbūvētas krasta stiprinājumu līnijas, kas datējamas ar laiku līdz 17. gs. beigām.

Upes pastāvēšanas pēdējo fāzi iezīmē vēl 18.–19. gs. pastāvējušais t. s. Rīdzenes kanāls (Riesing Kanal vai Riesings Canal), kurš redzams piemēram, Johana Kristofa Broces (Johann Christoph Brotze) ap 1802. gadu pārzīmētajos Rīgas četru kvartālu plānos. To ierīkojot 1733. gadā, tas bijis vaļējs un vēl samērā plats (pat līdz 30–35 m), bet 1773. gadā kanāls pārbūvēts un izveidots slēgts. 1861. gadā tas aizbērts pilnībā.

Sistemātiski arheoloģiskās izpētes darbi kādreizējā upes gultnē veikti sākot ar 20. gs. 30. gadu beigām. Pirmie plašākie arheoloģiskie pētījumi aizbērtajā upes gultnē tika veikti 1938. gadā Raula Šnores vadībā kvartālā starp Vaļņu, Audēju un Rīdzenes ielu saistībā ar Armijas ekonomiskā veikala celšanu. Darbu gaitā tika apzināta upes tecējuma vieta un gultnes dziļākā daļa. Šajā vietā arī tika konstatēta kāda pagātnē sadeguša kuģa paliekas.

1938. un 1939. gadā, kvartālā starp Vaļņu, 13. janvāra, Staļļu un Kalēju ielu, saistībā ar Pasta krājkases jaunbūvi notika izpēte R. Šnores un Kārļa Apīņa vadībā. Laukumu šķērsoja Rīdzenes iela. Kopā tika izpētīts 1275 m² liels laukums, atsedzot trīs dažādu periodu upes krasta stiprinājumus. Konstatēja, ka upes platums šeit bijis līdz 50 m, dziļums sasniedzis 5 m. Tika konstatēta laivu piestātnes vieta ar kāpnēm uz upi, kā arī nogrimis labi saglabājies kuģis.

1957. gadā Mazās Minsterejas ielā Melitas Vilsones vadītajos izrakumos senie krasta stiprinājumi šajā upes posmā tika atklāti pirmo reizi. 

1970. gadā arheologs Andris Caune pētīja zemes gabalu adresē 13. janvāra iela 15. Šeit tika atklātas kopumā trīs upes labā krasta stiprinājumu joslas, ko viņš datēja ar 13., 16. un 17./18. gs. Vismaz divas reizes senie upes krasta stiprinājumi atsegti A. Caunes vadītajos izrakumos 1971. un 1978. gadā teritorijā starp Mārstaļu un Minsterejas ielu.

1983. gadā tika veikti izrakumi kvartālā starp Riharda Vāgnera un Gleznotāju ielu A. Caunes vadībā, kad tika pētīts upes tecējuma vidusposms, izpētot daļu kreisā krasta divu pēdējo līniju paliekas.

1989. gadā Viktorijas Bebres un A. Caunes vadībā tika pētīts 272 m² liels laukums starp Daugavas un Minsterejas ielu, netālu no kādreizējās Rīdzenes ietekas Daugavā, sasniedzot pamatzemi līdz 5 m no ielas līmeņa un divus dažādos laika periodos celtus upes labā krasta stiprinājumus.

2005. gadā arheologs M. Lūsēns veica pētījumus kvartālā starp Riharda Vāgnera, Teātra, Audēju un Kalēju ielu, kur 1780 m² platībā tika atsegta gandrīz visa upes gultne visā platībā – daļu labā krasta un visu kreiso krastmalu atsedza vairāk nekā 60 m platā un 70 m garā joslā.

2009. gadā arheologs Uldis Kalējs veica arheoloģisko izpēti zemes gabalā, kur 20. gs. 30. gados bija iecerēta Pasta krājkases izbūve (Rīdzenes iela 38, Vaļņu iela 48/50). Šo darbu laikā atkārtoti tika atsegti abi kādreizējie upes krasti un pētītas vairākas 20. gs. 30. gados nepētītas zonas ap 1938.–1939. gada izrakumu laukumu (kopā 356 m²). Izrakumu gaitā tika atsegtas vairākas seno krasta koka stiprinājumu līniju paliekas, gūstot iespēju veikt to dendrohronoloģisko datēšanu.

2016. gadā arheoloģes Ilzes Reinfeldes, Jāņa Tereško un Rūdolfa Brūža vadībā notika pētījumi kvartālā starp Mārstaļu ielu, 11. novembra krastmalu un Minsterejas ielu, kādreizējās Rīgas upes lejteces daļā. Izpētes laikā tika atsegtas divas kādreizējā Rīdzenes upes labā krasta stiprinājumu rindu paliekas. Dendrohronoloģiskie datējumi pirmajai grupai datējumu uzrādīja 1236. gadu, bet otrajai – 1291. gadu. Vēl vieni izrakumi bijušajā Rīdzenes upes kādreizējā gultnē, Vaļņu ielā 47, notika 2016.–2017. gadā M. Lūsēna vadībā.

2019.–2020. gadā arheologa Artūra Tomsona vadībā tika izpētīts zemes gabals Kalēju ielā 64/66 816 m² platībā. Šajā vietā tika atsegts turpinājums 1970. gada A. Caunes izrakumos 13. janvāra ielā 15 lokalizētajiem jau zināmajiem upes labā krasta stiprinājumiem un iegūts precīzs to dendrohronoloģiskais datējums. Jaunākā krasta konstrukcija datējama ar 1689. un 1690. gadu, masīvās 16. gs. krasta konstrukcijas celšanai izmantoti 1581. un 1582. gadā cirsti koki, bet senākā šajā vietā pētītā koka konstrukcija datējama ar 1511. un 1554. gadu, nevis 13. gs., kā uzskatīts iepriekš.

Upes gultnē dažādos laika periodos atklāti vairāki nogrimuši kuģi un laivas. Pirmās ziņas par kuģu atradumiem Rīdzenes gultnē ir no 1554. gada, vietā starp Smilšu, Kaļķu un Meistaru ielu. Arheoloģiski pētīti divi seno kuģu atradumi. Pirmais no tiem tika atrasts Armijas ekonomiskā veikala celšanas darbos 20. gs. 30. gadu beigās starp Vaļņu, Audēju un Rīdzenes ielu. Par šo atradumu fiksētie dati ir trūcīgi, domājams, ka kuģis nogrimis ugunsgrēka rezultātā, līdz mūsdienām tā detaļas nav saglabājušās.

Otrais no diviem pētītajiem Rīgas senajiem kuģiem ir 1938.–1939. gadā atrastais un pētītais vraks, kas atrasts starp Kalēju, Vecpilsētas un Vaļņu un Rīdzenes ielu, rokot topošās Pasta krājkases būvbedri. Izceļot visas tā detaļas tika sanumurētas un pārvietotas uz noliktavu Ķemerejas ielā, kas gāja bojā 1941. gada 28. jūnija ugunsgrēkā. No kuģa saglabājies ir tā ķīlis, priekšvadnis, dažas brangas un pakaļvadnis, jo ugunsgrēka laikā atradās restaurācijā. Mūsdienās kuģa paliekas atrodas Rīgas vēstures un kuģniecības muzeja ekspozīcijā.

Kuģis bija vienmasta burinieks, kas būvēts klinkera tehnikā, tas bijis ar augstu priekšvadni, tam bijis klājs, airi netika atrasti. Tam netika konstatēta stacionārā stūre, tādēļ pieņemts, ka tas vadīts ar sānos esošu stūres airi. Pie ķīļa kuģis bijis 14 m garš, tā maksimālais platums bijis 4,3 m, bortu augstums sasniedzis 2,85 m. Šāds kuģis bijis piemērots jūras transportam un uzskatāms par pārejas formu no vikingu laikmeta kuģiem uz viduslaikos izplatītajām kogēm.