RCAII mācību struktūra tika organizēta uz Rīgas Aviācijas inženieru augstākās kara skolas bāzes. RCAII sāka darbu ar trim fakultātēm – Mehānikas, Aviācijas radioelektronisko iekārtu (līdz 1980. gadam – Radiotehnikas fakultāte), Aviācijas aprīkojuma (līdz 1980. gadam – Elektronikas fakultāte). RCAII struktūra tika paplašināta 1967. gadā, organizējot vēl divas fakultātes – Automātikas un skaitļošanas tehnikas un Inženierekonomikas fakultāti. 1978. gadā tika izveidota Kvalifikācijas celšanas fakultāte. RCAII darbības beigās augstskolas struktūru veidoja četras fakultātes – Mehānikas, Radioelektronikas un skaitļošanas sistēmu, Ekonomikas, Aviācijas un radioelektronisko iekārtu fakultāte. Tapšanas stadijā bija Sistēmiskās analītikas fakultāte.
Paralēli fakultātēm RCAII organizēja sabiedrisko zinātņu katedras. Līdz 1971. gadam RCAII darbojās sešas katedras – Marksisma-ļeņinisma filozofijas un zinātniskā komunisma katedra, Padomju Savienības Komunistiskās partijas (PSKP) vēstures katedra, Politiskās ekonomikas katedra, Svešvalodu katedra, Fiziskās audzināšanas katedra, Speciālās sagatavošanas katedra. Ar laiku attiecīgās katedras tika apvienotas Sabiedrisko profesiju fakultātē. Studijas tika nodrošinātas dienas un vakara nodaļās krievu un angļu valodā.
RCAII bija viena no divām augstākajām mācību iestādēm PSRS, kas sagatavoja civilās aviācijas personālu un aviotehnikas apkalpošanai nepieciešamo inženieru personālu. Tas noteica ievērojami lielu studējošo skaitu. Gadā vidēji RCAII mācījās ap 4000–5000 studentu. Augstskolā uzņēma gan vīriešus, gan sievietes, tomēr sievietes uzņēma tikai noteiktās fakultātēs – Inženierekonomiskajā fakultātē un Automātikas un skaitļošanas tehnikas fakultātē. Par studentiem tika uzņemtas personas līdz 35 gadiem. RCAII tika organizēti arī sagatavošanās kursi, kur tika uzņemti tikai vīrieši līdz 34 gadu vecumam. 1971./1972. gadā RCAII mācījās 4398 studenti, bet padomju okupācijas perioda beigās studējošo skaits bija nedaudz sarucis. 1990./1992. gadā RCAII bija 3944 studenti. Līdz RCAII likvidācijai augstskolā tika sagatavoti vairāk nekā 25 000 civilās aviācijas speciālistu. Viena no RCAII īpatnībām bija tas, ka studentu uzņemšanu veica īpaši izveidotas komisijas, kas aptvēra visu PSRS teritoriju. Pirmajā RCAII darbības gadā šādas studentu atlases komisijas tika izveidotas Habarovskā, Almatā (tagad Almati), Taškentā, Tbilisi, Sverdlovskā (tagad Jekaterinburga), Baku, Krasnojarskā, Ašhabadā (tagad Ašgabata), Jakutskā, Erevānā, Frunzē (tagad Biškeka), Siktivkarā, Dušanbē, Arhangeļskā, Kijivā un Rīgā. Turpmākajos gados uzņemšanas komisiju lokācija mainījās. RCAII mācījās studenti no visas PSRS, Varšavas pakta valstīm, Āzijas, Āfrikas un Latīņamerikas valstīm. Kopumā RCAII mācījās studenti no vairāk nekā 80 valstīm.
