RAU sastāvā visā tās pastāvēšanas laikā bija trīs fakultātes – Mehānikas fakultāte ar Gaisa transporta ekspluatācijas katedru (līdz 09.06.1993. – Lidaparātu un aviodzinēju tehniskās ekspluatācijas katedra), Transportlīdzekļu remonta un ražošanas tehnoloģijas katedru, Tehniskās mehānikas katedru, Transporta līdzekļu dzinēju katedru un Transporta līdzekļu teorijas, aprēķina un konstrukciju katedru, Radioelektronikas un datortehnisko sistēmu fakultāte ar Teorētiskās radiotehnikas un elektrotehnikas katedru, Telekomunikāciju sistēmu katedru, Radiolokācijas un mērīšanas tehnikas katedru, Skaitļošanas tehnikas un pilotāžas navigācijas kompleksu katedru, Skaitļošanas sistēmu programmas nodrošināšanas katedru, Informācijas apstrādes un vadības datorsistēmu katedru, Skaitļošanas sistēmu un datu pārraides tīklu katedru, Aviācijas un radio elektronisko iekārtu tehniskās ekspluatācijas katedru un Elektrificēto sistēmu katedru, Ekonomikas fakultāte ar Ekonomikas katedru, Mārketinga un menedžmenta katedru, Uzskaites un audita katedru un Finanšu un kredīta katedru.
RAU kā patstāvīgas struktūrvienības bija vispārējās katedras – Fizikas katedra (no 28.09.1998. Vispārīgās un lietišķās fizikas katedra), Augstākās matemātikas katedra, Filozofijas un politoloģijas katedra (likvidēta 1994./1995. mācību gadā), Latviešu valodas un kultūras katedra, Svešvalodu katedra, Fiziskās audzināšanas katedra, Krievu valodas katedra (likvidēta 1994./1995. mācību gadā), Vispārējo disciplīnu katedra. 03.07.1998. universitātes vispārējās katedras tika apvienotas RAU Pamatzinību fakultātē. RAU likvidācija laikā tapšanas stadijā bija Sistēmiskās analītikas fakultāte. Studijas notika krievu, angļu un latviešu valodā un tika nodrošinātas gan klātienes, gan neklātienes studiju programmas.
Zinātniski pētnieciskās darbības īstenošanai 16.01.1998. kā patstāvīga un pašfinansējama RAU struktūrvienība tika izveidots RAU Telemātikas un loģistikas institūts. RAU atradās Lomonosova ielā 1. (tagad Valērijas Seiles iela).
Par RAU studentiem tika uzņemtas personas līdz 35 gadiem. Kad RAU sāka darbu, tajā mācījās 3500 studenti, no kuriem aptuveni 500 bija ārvalstu studenti. 1995. gadā RAU studējošo skaits bija samazinājies līdz 2500, no kuriem 400 bija ārvalstu studenti, bet RAU darbības pēdējā gadā studentu skaits bija samazinājies par vairāk nekā vienu trešdaļu, salīdzinot ar 1992. gadu. Ievērojami samazinājās arī ārvalstu studentu skaits.