Karls Linnejs (Carl Linnaeus) 1758. gadā sugu iekļāva ģintī Falco kā Falco Chrysaëtos. 1760. gadā suga tika iekļauta jaunizveidotā ģintī Aquila (franču ornitologs Žaks Brisons, Jacques Brisson). Ģints nosaukums Aquila latīņu valodā nozīmē ‘ērglis’. Sugas nosaukums cēlies no sengrieķu valodas vārda χρυσός, khrusos ‘zelts’, savukārt ᾱ̓ετός, aetos nozīmē ‘ērglis’. 

Izdalītas sešas pasugas: nominālpasuga chrysaetos (sastopama Britu salās, Skandināvijā, Karpatu kalnos, kā arī Sibīrijas rietumos), homeyeri (Pireneju pussala, Ziemeļāfrika, Vidusjūras reģions, Arābijas pussala), daphanea (centrālā Āzija), kamtschatica (ziemeļaustrumu Āzija, Kamčatka), japonica (Japāna un, iespējams, arī Koreja), kā arī canadensis (Ziemeļamerika līdz Meksikas dienvidiem). 

Nominālpasugai ķermeņa garums 80–93 cm, spārnu izpletums 187–219 cm, svars 2,8–4,6 kg (tēviņiem) un 3,8–6,7 kg (mātītēm). Liels ērglis, kam lidojumā raksturīgs siluets ar platiem spārniem, kas pie pamatnes ir šaurāki, un salīdzinoši garu asti. Spārnu galos izteikti lidspalvu “pirksti”, planējot spārni viegli piepacelti. Līdzīgi citiem Aquila ģints ērgļiem, kāju stulmi apspalvoti līdz pirkstiem. Pieaugušajiem putniem spalvu tērps brūni raibs, galva un kakla aizmugure zeltaini brūna. Knābis tumšs, acs tumši brūna. Jaunajiem putniem spalvu tērps vienlaidus tumši brūns, galvas un kakla virspuse zeltaini brūna, uz spārniem izteikti balti laukumi, aste balta ar izteiktu tumšu malu. Pieaugušā putna spalvu tērpu iegūst, sākot ar 7. kalendārā gada rudeni; līdz tam laikam nomaina sešus pārejas spalvu tērpus. 

Dzimumu starpā vērojamas izteiktas auguma atšķirības (mātītes ir izmērā lielākas un var būt pat uz pusi smagākas). 

Balss repertuārā dažādi saucieni, biežāk dzirdams skanīgs “kja-kja-kja-kja”. 

Ziemeļos no 60^o N (Ziemeļu platuma) ligzdojošā populācijas daļa ir pamatā migrējoša. Latvijā ligzdojošie putni ir nometnieki, lai gan iespējami klejojumi. Nepieaugušie putni ir klejotāji, kas garākos klejojumos parasti dodas pirmajos dzīves gados. 

Ņemot vērā plašo izplatības areālu, sastopams ļoti dažādā ainavā – kalnos līdz 4000 m virs jūras līmeņa (Himalajos līdz 6200 m), kur ligzdo pamatā uz klinšu karnīzēm; sausās, daļēji mežotās plakankalnēs, kā arī ziemeļu mežos, virsājos un sūnu purvos, kur ligzdo kokos. 

Latvijā sastopams pie plašiem (1500–15 000 ha lieliem) augstajiem purviem, kur ligzdo uz minerālzemes salām un pussalām, retāk – purvu malās. Ligzdu būvē kokos, vairumā gadījumu priedēs, retāk – apsēs vai eglēs. Gatavojoties ligzdošanas sezonai, kā arī tās laikā, ligzdu pušķo ar svaigiem skuju un lapu koku zariņiem. Martā vai aprīļa sākumā dēj 1–2 (retos gadījumos 3) baltas olas, kas klātas ar gaiši brūniem raibumiem. Perē 41–45 dienas, jaunie putni lidotspēju sasniedz 70–80 dienu vecumā. Parasti lidotspēju sasniedz viens jaunais ērglis, tikai izņēmuma gadījumos divi (ļoti reti – trīs). Sugai ir izteikts siblicīds (kainisms), vecākais mazulis, būdams vēl pūku tērpā, parasti nogalina jaunāko.

Barībā galvenokārt nelieli līdz vidēja izmēra zīdītājdzīvnieki (zaķi, meža caunas, jaunas lapsas, āpši, jenotsuņi, stirnas), kā arī putni (medņi, rubeņi, dzērves, meža pīles u. c.), ziemas laikā izmanto iespējas baroties pie maitas. 

Plaši izplatīts Ziemeļu puslodē – sastopams Eirāzijā, Ziemeļamerikā un Āfrikas ziemeļos. No Aquila ģints ērgļiem raksturīgs plašākais izplatības areāls, kas vērtēts kā 140 000 000 km² liels. Globālā populācija vērtēta kā 85 000–160 000 pieaugušie indivīdi. Eiropā sastopams nevienmērīgi, sākot no Skandināvijas ziemeļiem līdz Vidusjūras piekrastei un salām dienvidos un no Skotijas un Pireneju pussalas rietumos līdz Urālu kalniem austrumos. Eiropā pamatā sastopama nominālpasuga, ar izņēmumiem Pireneju pussalā, Krētā un Anatolijā, kur sastopama pasuga homeyeri. Eiropas populācija vērtēta kā 9300–12 300 pārus liela ar pieaugošu tendenci, lai gan ir reģioni, kuros reģistrēta skaita samazināšanās. 

Latvijā sastopams ļoti nevienmērīgi, izplatība saistīta ar plašiem augsto purvu masīviem Kurzemes ziemeļos, kā arī Vidzemē un Latgalē. 2021. gadā Latvijas populācija vērtēta kā 9–12 pārus liela. Laikā kopš 19. gs. tā piedzīvojusi pretējas skaita izmaiņu tendences – skaita samazināšanos 19. gs. beigās un 20. gs. pirmajā pusē (tai skaitā ligzdojošās populācijas izzušanu Kurzemē) ar sekojošu lēnu atkopšanos. 21. gs. sākumā atkal reģistrēta ligzdošana Kurzemē, kur 2024. gadā bija zināmas 2–3 ligzdošanas teritorijas. Liela nozīme ir bijusi mākslīgo ligzdu būvēšanai, kas ļāva veidoties jaunām ligzdošanas teritorijām (arī atjaunoties iepriekš izzudušām, piemēram, Teiču purvā). 2021. gadā 89 % no apdzīvotajām ligzdām atradās uz mākslīgi veidotām pamatnēm. 

Globālā un Eiropas mērogā suga nav klasificēta kā apdraudēta, savukārt Latvijā ligzdojošā populācija tās mazā izmēra un dažādu negatīvu faktoru radīto risku dēļ ir atzīta par stipri apdraudētu. 

Nozīmīgs sugu apdraudošs faktors Latvijā ir saindēšanās ar svinu (tiek uzņemts galvenokārt ar dabā atstātu, ar svinu saturošu munīciju nošautu medījamo dzīvnieku atliekām). Potenciālu risku rada vēja elektrostaciju attīstība. Ligzdošanas vietas apdraud cilvēka radīts traucējums olu inkubācijas laikā, kā arī periodā, kad ligzdā ir jaunie putni. Laikā kopš 20. gs. vidus divas ligzdošanas teritorijas ir izzudušas kūdras ieguves darbu rezultātā, vēl viena – plašu apkārtnē veiktu meliorācijas darbu dēļ, kas izraisīja ligzdošanas un barošanās biotopu degradāciju un nozīmīgas barības sugas – medņa Tetrao urogallus – pieejamības samazināšanos. 

Klinšu ērglis ir viena no sugām, kas ir visplašāk izmantota tradicionālajās medībās ar plēsīgajiem putniem. Tās izplatītas galvenokārt Vidusāzijā. Jauno putnu izņemšana no ligzdām šim mērķim šobrīd tiek uzskatīta par vienu no ligzdojošo populāciju apdraudošajiem faktoriem Mongolijā. 

Ņemot vērā spēju medīt salīdzinoši lielus dzīvniekus, vietumis tiek uzskatīts par risku ganību dzīvniekiem, kā arī dzīvniekiem, kas tiek audzēti medību saimniecības vajadzībām (piemēram Skotijas baltirbei Lagopus lagopus scotica). 

Klinšu ērglis ir iekļauts Eiropas Parlamenta un Padomes Direktīvas 2009/147/EK (30.11.2009.) par savvaļas putnu aizsardzību 1. pielikumā (iekļautas sugas, kurām jānodrošina īpaši dzīvotnes aizsardzības pasākumi). 

Suga iekļauta Latvijas īpaši aizsargājamo sugu sarakstā, kā arī “Noteikumu par mikroliegumu izveidošanas un apsaimniekošanas kārtību, to aizsardzību, kā arī mikroliegumu un to buferzonu noteikšanu” 2. pielikumā, kas nozīmē, ka sugas ligzdošanas vietu aizsardzības nodrošināšanai var veidot mikroliegumus.