Pret liberālo starpvaldību teoriju vērstā kritika, pirmkārt, tiek attiecināta uz nacionālo preferenču veidošanās procesu. Kā norāda starptautisko attiecību konstruktīvisma skolas teorētiķi, nacionālās preferences nav fiksētas vai izteikti ekonomiskas, tās ietekmē normas, identitāte, kā arī ES socializācijas process. Liberālā starpvaldību teorija, pēc konstruktīvistu domām, nepietiekamu uzmanību pievērš tam, cik lielā mērā ES dalībvalsts statuss ietekmē un maina nacionālās preferences. Postfunkcionālisti norāda, ka ES ir izteikti politizēta vide, kur preferences ietekmē identitātē balstītā masu politika, ne izteikti racionālas nacionālo valstu ekonomiskās preferences. Kā norāda postfunkcionālisti, liberālā starpvaldību teorija nespēj pilnībā skaidrot, piemēram, Lielbritānijas izstāšanos no Eiropas Savienības, kur vēlētāji izvēlējās pretēji skaidrām ekonomiskajām interesēm. Otrkārt, kā norāda jaunie intergovernmentālisti (new intergovernmentalists) un konstruktīvisma skolas teorētiķi, lēmumu pieņemšanas procesā ES arvien lielāka nozīme ir jāpiešķir konsensa veidošanai, apspriešanai un sociālajai mijiedarbībai, nevis stratēģiskai un uz varas līdzsvaru balstītai tirgošanās pieejai, kā to uzsver liberālā starpvaldību teorija. Šie kritiķi norāda, ka kopš Māstrihtas līguma (Maastricht Treaty) parakstīšanas, ES ir attīstījusies līdz tādam līmenim, kur formālas vienošanās aizvien biežāk tiek aizstātas ar garu un neformālu koordinācijas procesu, kur nacionālo valstu pārstāvji rīkojas nevis kā stingi nacionālo interešu pārstāvniecības aģenti, bet gan problēmu risinātāji. Kā norāda kritiķi, šajā skatījumā lēmumu pieņēmēji (ministri, diplomāti) darbojas, balstoties uz kopēju uzticēšanos un vienotas atbildības normu ietvaros, meklējot pragmatiskus risinājumus dialoga ceļā, nevis izmantojot piespiešanu vai draudus; savukārt liberālā starpvaldību teorija šādu koordināciju interpretē kā stratēģisku procesu, kas balstīts uz asimetriskām interesēm, ne patiesu apspriešanos. Treškārt, vēsturiskie institucionālisti (historical institutionalists) norāda uz nepilnībām, ar kādām teorija skaidro institūciju veidošanos un evolūciju ES kontekstā. Liberālā starpvaldību teorija pieņem, ka institūcijas ir apzināti un racionāli nacionālo valdību veidotas, un to primārās funkcijas ir padarīt starpvaldību vienošanās uzticamas, piemēram, nododot daļu suverenitātes ES vai deleģējot autoritāti pārnacionālām struktūrām. Vienlaikus liberālā starpvaldību teorija skaidro, ka nacionālās valdības veido institūcijas, lai risinātu kolektīvās rīcības trūkuma problemātiku: saistību izpildi vai asimetriju informācijas apritē starp aktoriem. Ņemot vērā šo skatījumu, liberālā starpvaldību teorija uzlūko institucionālās izvēles kā instrumentālas un statiskas, proti, kad institūcijas ir izveidotas, tiek sagaidīts, ka tās īstenos savus pamata uzdevumus un mērķus bez nepieciešamības īstenot izmaiņas to pamata funkcijās, ja vien neiestājas apstākļi, kad valdības lemj par nepieciešamību šādas funkcijas mainīt un/vai pārskatīt. Vēsturiskie institucionālisti apstrīd šos pieņēmumus vairākos būtiskos veidos, norādot, ka institūciju dabisks stāvoklis ir nepārtraukta tādu apstākļu jeb rezultātu veidošana, kādus sākotnēji valstīm nav iespējams paredzēt. Šāds piemērs ir Eiropas Savienības Tiesa (Court of Justice of the European Union), kas laika gaitā kļuvusi ietekmīgāka un palielinājusi savu autonomiju. Vēsturiskie institucionālisti norāda, ka liberālās starpvaldību teorijas pieņēmums par valstu iespējām brīvi pieņemt lēmumu par nepieciešamību pārskatīt specifiskas vienošanās vai pat izstāties no institucionāla ietvara, nav pārliecinošs, jo šādi lēmumi var novest pie situācijas, kad šādas izmaiņas ir politiski un ekonomiski neizdevīgas. Tomēr, kā norādījis pats E. Moravčiks, liberālā starpvaldību teorija un vēsturiskais institucionālisms nebūtu jāuztver kā divas savstarpēji konkurējošas teorijas: liberālā starpvaldību teorija skaidro racionālu lēmumu nozīmību, bet vēsturiskais institucionālisms fokusējas uz ilgstošu un neparedzētu seku analīzi.