Dzimis un audzis Rīgas centrā, jau septiņu gadu vecumā palika bez mātes Albīnes, tēvs Jānis visu dzīvi strādāja tirdzniecībā, ilgus gadus esot Jūrmalas tirgus direktors. 1971. gadā J. Mežeckis pabeidza Rīgas 50. vidusskolu (tagad – Rīgas Centra humanitārā vidusskola), bet 1978. gadā absolvēja Latvijas Valsts fiziskās kultūras institūtu (LVFKI, tagad – Latvijas Sporta pedagoģijas akadēmija). Bija precējies, divi bērni – dēls Roberts un meita Sanda. Dēls arī bija profesionāls futbolists, spēlējot Latvijas čempionāta virslīgā un aizvadot arī vienu maču Latvijas valstsvienībā.

Desmit gadu vecumā J. Mežeckis sāka nodarboties ar futbolu “Daugavas” meistarkomandas sagatavošanas grupā, kur viņa pirmais treneris bija Maksis Levitanuss. J. Mežeckis bija iekļauts dažāda vecuma Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (PSR) jauniešu izlasēs, 1971. gadā vienu sezonu aizvadīja “Daugavas” meistarkomandas dublieru vienībā, bet tad tika iesaukts obligātajā karadienestā Padomju armijā, šajā laikā divus gadus spēlējot futbolu Kaļiņingradas apgabala čempionātā vietējā armijas komandā “Vostok” (1972–1973). Pēc tam J. Mežeckis astoņus gadus (1974–1981) spēlēja Latvijas PSR čempionāta komandā “VEF”, divreiz kļūstot par Latvijas PSR čempionu (1974. un 1975. gadā). Vēlāk vēl pa sezonai aizvadīja citās Latvijas PSR čempionāta komandās “Jūrnieks” (1982. gadā) un “Rīgas elektromehāniskā rūpnīca” (REMR, 1983. gadā). Lielākoties spēlēja aizsarga pozīcijā. 1974. gadā bija iekļauts Latvijas PSR izlases sastāvā, kas Daugavpilī izcīnīja Baltijas kausu (šajā laikā Baltijas kausā padomju republiku izlases komplektēja no vietējo čempionātu spēlētājiem bez Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) meistarkomandu pārstāvjiem).

Jau studiju laikā paralēli mācībām J. Mežeckis strādāja par sporta spēļu instruktoru “Daugavas” sporta biedrības Rīgas pilsētas padomē (1977–1979), bet no 1979. līdz 1987. gadam trenēja jauniešus Rīgas Futbola skolā, kur viņa slavenākie audzēkņi bija vēlākie ilggadējie Latvijas valstsvienības spēlētāji Mihails Zemļinskis un Igors Troickis. 1987. gadā J. Mežeckis bija galvenā trenera Jāņa Giļa asistents Rīgas apvienotajā jauniešu vienībā “Specializētā olimpisko rezervju bērnu un jaunatnes futbola skola” (SORBJFS), izcīnot PSRS jaunatnes čempionāta bronzas medaļas, kas bija padomju okupācijas laika Latvijas jaunatnes futbola lielākais panākums (oficiālais sacensību nosaukums – augstākās un pirmās līgas meistarkomandu olimpisko rezervju specializēto futbola BJSS meistarsacīkstes; 1969./1970. gadā dzimušajiem futbolistiem).

1987. gadā J. Mežecki uzaicināja darbā Latvijas PSR Ministru Padomes Fiziskās kultūras un sporta komitejā par valsts treneri futbolā (amata pilnais nosaukums – PSRS izlases treneris Latvijas PSR), kura pārziņā bija Latvijas PSR meistarkomandas, Latvijas PSR čempionāts, jauniešu futbols. 1988. gada sākumā J. Mežeckis pārcēlās uz Liepāju, kļūstot par PSRS čempionāta otrās līgas komandas “Zvejnieks” galvenā trenera Vladimira Žuka asistentu. 1989. gadā J. Mežeckis jau kļuva par “Zvejnieka” galveno treneri, vadot komandu divas sezonas. 1990. gadā Liepājas komanda atjaunoja pirmsokupācijas laika vēsturisko nosaukumu “Olimpija”, otrajā līgā izcīnot septīto vietu, kas bija atkārtots komandas labākais sasniegums PSRS čempionātos. PSRS sabrukuma periodā 1991. gada augustā J. Mežeckis pārcēlās uz dzīvi Beļģijā, līdz 1992. gada beigām tur strādājot tirdzniecības jomā.

Pēc atgriešanās dzimtenē J. Mežeckis no 1993. gada 1. janvāra sāka strādāt Latvijas Futbola federācijā, bet aprīlī kļuva par tās ģenerālsekretāru, ieņemot šo amatu 25 gadus – līdz pat 2018. gada 1. jūnijam. Šajā laikā Latvijas futbols guva savu lielāko panākumu vēsturē, valstsvienībai kvalificējoties 2004. gada Eiropas čempionāta finālturnīram Portugālē, kur J. Mežeckis bija Latvijas delegācijas vadītājs. Pēc federācijas ģenerālsekretāra amata atstāšanas J. Mežeckis vēl vairākus gadus bija Latvijas Futbola federācijas Tiesnešu komitejas priekšsēdētājs (2020–2024). Vienu ciklu J. Mežeckis bija arī Latvijas Olimpiskās komitejas viceprezidents (2012–2016).

No 1996. līdz 2023. gadam J. Mežeckis bija Eiropas Futbola asociāciju savienības (Union of European Football Associations, UEFA) spēļu delegāts, šajā statusā aizvadot 247 starptautiskās spēles. UEFA delegāts ir federācijas pārstāvis starptautiskos mačos, kas seko, lai tiktu ievēroti visi UEFA noteikumi. Tāpat J. Mežeckis arī darbojies dažādās UEFA komitejās (Fair Play ‘Godīgas spēles’; Attīstības un Tehniskās palīdzības), piedalījies sešos Eiropas čempionāta finālturnīros, pildot UEFA delegāta pienākumus arī divos Eiropas čempionāta finālmačos (2012. gadā Ukrainā: Spānija–Itālija un 2016. gadā Francijā: Portugāle–Francija). Tāpat strādājis daudzās nozīmīgās Eiropas kausu spēlēs, piemēram, 2008. gada UEFA kausa finālmačā Anglijas pilsētā Mančestrā (Sanktpēterburgas “Zenit” – Glāzgovas “Rangers”). 2018. gadā J. Mežeckis pirmo reizi strādāja Pasaules kausa finālturnīrā, Krievijā pildot Starptautiskās Futbola asociāciju federācijas (Fédération Internationale de Football Association, FIFA) pienākumus piecās čempionāta spēlēs. Pēdējo reizi UEFA delegāta darbu veica 2023. gadā UEFA Nāciju līgas finālturnīrā Nīderlandē. 2024. gadā iznāca J. Mežecka autobiogrāfiskā grāmata “Viens futbols, dažādas pasaules”.