J. Sefera agrīnie dzejoļu krājumi “Pagrieziens” (Στροφή, 1931) un “Ūdenskrātuve” (Η Στέρνα, 1932) iezīmēja viņa pievēršanos modernisma poētikai. Par vienu no nozīmīgākajiem J. Sefera darbiem uzskata dzejoļu ciklu “Mitistorima” (Μυθιστόρημα, 1935, burtiski ‘mīta stāstījums’), kurā sengrieķu mitoloģijas un Homēra (Ὅμηρος) eposu tēli izmantoti trimdas un dzimtenes zaudējuma atklāsmē. Pie nozīmīgākajiem darbiem pieder arī krājumi “Klāja dienasgrāmata” (Ημερολόγιο Καταστρώματος, 1940), “Klāja dienasgrāmata II” (Ημερολόγιο Καταστρώματος Β΄, 1944), poēma “Strazds” (Κίχλη, 1947), krājums “Kipra, kur man bija lemts...” (Κύπρον, οὗ μ’ ἐθέσπισεν..., 1955) un “Trīs slepenie dzejoļi” (Τρία Κρυφά Ποιήματα, 1966). J. Sefera literatūrkritiskie un kultūrvēsturiskie raksti apkopoti krājumā “Esejas” (Δοκιμές, 1962). Tajos viņš rakstīja par grieķu literatūru, valodu un kultūras tradīcijām, īpašu uzmanību pievēršot Joannim Makrijannim (Ιωάννης Μακρυγιάννης), Dionīsijam Solomam (Διονύσιος Σολωμός), Konstantinam Kavafim (Κωνσταντίνος Καβάφης) un citiem autoriem. J. Sefera tulkojumi izdoti krājumā “Atdarinājumi” (Αντιγραφές, 1965) – tajā iekļauti angļu un franču autoru darbi, tostarp T. S. Eliota dzeja. Pēc J. Sefera nāves tika izdots viņa romāns “Sešas naktis Akropolē” (Έξι νύχτες στην Ακρόπολη, 1974), dienasgrāmatas, sarakste un politiskie pieraksti.