Profesionālā, radošā un sabiedriskā darbība Izstādē J. Liepiņš pirmo reizi piedalījās 1918. gadā Rīgā kopā ar Ansi Cīruli, Jēkabu Kazaku un Jāni Sakni. No 1920. līdz 1922. gadam viņš strādāja par dekoratora palīgu Latvijas Nacionālajā teātrī pie Oto Skulmes un Latvijas Nacionālajā Operā pie Jāņa Kugas. 1921. gadā gleznotājs tika uzņemts Rīgas mākslinieku grupā, kurā darbojās līdz 1940. gadam.
Vairākus gadus padomju okupācijas laikā J. Liepiņš bija Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Valsts mākslas akadēmijas pedagogs: 1940.–1941. gadā vadīja 2. figurālo meistardarbnīcu, 1944. gadā kļuva par Stājglezniecības darbnīcas vadītāju, 1947. gadā – par profesoru, bet 1950. gadā tika no darba atbrīvots. 1945. gadā J. Liepiņš iestājās LPSR Mākslinieku savienībā.
J. Liepiņa agrākās zināmās gleznas, kurās formu vienkāršojums apvienots ar kubisma ģeometrizāciju (“Dzērāji”, “Dzērājs”, “Vijolnieks”, “Dzeltenā tērpā”), datētas ar 1920. gadu. Izteiktāks kubisma iespaids atklājās 20. gadu beigās askētiski lakoniskajās ainavās ar Torņakalna baznīcu (“Ainava”, 1927; “Ainava ar baznīcu”, 1927). Stilistiski viengabalaino kluso dabu (“Klusā dabā ar pīpi”, 1927; “Logs”, 1928) lakoniskā plakanība raksturīga kubisma sintētiskajai stadijai. Tomēr jāatzīst, ka mākslinieka nemierīgajam raksturam populārais franču virziens palika svešs.
1922. gadā J. Liepiņš apprecējās ar žurnālisti Ernestīni Kārkliņu, kura 1926. gadā kļuva par aktīvu nelegālās Latvijas Komunistiskās partijas biedri. Kreisi noskaņotais mākslinieks sievas iespaidā zīmēja politiskos vēlēšanu plakātus kreisās strādniecības sarakstiem (1926–1931), tomēr pats nekādās partijās nekad netika bijis. Grafiski izteiksmīgās kompozīcijas (“Pret karu, pret fašismu!”, “Pret bezdarbu un algu nosišanu!”, 1931) izceļas ar konstruktīvu lakonismu, burtos un fonā izceļot trīs krāsas: sarkano, melno un balto. 20. gadu beigās J. Liepiņš pievērsās tautas atmiņā joprojām dzīvās 1905. gada revolūcijas atainojumam (“1905. gads”, 1929–1930), emocionālu kulmināciju sasniedzot simboliskajā kompozīcijā “Revolūcijas aina” (1930).
J. Liepiņa daiļrades nozīmīgākais sniegums saistās ar 20. gs. 20. gadu beigām un 30. gadiem, kad viņa glezniecība pavērsās reālisma virzienā un tajā arvien pieauga dinamiskas ekspresijas un piesātināta kolorīta spēks. Mākslinieks uzauga Zasulauka apkaimē, un līdz ar to viņa daiļradi iespaidoja kopš bērnības pazīstamās priekšpilsētas ikdienas norises (“Cīkstoņi”, 1928; “Remontdarbi ostā”, 1937; “Kalēja darbnīca”, 1938), mazās bodītes (“Tirgus kafejnīca”, 1930; “Pilsētas nomalē”, 1935) un krogus ainas ar bravurīgiem dzērājiem, dejotājiem, ermoņikas spēlētājiem un pat suņiem (“Krogā”, 1929; “Uzdzīvotājs”, 1931, 1938; “Vēlie viesi”, 1938). Visu mūžu J. Liepiņa daiļradi pavadījis spēlmaņa tēls, un kāds viņa zīmējums pamudināja dzejnieku Aleksandru Čaku sacerēt poēmu “Spēlē, spēlmani” (1944).
30. gados J. Liepiņš pirmais no latviešu māksliniekiem pievērsās Rīgas līča zvejnieku dzīves atainojumam, gleznojot smagnējus vīrus un sievas pie laivām, zivju pārlasīšanu, loma izkraušanu (“Zvejnieki”, 1932; “Zvejnieku osta”, 1934; “Vendzele”, 1935; “Zivju kūpinātava”, ap 1936; “Vadu velk”, 1935), dramatisku cīņu ar vētru (“Laivā”, 1936), kā arī piekrastes ainavas (“Negaiss tuvojas”, 1936; “Kaugurciems. Galiņi”, 1938). 1937. gadā vairākkārt atainoti Lielupes skati (“Jahtas”). Kopā ar gleznotāju Albertu Filku J. Liepiņš uzbūvēja buru laivu un vasarās apbraukāja Kurzemes jūrmalciemus, kur dzīvojot gleznoja plaukstas lieluma eļļas krāsu skices, zīmēja uzmetumus ar pasteli, ogli vai zīmuli, bet lielformāta audekli tapa ziemās darbnīcā. J. Liepiņš uzskatīja, ka kompozīcija nav ilgstoši jāglezno, bet iecere ir jāiznēsā sevī un darbā nedrīkst just sviedrus; gleznai jāmirdz un jālaistās kā rasai.
1929. gadā J. Liepiņš uzgleznoja vienu no pirmajām klusajām dabām ar zivi un māla krūzi, kam sekoja virkne līdzīgu uzstādījumu (“Klusā daba ar jūru”, 1931; “Klusā daba ar zivi”, 1936). Vairākkārt viņš gleznojis pašportretus (“Ar pīpi”, 1931; “Pašportrets”, 1935; “Pašportrets ādas vestē”, 1950), kā arī otro sievu Melāniju (“Lakatā”, 1933).
Pēc Otrā pasaules kara mākslinieka ekspresīvais glezniecības veids saglabājās (“Zaļumnieki”, 1947; “Loms”, 1948), taču 1950. gadā padomju ideoloģijas pārmetumi formālismā un atbrīvošana no darba Valsts mākslas akadēmijā viņu smagi iespaidoja. Ainavu skices zaudēja agrāko krāsu skanību, bet 1957. gada pasūtījuma gleznojums “1905. gads” mākslinieciski ievērojami atpalika no pirmskara snieguma.
No 1927. līdz 1939. gadam J. Liepiņš piedalījās latviešu mākslas izstādēs Stokholmā, Oslo, Maskavā, Ļeņingradā, Briselē, Helsinkos, Tallinā, Tērbatā, Varšavā, Krakovā, Vīnē, Prāgā, Budapeštā, Kauņā, Kopenhāgenā, Parīzē un Londonā. Mākslinieka darbi glabājas Latvijas Nacionālajā mākslas muzejā, Tukuma muzejā, Cēsu muzejā un privātkolekcijās.
