Tautas skaitīšanas metodoloģiskie principi, programma un organizācija balstījās uz Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Ministru padomes Centrālās statistikas pārvaldes izstrādāto metodoloģiju atbilstoši valdības apstiprinātajai programmai.

Tikai ar tautas skaitīšanu, ko veic, iztaujājot visus valsts iedzīvotājus par stāvokli vienā un tajā pašā datumā, pēc vienotas programmas un vienota plāna, var noteikt precīzu iedzīvotāju skaitu un sastāvu. Iegūto ziņu precizitāte un vispusība nosaka tautas skaitīšanas tautsaimniecisko nozīmi. Tautas skaitīšanā tika apkopota informācija par Latvijas pastāvīgajiem iedzīvotājiem un to mājokļiem atbilstoši situācijai 15.01.1959.

Tautas skaitīšanā tika uzskaitīti gan klātesošie, gan pastāvīgie iedzīvotāji. Katras apdzīvotās vietas klātesošie iedzīvotāji bija tie iedzīvotāji, kas skaitīšanas brīdī faktiski tur dzīvoja neatkarīgi no tā, vai attiecīgā apdzīvotā vieta ir šo personu pastāvīgā vai pagaidu dzīves vieta. Klātesošie iedzīvotāji, kuriem attiecīgā apdzīvotā vieta bija arī viņu pastāvīgā dzīves vieta, tika uzskatīti par šīs apdzīvotās vietas pastāvīgajiem iedzīvotājiem. Pagaidām promesošie no apdzīvoto vietu pastāvīgajiem iedzīvotājiem tajā pašā laikā bija pagaidām dzīvojošie citās apdzīvotās vietās un skaitīšanas periodā piederēja pie šo vietu klātesošajiem iedzīvotājiem.

Iedzīvotāju skaitu valstī un teritoriālajās vienībās, kā arī iedzīvotāju sastāvu galvenokārt pētīja pēc klātesošajiem iedzīvotājiem. Tajā pašā laikā tika iegūts arī pastāvīgo iedzīvotāju skaits.

Janvāris tika izraudzīts tāpēc, ka tas ir viens no ziemas mēnešiem, kad iedzīvotāju kustība ir vismazākā. Tāpat vieglāk iegūtos datus bija salīdzināt ar esošo uzskaiti. 15. janvāris tika izvēlēts, jo tā bija trešdiena (nedēļas vidus), kad iedzīvotāju kustība ir mazāka. Personas, kas nebija mājās naktī no 14. uz 15. janvāri darba dēļ, vienalga uzskaitīja viņu dzīves vietās kā klātesošos iedzīvotājus un viņu prombūtni neatzīmēja.

Slimniekus uzskaitīja kā klātesošos medicīnas iestādēs un kā pagaidu prombūtnē pastāvīgajā dzīvesvietā. Personas, kuras bija pārcēlušās citā vietā uz pastāvīgu dzīvi vai pastāvīgu darbu, mācību iestāžu audzēkņus, kuri dzīvoja mācību vietās, kā arī visus tos, kuri atradās prombūtnē ilgāk nekā sešus mēnešus pirms skaitīšanas datuma, uzskaitīja jaunajā dzīvesvietā kā pastāvīgos iedzīvotājus. Armijā vai flotē dienējošos uzskaitīja viņu dienesta vietā.

1959. gada tautas skaitīšanā tika iekļauti 15 rādītāji: attiecības pret ģimenes galvu (ģimenes veidošanai), pagaidu prombūtnē esošie, pagaidām dzīvojošie, dzimums, vecums, ģimenes stāvoklis, tautība, dzimtā valoda, pilsonības valsts, izglītība, mācību iestāde personām, kuras mācījās, darba vieta, nodarbošanās, iztikas līdzekļu avots, ja nav nodarbošanās, piederība kādai sabiedriskai grupai.

Tautas skaitīšanas sagatavošanai 08.1957. Tukuma rajonā tika veikta izmēģinājuma skaitīšana, kas palīdzēja skaitīšanas metodikas, organizatorisko principu un programmas galīgā izstrādē.

Līdz 01.01.1958. speciālas komisijas uz vietas precizēja pilsētu, ciema padomju un rajonu robežas. Tika sakārtota namu numerācija un ielu nosaukumi. 01.1958. izveidoja namīpašumu sarakstus pilsētu tipa apdzīvotajās vietās, bet 02.1958. ‒ apdzīvoto vietu sarakstus laukos.

06.1958. sagatavoja rajonu un republikāniskās pakļautības pilsētu tautas skaitīšanas organizatoriskos plānus. Pēc tam tika sagatavots arī republikas līmeņa plāns, kas sadalīja republikas teritoriju 127 skaitīšanas nodaļās, 806 instruktoru un 3816 pamata skaitīšanas iecirkņos. Tika izraudzīti un apmācīti aptuveni 9000 darbinieku, no kuriem apmēram 7000 piedalījās skaitīšanā.

No 10.01.1959. līdz 14.01.1959. tautas skaitītāji apstaigāja visas dzīvojamās ēkas un papildināja sarakstus, ja tika atrasti neuzskaitīti namīpašumi. Tautas skaitītāji sāka skaitīšanas lapu aizpildīšanu 15.01.1959 no plkst. 8.00 rītā un turpināja astoņas dienas (ieskaitot 22. janvāri).

Iedzīvotāju skaitīšanu viesnīcās veica pirmajā dienā. Slēgta tipa iestādēs (slimnīcās, sanatorijās u. c.) skaitīšanu veica šo iestāžu darbinieki pirmajā dienā. Skaitīšanu neveica piepilsētas un vietējos vilcienos, autobusos un vietējās satiksmes kuģos, kā arī vienas dienas atpūtas namos, nakts sanatorijās, diennakts bērnudārzos un mazbērnu novietnēs. Tur esošās personas tika saskaitītas kā klātesošas savā dzīves vietā. Skaitīšanu veica tālsatiksmes vilcienos, tālsatiksmes kuģos, stacijās, piestātnēs, ostās tikai divās stundās ‒ no plkst. 23.00 14. janvārī līdz plkst. 1.00 naktī 15.janvārī (pēc vietējā laika).

Ja attiecīgā telpā pastāvīgi vai pagaidām dzīvoja personas, kas naktī no 14. uz 15. janvāri atradās citā vietā un tām nebija izziņas par reģistrēšanos tautas skaitīšanā, tika aizpildītas kontrollapas (vai nu klātienē, vai aizmuguriski), kurās bija ietverti visi programmas jautājumi, kā arī adrese, kur personu vajadzētu saskaitīt, kā arī vieta atzīmei par pārbaudi. Šīs personas kontrollapas sastādīšanas vietā neatzīmēja kā klātesošas. Vēlāk pārbaudīja, vai šīs personas ir reģistrētas paredzētajā skaitīšanas vietā.

No 23.01.1959. līdz 01.02.1959. notika kontrolapstaiga, lai pārbaudītu, vai skaitīšanā kāda persona nav palikusi neiereģistrēta vai ierakstīta divreiz, kā arī to, vai pareizi izdarīti ieraksti par pagaidu prombūtni un pagaidu dzīvošanu.

Tika publicēti 1959. gada tautas skaitīšanas dati par iedzīvotāju skaitu un izvietojumu, sastāvu sadalījumā pēc dzimuma un vecumu, nacionālo sastāvu un dzimto valodu, ģimenes stāvokli un sastāvu, izglītības līmeni, iedzīvotāju iedalījumu sabiedriskajās grupās, tautas saimniecības nozarēs un nodarbēs, pēc iztikas līdzekļu avotiem un nodarbošanās, par iedzīvotāju migrāciju. Daudzu tabulu dati tika salīdzināti ar 1939. gada datiem.

Pastāvīgo iedzīvotāju skaits, salīdzinot ar 1935. gada tautas skaitīšanas datiem, bija pieaudzis par 9,1 % un nedaudz pārsniedza 2 miljonus. No tiem 575 000 dzīvoja Rīgā. Kopumā pilsētās dzīvoja 56 %, bet laukos 44 % Latvijas iedzīvotāju. No kopējā iedzīvotāju skaita 43,9 % bija vīrieši, bet 56,1 % ‒ sievietes.

No klātesošajiem 10 gadus vecajiem un vecākiem iedzīvotājiem augstākā izglītība bija 2,5 %, nepabeigta augstākā izglītība bija 1,4 %.

No klātesošajiem iedzīvotājiem 62 % bija latvieši, 26,6 % ‒ krievi, 2,9 % ‒ baltkrievi, nepilni 2,9 % ‒poļi un 1,7 % ‒ ebreji. Savas tautības valoda dzimtā bija 93,2 % klātesošo iedzīvotāju. Latviešu valoda bija dzimtā 62,3 % klātesošo  iedzīvotāju (98,4 % latviešu un 3,6 % citu tautību iedzīvotāju).

Divu personu ģimenes veidoja 36,6 %, trīs personu ģimenes ‒ 30,5 %, bet četru personu ģimenes ‒ 19,3 % no kopējā ģimeņu skaita. Vidējais ģimenes lielums bija 3,2 personas. Ārpus ģimenēm (vieni) dzīvoja 10,1 % no pastāvīgajiem iedzīvotājiem.