Vides piesārņojuma mazināšana un atkritumu pārstrāde balstās uz bioloģiskiem procesiem, t. i., mikroorganismu un augstāko augu bioķīmisko efektivitāti. Gadījumos, kad augstas koncentrācijas piesārņojums rada toksisko efektu uz mikroorganismiem un augiem, attīrīšanas pirmajā posmā izmanto fizikāli ķīmiskās metodes, pēc tam – bioloģiskās metodes. Vides biotehnoloģija iekļauj zināšanas par mikroorganismu daudzveidību dažādās ekosistēmās, lai izveidotu liela mēroga vides kvalitātes nodrošināšanu.