Ekosistēmu veido dzīvo organismu kopa (biocenoze jeb biokopa) un vide (biotops), kas mijiedarbojas, pakāpeniski to pārveidojot. Biocenoze ietver mikrobiocenozi (mikroorganismus), mikobiocenozi (sēnes), fitocenozi (augus) un zoocenozi (dzīvniekus). Jēdzienu “biotops” Latvijā traktē divējādi – kā ekosistēmas nedzīvo (abiotisko) komponenti vai ietverot arī vides dzīvos (biotiskos) elementus. Pēdējā gadījumā bieži tiek lietots termins “dzīvotne”. Ekosistēmas jēdziens ietver dažāda mēroga ekosistēmas – no mikroskopiskām līdz makroskopiskām. Visbiežāk ekosistēmas aplūko vidējā mērogā, jēdzienu attiecinot uz pietiekami plašām teritorijām ar salīdzinoši viendabīgu vidi, piemēram, noteikta veida mežiem, pļavām, ūdenstilpēm. Ekosistēmu robežas var būt izteiktas, tomēr visbiežāk tās veido robežjoslu jeb ekotonu, kur sastopamas sugas no abām ekosistēmām, piemēram, pļavas un meža.